La cabeza de un embrión de ratón de cerca de doce días después de la fertilización se marcó con fluorescencia para visualizar el tejido precursor neuronal. Fue tratado químicamente para hacerlo ópticamente transparente y escaneado en el laboratorio de James Sharpe del Centro de Regulación Genómica (CRG) (actualmente en el Laboratorio Europeo de Biología Molecular – Barcelona (EMBL)) utilizando un SPIM (microscopio de iluminación de plano selectivo, también conocido como light sheet microscope) para generar una reconstrucción virtual en 3D.
En este tipo de microscopio, una fina capa de luz láser ilumina un plano de la muestra, de forma que solo la parte que está enfocada tiene su fluorescencia activada. La muestra se escanea a través de los diferentes planos o “cortes” para generar un conjunto de datos 3D completo, de plano en plano. A partir de estos datos en 3D, se hizo una proyección de valor máximo de la mitad izquierda de la cabeza del embrión, usando falso color para codificar la profundidad de la muestra (azul= más superficial, rojo = más profundo). La muestra provenía de Glenda Comai, del Instituto Pasteur de París.
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