En un estudi recent, un equip de recerca del Centre de Regulació Genòmica (CRG) ha desenvolupat un nou mètode per mesurar les modificacions de l’ARN al càncer, que podria conduir a nous enfocaments en la detecció d’aquesta malaltia.
Hem parlat amb els primers autors de l’estudi, l’Oguzhan Begik i la Morghan Lucas, del laboratori dirigit per l’Eva Novoa, per conèixer més sobre aquest prometedor mètode.
Per què són importants les modificacions de l’ARN en l’estudi del càncer?
Les modificacions de l’ARN regulen molts aspectes de la biologia de l’ARN; estructura, degradació, localització, traducció, empalmament (splicing),… la llista continua! Recentment s’ha demostrat que aquestes alteracions químiques tenen un paper clau en molts processos biològics, com el desenvolupament, la immunitat i la progressió del càncer.
“Hi ha més de 170 modificacions d’ARN identificades fins ara, que decoren tot tipus d’ARN de manera dinàmica”
Oguzhan Begik, CRG, co-autor de l’estudi
En un estudi anterior del nostre laboratori, vam descobrir que els enzims responsables de col·locar, eliminar i reconèixer les modificacions de l’ARN estan desregulats en múltiples tipus de càncer i poden proporcionar nous biomarcadors de càncer o dianes terapèutiques.
De fet, un treball recent va comprovar que els enzims modificadors d’ARN suposen una nova i prometedora via per a la teràpia contra el càncer en la leucèmia mieloide aguda. Anticipem que aquest camp de recerca guanyarà molta tracció en els pròxims anys amb l’avenç de les tecnologies de seqüenciació de tercera generació.
Com podrien aquestes troballes conduir a nous enfocaments en la detecció del càncer?
El primer pas per a entendre el paper funcional de les modificacions de l’ARN en diversos processos biològics és la seva detecció. Necessitem entendre quines modificacions d’ARN juguen un paper en la progressió i metàstasi del càncer, i quan. Després, podem utilitzar aquest coneixement per identificar possibles biomarcadors per a detectar el càncer o per a estratificar millor als pacients.
“Mitjançant l’ús de perfils de modificació d’ARN podríem afinar el pronòstic del càncer i aprofitar els enzims de modificació d’ARN desregulats com a dianes terapèutiques”
Morghan Lucas, CRG, co-autora de l’estudi
Podria el vostre nou mètode ser útil en altres camps de recerca i malalties?
En el nostre últim estudi, hem ampliat els nostres esforços anteriors per a detectar modificacions d’ARN en molècules d’ARN natiu d’una manera imparcial en tot el transcriptoma, augmentant el repertori de modificacions que podem detectar, així com quantificant la seva estequiometria.
Aquest mètode no es limita a mostres específiques o a un tipus de malaltia; es pot aplicar a una àmplia gamma de sistemes biològics, des del cuc C. elegans fins a mostres de pacients, per a estudiar la dinàmica de modificació de l’ARN en molècules d’ARN nadiu.
Begik, O., Lucas, M.C., Pryszcz, L.P. et al. Quantitative profiling of pseudouridylation dynamics in native RNAs with nanopore sequencing. Nat Biotechnol (2021).
