Una col·laboració entre dos grups del PRBB desmonta una assumpció errònia sobre els virus

El grup dirigit per la Juana Diez al Departament de Medicina i Ciències de la vida, Universitat Pompeu Fabra (MELIS-UPF) estudia la biologia dels virus patògens: com entren a les cèl·lules i n’agafen les regnes, o com interactuen amb l’hoste infectat. 

L’Eva Novoa i el seu grup al Centre de Regulació Genòmica (CRG) són expertes en modificacions de l’ARN.  

“Ja fa uns anys que hi ha un boom sobre les modificacions de l’ARN i la seva importància clau en molts processos biològics”, explica Novoa. “Actualment, i degut entre d’altres a la pandèmia de la Covid19, hi ha un altre gran boom sobre els virus d’ARN. Així que entendre les modificacions de l’ARN en els virus és ara mateix un tema de moltíssim interès”, explica Novoa. 

Així s’explica la col·laboració dels dos grups, i com van començar a estudiar aquestes modificacions – per descobrir, per la seva sorpresa, que la més ben descrita, de fet, no es donava.  

“Estar en un lloc com el PRBB, on hi ha molts laboratoris experts en diferents temes, ens ha facilitat molt aquesta col·laboració” 
Juana Díez 

Re-escriure la història 

Ja fa uns 8 anys que es va publicar que els virus d’ARN citoplasmàtics, com el dengue o el chikungunya, tenien modificacions epitranscriptòmiques al seu ARN. “Dos grups van mostrar a diversos articles com es donava la modificació m6A en aquests virus. Aquests articles han tingut moltíssimes cites, i en els anys posteriors s’han invertit molts diners per estudiar aquesta i altres modificacions citoplasmàtiques d’aquests virus”, explica Díez. La pregunta sense resposta era com podien ocórrer aquestes modificacions, quan aquests virus citoplasmàtics no van mai al nucli, que és on hi ha la maquinària per fer-les? 

Això es preguntaven els dos equips quan van començar a estudiar més en detall aquestes modificacions. “Vam començar el projecte buscant la modificació m6A, assumint, com tothom, que existia”, diu la viròloga. Utilitzant com a model el virus del chikungunya, que s’expressa a uns nivells molt elevats, van repetir la tècnica que havia estat utilitzada en els articles originals, basada en un anticòs que reconeix la modificació de l’ARN que buscaven. 

“La Belinda Baquero, postdoc, i la Mireia Puig, estudiant de doctorat, van repetir aquests experiments, però afegint uns controls que consideràvem essencials; per la nostra sorpresa, no vam veure les modificacions”, recorda Díez.  

El següent pas va ser utilitzar el sistema Nanopore que tenia a punt l’equip de Novoa. En aquest cas, també van utilitzar els controls necessaris, amb el trànscript sintètic de tot l’ARN viral. De nou, el resultat va ser negatiu. 

Aleshores van decidir provar un tercer mètode, més sensible, anomenat Select. Aquest permet mirar de forma específica una posició concreta de l’ARN; però tampoc aquí van veure la modificació descrita. 

Fent servir tres mètodes diferents, i amb molts controls positius i negatius, els laboratoris no van observar la modificació de l’ARN. 

La conclusió era clara: la modificació m6A no tenia lloc en aquest virus d’ARN. “La tècnica utilitzada inicialment, amb els anticossos, dona molt de soroll de fons… I a vegades sí que sembla que pots veure alguna cosa si baixes prou el llindar, si consideres que es donen a nivells molt baixos, però la pregunta és, és reproduïble?”, pregunta Novoa. 

Nedar contra corrent 

“Òbviament, és molt més difícil demostrar que una cosa ‘no existeix’ que no pas que existeix. Però hem fet molts controls, hem mirat tres mètodes diferents… n’estem molt segures que aquesta modificació m6A no es dona”, explica Díez. “Aquest estudi demostra la gran importància que té utilitzar mètodes ortogonals, mirar les coses de moltes formes diferents, i fer servir controls exhaustius”, afegeix. Novoa hi està d’acord: “Un article recent sobre modificacions de l’ARN – res a veure amb virus- mencionava precisament que, sobretot en aquest camp que ara se li està donant molta importància, cal anar amb compte amb els falsos positius…. És molt fàcil quan es veu una cosa assumir ràpidament que és real, perquè és el que t’esperes. Però cal utilitzar controls bons, en aquest cas d’ARN sintètics, per a demostrar que el que detectes és cert”. 

“És molt fàcil quan es veu una cosa, assumir ràpidament que és real, perquè és el que t’esperes… és important mirar les coses de formes diferents i amb bons controls” 
Eva Novoa, CRG

A la pregunta de si els ha costat publicar un resultat tan contradictori amb el que es creia fins ara, les dues responen que els revisors de l’article de seguida han vist clar que era un estudi molt necessari. “Ja feia temps que es respirava en el camp un ambient de dubtes respecte a aquesta troballa… Tot i que no el suficient per no continuar invertint-t’hi!”, diu Díez. 

Tot i així el procés ha estat dur. “Al principi dubtes dels teus propis mètodes i tècniques. Et preguntes què estàs fent malament, perquè el mètode no està funcionant bé… Però al final hem fet un estudi fort, amb molts controls i mètodes complementaris, que ens ha permès aclarir el panorama epitranscriptòmic dels virus citoplasmàtics”, conclou Novoa.