Uns 1.300 científics de 70 centres de recerca en 37 països diferents s’han unit per seqüenciar i analitzar els genomes de 2.658 donants amb 38 tipus de tumors.
El resultat – 800 terabytes d’informació que representen el mapa genòmic més complet de 38 tipus diferents de tumors – ha estat publicat en 23 articles a la revista Nature.
Aquest Pan-Cancer Atlas és el resultat de l’anàlisis de dades generades durant més d’una dècada per The Cancer Genome Atlas (TCGA) i l’International Cancer Genome Consortium (ICGC). Aquests projectes anteriors s’havien centrat principalment en l’1% del genoma humà que codifica les proteïnes. Ara, els investigadors del ‘Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Project’ han examinat el 99% restant del genoma per identificar patrons comuns de mutacions que podrien causar càncer i, per tant, trobar noves formes de prevenir, diagnosticar i tractar aquesta malaltia.
A Espanya, el Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica (CNAG-CRG) ha contribuït, entre altres coses, mitjançant la seqüenciació de tumors primaris de leucèmia limfàtica crònica.
Parlem amb Ivo Gut, director de l’CNAG-CRG.
El Pan-Cancer Genome Project ha donat com a resultat un mapa genòmic complet de 38 tipus diferents de tumors. Espanya s’ha centrat en la leucèmia limfàtica crònica.
Quina ha estat la contribució de CNAG-CRG al projecte?
La contribució espanyola a l’ICGC s’ha centrat en la leucèmia limfàtica crònica. Coordinats des de l’Hospital Clínic, molts hospitals van participar en l’obtenció de mostres. I diverses universitats i centres de recerca van jugar un paper important. Al CNAG-CRG, hem seqüenciat aproximadament 100 mostres del projecte Pan-Cancer, que representen al voltant del 5% del total.
A part d’això, crec que vam fer una altra contribució important, encara que menys visible. Tot el consorci es va dividir en 18 grups de treball. Jo vaig liderar l’últim grup creat, però, al meu entendre, un dels més importants: el grup de treball de Control de Qualitat. El nostre objectiu era assegurar que totes les seqüències, que provenien de centres de seqüenciació de tot el món, tinguessin una qualitat suficient. Això no va ser tan senzill; aviat ens vam adonar que cadascú definia la qualitat d’una manera diferent! Així que vam establir 5 criteris objectius, amb llindars específics, i vam determinar aquests cinc criteris en tots els genomes. A la fi, això va significar que vam haver de descartar el 10% dels 3000 genomes enviats, perquè no van arribar al llindar de qualitat. Evidentment, si tens dades de mala qualitat, tota la interpretació que s’obté no és fiable…
Quins han estat els reptes i els aspectes més destacats d’aquesta col·laboració?
El major desafiament és la gran quantitat de dades generades – cada genoma que analitzem té 100.000.000.000 bases seqüenciades! Comporta mesos copiar totes les dades dels més de 2.500 genomes de càncer. Només l’esforç de portar totes les dades a un sol lloc ja és un gran repte a escala tècnica. Però a la fi, l’important és que hem demostrat que podem fer-ho, i aquest treball inicial obre infinites possibilitats per a futurs estudis.
Per a cada pacient, vam obtenir teixit cancerós i teixit sa, i comparem les seves seqüències genòmiques per buscar diferències. Però la bellesa d’aquest projecte és que pots comparar el que vulguis! Pots comparar desenes de genomes del mateix tipus de tumor. O comparar diferents tipus de tumors entre si, per veure si hi ha mutacions que siguin comuns a tots els tipus.
Tan sols l’esforç de portar totes les dades a un sol lloc ja és un gran desafiament tècnic. Però aquesta gran quantitat de dades obre infinites possibilitats per a futurs estudis.
On ens porta això?
Crec que en un futur pròxim veurem que la informació genòmica s’usa de forma generalitzada en les decisions clíniques. El cost de la seqüenciació no és tan gran; crec que en menys de 5 anys la majoria de les persones amb càncer podrien seqüenciar el seu genoma. Les troballes de l’estudi Pan-Càncer, i tot el que aprendrem d’aquestes dades, seran clau per al desenvolupament de la medicina personalitzada.
“En un futur pròxim, veurem que la informació genòmica s’usa comunament en les decisions clíniques.”
De fet ja hi ha nous estudis en la mateixa línia. Actualment participo en el “1 + Million Genomes“, una iniciativa dels estats membres Europeus, on 21 països d’Europa estan tractant d’establir un sistema mitjançant el qual puguin compartir informació genòmica i clínica entre ells. Cada país té la seva pròpia informació, però permet que persones expertes busquin en el conjunt de dades. La idea és tenir 1 milió de genomes disponibles per a 2022, i eventualment integrar això en l’atenció mèdica. Això serà molt útil, totes aquestes dades ajudaran a informar el diagnòstic i el tractament, en particular en àrees com malalties rares i càncer.
