Hacia una biología computacional más reproducible, transparente y colaborativa

Cómo hacer que la investigación en biología computacional sea más reproducible, transparente y colaborativa fue el tema de un curso organizado por el CRG el pasado mes de abril.

El CRG organizó un curso sobre cómo hacer la investigación en biología computacional más reproductible, transparente y colaborativa. Foto de Markus Spiske a Unsplash.

El CRG organizó un curso sobre cómo hacer la investigación en biología computacional más reproductible, transparente y colaborativa. Foto de Markus Spiske en Unsplash.

La reproducibilidad es básica para la ciencia. Las nuevas investigaciones se basan en conocimientos previos, que deben ser robustos y, por tanto, reproducibles. En el caso de la biología computacional, es esencial poder entender el código escrito para reproducir un análisis. Sin embargo, el razonamiento detrás de la creación de un determinado código se da a veces por asumido y no se presta suficiente atención en dejar claro cómo se creó.

 

Los hechos individuales no reproducibles no tienen ninguna importancia para la ciencia
Karl Popper

 

El Centro de Regulación Genómica (CRG) organizó un taller el pasado mes de abril en este contexto. De formato muy práctico, el taller reunió a unas 30 personas – estudiantes de doctorado, bioinformáticos y estudiantes universitarios, mayoritariamente de máster – que querían aprender a hacer su investigación más reproducible, transparente y colaborativa.

Ulf Tolch, del centro QUEST de Berlín, Alemania, se encargó de impartir este seminario interactivo de 4 horas, que tuvo lugar el 9 de abril en la sala Charles Darwin del Parque de Investigación Biomédica de Barcelona (PRBB). Los participantes provenían mayoritariamente de centros del PRBB – especialmente del CRG y del CNAG, con algunos del Instituto Hospital del Mar de Investigaciones Médicas (IMIM) y el Instituto de Biología Evolutiva (IBE: CSIC-UPF) – aunque otros venían de centros externos como la Universidad de Barcelona, el Barcelona Supercomputing Centre (BSC) o el Instituto de Bioingeniería de Cataluña (IBEC).

 

About 30 bioinformaticians participated in this workshop about reproducibility in computational research.
Alrededor de 30 bioinformáticos y bioinformáticas participaron en este taller sobre la reproducibilidad en la investigación computacional.

 

Podéis leer más detalles sobre el contenido del taller en la versión inglesa de este artículo.

La jornada tuvo lugar gracias al proyecto europeo Foster H2020 en el que el CRG participa. En la página web del proyecto podéis encontrar muchos más recursos de formación sobre ciencia abierta.

Podéis ver un vídeo (en INGLÉS) donde entrevistamos al tutor del curso, Ulf Tolch.

 

Sobre el autor/a
Maruxa Martínez-Campos es bióloga. Después de su doctorado en la Universidad de Cambridge se pasó al "otro lado" de la investigación y trabajó como editora en la revista de acceso abierto "Genome Biology". Hace más de 10 años que trabaja en el PRBB en comunicación y, más recientemente, en la integridad en la investigación. Cuando encuentra tiempo, escribe en "The science factor".

Deja una respuesta

Tu dirección de correo electrónico no será publicada. Los campos obligatorios están marcados con *