Una colaboración entre dos grupos del PRBB desmonta una errónea asunción sobre los virus

El grupo dirigido por Juana Diez en el Departamento de Medicina y Ciencias de la vida, Universidad Pompeu Fabra (MELIS-UPF) estudia la biología de los virus patógenos: cómo entran en las células y cogen las riendas, o cómo interactúan con el huésped infectado.

Eva Novoa y su grupo en el Centro de Regulación Genómica (CRG) son expertas en modificaciones del ARN.

“Hace ya unos años que hay un boom sobre las modificaciones del ARN y su importancia clave en muchos procesos biológicos”, explica Novoa. “Actualmente, y debido entre otros a la pandemia de la Covid19, existe otro gran boom sobre los virus de ARN. Así que entender las modificaciones del ARN en los virus es ahora mismo un tema de muchísimo interés”, explica Novoa.

Así se explica la colaboración de ambos grupos, y cómo empezaron a estudiar estas modificaciones – descubriendo, para su sorpresa, que la modificación que había sido mejor descrita, de hecho, no se daba. 

«Estar en un sitio como el PRBB, donde hay muchos laboratorios expertos en diferentes temas, nos ha facilitado mucho esta colaboración»
Juana Díez, MELIS-UPF

Reescribir la historia

Hace ya unos 8 años que se publicó que los virus de ARN citoplasmáticos, como el dengue o el chikungunya, tenían modificaciones epitranscriptómicas en su ARN. “Dos grupos mostraron en varios artículos cómo se daba la modificación m6A en estos virus. Estos artículos han tenido muchísimas citas, y en los años posteriores se ha invertido mucho dinero en estudiar esta y otras modificaciones citoplasmáticas de estos virus”, explica Díez. La pregunta sin respuesta era ¿cómo podían ocurrir estas modificaciones, cuando estos virus citoplasmáticos no entran nunca al núcleo, que es donde está la maquinaria para hacerlas?

Esto se preguntaban ambos equipos cuando empezaron a estudiar más en detalle estas modificaciones. “Empezamos el proyecto buscando la modificación m6A, asumiendo, como todo el mundo, que existía”, dice la viróloga. Utilizando como modelo el virus del chikungunya, que se expresa a niveles muy elevados, repitieron la técnica que había sido utilizada en los artículos originales, basada en un anticuerpo que reconoce la modificación del ARN que buscaban.

«La postdoc Belinda Baquero y la estudiante de doctorado Mireia Puig repitieron estos experimentos, pero añadiendo unos controles que considerábamos esenciales; para nuestra sorpresa, no vimos las modificaciones”, recuerda Díez.

El siguiente paso fue utilizar el sistema Nanopore que tenía a punto el equipo de Novoa. En este caso, también utilizaron los controles necesarios, con el tránscrito sintético de todo el ARN viral. De nuevo, el resultado fue negativo.

Entonces decidieron probar un tercer método, más sensible, llamado Select. Este permite mirar de forma específica una posición concreta del ARN; pero tampoco aquí vieron la modificación descrita.

Utilizando tres métodos distintos, y con muchos controles positivos y negativos, los laboratorios no observaron la modificación del ARN.

La conclusión era clara: la modificación m6A no ocurría en este virus de ARN. “La técnica utilizada inicialmente, con los anticuerpos, da mucho ruido de fondo… Y a veces sí que parece que puedes ver algo si bajas lo suficiente el umbral, si consideras que se dan a niveles muy bajos, pero la pregunta es, ¿es reproducible?”, pregunta Novoa.

Nadar contra corriente

“Obviamente, es mucho más difícil demostrar que algo ‘no existe’ que no demostrar que existe. Pero hemos hecho muchos controles, hemos mirado tres métodos diferentes… estamos muy seguras de que esta modificación m6A no se da”, explica Díez. «Este estudio demuestra la gran importancia que tiene utilizar métodos ortogonales, mirar las cosas de muchas formas diferentes, y utilizar controles exhaustivos«, añade. Novoa está de acuerdo: “Un artículo reciente sobre modificaciones del ARN – nada que ver con virus – mencionaba precisamente que, sobre todo en este campo al que ahora se le está dando mucha importancia, hay que tener mucho cuidado con los falsos positivos… Es muy fácil cuando se ve algo asumir rápidamente que es real, sobre todo si es lo que te esperas. Pero es necesario utilizar controles buenos, en este caso de ARN sintéticos, para demostrar que lo que detectas es cierto”.

«Es muy fácil cuando se ve algo, asumir rápidamente que es real, porque es lo que te esperas… es importante mirar las cosas de formas diferentes y con buenos controles»
Eva Novoa, CRG

A la pregunta de si les ha costado publicar un resultado tan contradictorio con lo que hasta ahora se creía, ambas responden que los revisores del artículo enseguida han visto claro que era un estudio muy necesario. “Ya hacía tiempo que se respiraba en el campo un ambiente de dudas respecto a este hallazgo… ¡Aunque no lo suficiente para no seguir invirtiendo en él!”, dice Díez.

Sin embargo, el proceso ha sido duro. “Al principio dudas de tus propios métodos y técnicas. Te preguntas qué estás haciendo mal, por qué el método no está funcionando bien… Pero al final hemos realizado un estudio fuerte, con muchos controles y métodos complementarios, que nos ha permitido aclarar el panorama epitransscriptómico de los virus citoplasmáticos”, concluye Novoa.