Cap a una biologia computacional més reproduïble, transparent i col·laborativa

Com fer que la recerca en biologia computacional sigui més reproduïble, transparent i col·laborativa va ser el tema d’un curs organitzat pel CRG el passat mes d’abril. Veieu què van aprendre els participants en aquesta sessió.

El CRG va organitzar un curs sobre com fer la recerca en biologia computacional més reproductible, transparent i col·laborativa. Foto de Markus Spiske a Unsplash.

El CRG va organitzar un curs sobre com fer la recerca en biologia computacional més reproductible, transparent i col·laborativa. Foto de Markus Spiske a Unsplash.

La reproductibilitat és bàsica per a la ciència, ja que les noves investigacions es basen en coneixements previs, que han de ser robustos i, per tant, reproduïble. En el cas de la biologia computacional, és essencial poder entendre el codi escrit per reproduir una anàlisi. No obstant això, el raonament darrere de la creació d’un determinat codi es dóna de vegades per assumit i no es presta suficient atenció per deixar clar com es va crear.

 

“Els fets individuals no reproduïbles no tenen cap importància per a la ciència”
Karl Popper

 

El Centre de Regulació Genòmica (CRG) va organitzar un taller el passat mes d’abril en aquest context. De format molt pràctic, el taller va reunir a unes 30 persones – estudiants de doctorat, bioinformàtics i estudiants universitaris, majoritàriament de màster – que volien aprendre a fer la seva recerca més reproduïble, transparent i col·laborativa.

Ulf Tolch, del centre QUEST de Berlín, Alemanya, es va encarregar de impartir aquest seminari interactiu de 4 hores, que va tenir lloc el 9 d’abril a la sala Charles Darwin del Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB). Els participants provenien majoritàriament de centres del PRBB – especialment del CRG i del CNAG, amb alguns de l’Institut Hospital del Mar d’Investigacions Mèdiques (IMIM) i l’Institut de Biologia Evolutiva (IBE: CSIC-UPF) – encara que d’altres venien de centres externs com la Universitat de Barcelona, el Barcelona Supercomputing Centre (BSC) o l’Institut de Bioenginyeria de Catalunya (IBEC).

 

About 30 bioinformaticians participated in this workshop about reproducibility in computational research.
Al voltant de 30 bioinformàtics i bioinformàtiques van participar en aquest taller sobre la reproductibilitat en la recerca computacional.

 

Podeu llegir més detalls sobre el contingut del taller a la versió anglesa d’aquest article.

La jornada va tenir lloc gràcies al projecte europeu Foster H2020 en el què el CRG hi participa. A la pàgina web del projecte podeu trobar molts més recursos de formació sobre ciència oberta.

Podeu veure un vídeo (en ANGLÈS)  on fem una entrevista al tutor, Ulf Tolch.

 

 

Sobre l'autor/a
Maruxa Martínez-Campos és biòloga. En acabar el doctorat a la Universitat de Cambridge es va passar a "l'altra banda" de la recerca. Va ser editora a la revista d'accès obert "Genome Biology" i fa més de 10 anys que va tornar a Barcelona, al departament de comunicació del PRBB. També li interessa la integritat en la recerca i quan troba temps, escriu a "The science factor".

Leave a Reply

L'adreça electrònica no es publicarà. Els camps necessaris estan marcats amb *