El divendres 23 de juny passat, els investigadors del Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB) van tenir l’oportunitat de conèixer protocols.io, una plataforma d’accés obert perquè els investigadors i les investigadores puguin crear de forma col·laborativa protocols interactius i dinàmics.
En aquesta plataforma, els científics poden compartir protocols en privat amb col·legues concrets o fer-los públics a tota la comunitat científica amb facilitat i eficàcia. A més, segons l’empresa, “la comunicació i la interacció en temps real mantenen els protocols al dia amb les diferents versions, desviacions, les preguntes i respostes i la resolució de problemes. Els protocols públics reben un DOI i permeten una comunicació oberta amb autors i investigadors per fomentar l’experimentació eficient i la reproductibilitat”.
La xerrada de Gabriel Gasque, responsable de divulgació de protocols.io, va ser presentada per Daniel Richter -investigador de l’Institut de Biologia Evolutiva (IBE: CSIC-UPF) i usuari primerenc de la plataforma- i va comptar amb el suport del grup de treball de Bones Pràctiques Científiques del PRBB.
Aprofitem l’oportunitat d’entrevistar Gasque per saber-ne més sobre aquesta iniciativa. Podeu veure la presentació aquí.
Quan va sorgir protocols.io i per què?
Va ser creat el 2014 per Lenny Teytelman, Irina Makkaveeva i Alexei Stoliartchouk. Lenny – un científic – es va trobar que havia estat treballant durant 2 anys laboriosament resolent un error en una metodologia; tot per ser recompensat només amb una frase a la secció de Materials i Mètodes…. Conscient de la importància crucial dels mètodes en la investigació, va voler millorar el reconeixement del desenvolupament de mètodes i va crear protocols.io. Aquí cada protocol publicat té un DOI i pot ser degudament referenciat i acreditat.
Però això era només una cara de la moneda. Els beneficis de compartir protocols van més enllà d’obtenir crèdit:
- Augmenta la descobribilitat i, per tant, l’ús dels protocols o mètodes
- Garanteix la conservació, ja que de tot el contingut se’n fa una còpia de seguretat en diversos llocs com GitHub.
- Incrementa la col·laboració
- Estalvia temps (no cal reescriure la secció de mètodes cada vegada, intentant innovar en la forma de descriure’ls… només cal afegir un hipervincle a la descripció detallada a protocols.io).
- Garanteix el compliment de les recomanacions espanyoles i europees vigents en matèria de ciència oberta, gestió de dades, disponibilitat, etc.
- Augmenta la reproductibilitat: com sabem, moltes de les seccions de materials i mètodes dels articles no inclouen prou informació per comprendre, i encara menys reproduir, els resultats…
“Els protocols publicats a protocols.io obtenen un identificador persistent (DOI) perquè puguin ser fàcilment acreditats, trobats i conservats”
Qui ho utilitza i quant costa?
protocols.io és una empresa amb ànim de lucre, però és gratuït tant publicar protocols públics com cercar protocols i llegir-los i utilitzar-los. Tot el contingut públic és obert amb una llicència CC-BY. Hi ha una part premium de la plataforma (podeu consultar el preu en aquest enllaç), que es pot aconseguir a través d’una membresia institucional, que permet tenir espais de treball privats, on pots tenir protocols que no estan oberts a tothom – es mantenen privats per a tu o per un grup de col·laboradors. Moltes empreses ho utilitzen, per exemple.
Actualment tenim més de 155.000 usuaris registrats que han pujat més de 14.000 protocols públics i més de 60.000 privats. Però, de fet, tenim més de 2,5 milions de visites cada any als protocols de la nostra plataforma!
Pel que fa a disciplines, està una mica esbiaixat cap a protocols de laboratori experimental i biomedicina, encara que també en tenim alguns d’arqueologia, ciències socials, biologia computacional o ecologia… A més, alguns usuaris ens utilitzen per ‘pre-registrar’ els seus assajos clínics, publicant aquí el protocol abans que comenci.
Com és la interacció amb les revistes – no és un problema publicar mètodes a protocols.io si ja han estat publicats en un article?
No ho és! De fet, més de 500 revistes i diverses entitats finançadores promouen l’ús de protocols.io. A més, el contingut d’una “recepta” no és susceptible de drets d’autor. No es pot publicar exactament igual que a la revista, amb el mateix format, etc., però es pot tornar a publicar el contingut i els passos de qualsevol recepta metodològica.
En molts casos, els autors publiquen un article amb els resultats de la seva recerca i, a la secció “Mètodes”, enllacen amb el mètode detallat a protocols.io. Això té diversos avantatges.
D’una banda, els protocols de la nostra plataforma són dinàmics, cosa que significa que hi pot haver noves versions millorades; cadascuna amb el seu propi DOI, perquè un cop publicat un protocol no es pot canviar. Així, des de l’article aniràs al mètode original utilitzat a l’estudi; però la plataforma et dirà si n’hi ha un actualitzat per si vols consultar-ho. I també et permet comparar les dues versions per veure què ha canviat.
Un altre avantatge és que publicar un mètode independentment d’un article, el fa més descobrible i reutilitzable; per exemple, un mètode utilitzat en un article sobre paràsits de peixos pot ser útil per a algú que treballi amb neurones de ratolí. Però és poc probable que el neurocientífic o neurocientífica consulti l’article sobre peixos… tanmateix, pot trobar el protocol a la nostra plataforma si cerca usant les paraules clau adequades.
Al publicar un mètode independentment d’un article, aquest és més descobrible i reutilitzable. A més, els protocols són dinàmics i poden actualitzar-se.
Com es fan servir els protocols?
Els protocols són receptes pas a pas, molt detallades i molt clares, codificades per colors. Pots llegir-los, o descarregar-los per tenir-los a mà mentre fas l’experiment. Pots fer la teva pròpia còpia, on pots marcar el que has fet, o comentar algun pas en què hagis fet alguna cosa diferent, per exemple; així conserves una còpia del teu experiment específic. O pots crear el teu propi protocol basat en un altre, i adaptar-lo al teu model, condicions, etc. En aquest cas, el teu nou protocol “bifurcat” estarà clarament vinculat a l’original, per la qual cosa es manté la línia de crèdit.
I com es puja un protocol a la plataforma?
Hi ha tres maneres, amb tres nivells d’esforç, però totes molt fàcils.
Pots simplement “arrossegar” el teu protocol (en word o un altre format) al teu espai de treball a protocols.io. Cal tenir en compte, però, que això no serà “publicable”: no rebrà un DOI i no estarà obert perquè tots els altres ho vegin. És només una manera de mantenir tots els protocols junts.
Per a publicar-ho, ho has de fer a través de l’editor de la plataforma. Però, de nou, ho pots fer d’una manera molt senzilla: crees un protocol buit, afegeixes un títol i un resum i, a continuació, adjuntes el protocol com a document word o PDF. Això es pot publicar, tenir un DOI i ser públic, però no serà dinàmic.
La tercera forma, més complexa, és copiar i enganxar cada pas. Després, la plataforma el transforma en un protocol dinàmic, amb el format adequat que es pot copiar, bifurcar, etc.
Fins i tot aquesta darrera opció no és complicada, encara que per descomptat requereix una mica més de temps… També tenim un servei d’importació que ho fa a canvi d’una tarifa.
Finalment… per què és el vostre logotip un ós rentador?
Ja ja! Si teniu curiositat, llegiu aquest fil de Twitter!
