Cuando la genómica ayuda a salvar a los chimpancés

En estos momentos en los que la aparición del SARS-CoV-2 ha cambiado nuestras vidas, es un buen momento para reflexionar cómo esta pandemia también afecta al resto de seres vivos. Por ejemplo, en el caso de los chimpancés (Pan troglodytes) ya se empieza a hablar de cómo esta infección puede ser perjudicial para su supervivencia.

Si bien la COVID-19 y otras enfermedades infecciosas, como el Ébola, son un factor de riesgo para los chimpancés, también la destrucción del hábitat natural, el cambio climático y el tráfico ilegal han provocado que hoy en día los chimpancés estén considerados en peligro de extinción. Según la IUCN (International Union for Conservation of Nature and Natural Resources), se estima que su población se habrá reducido a la mitad para el año 2050. Así pues, es imprescindible la elaboración de planes de acción eficaces para la conservación de esta especie.

Se estima que la población de chimpancés se habrá reducido a la mitad para el año 2050. La destrucción de su hábitat natural, el cambio climático y el tráfico ilegal son las causas principales.

Estos planes suelen dividirse en ex situ e in situ, dependiendo de si se efectúan fuera o en su hábitat natural.

Fuera de África, uno de los planes de conservación de especies en peligro de extinción más importantes es el dirigido por la Asociación de Zoos y Acuarios Europeo (EAZA). Su objetivo principal es velar por la supervivencia a largo plazo de una población sana de chimpancés, manteniendo separadas sus cuatro subespecies. Aun así, debido a un conocimiento poco concreto del origen, ascendencia genética y parentesco de los chimpancés, pero también por la falta de herramientas moleculares precisas, la cría de esta especie ha derivado hacia casos de mezcla entre subespecies y consanguinidad.

La genómica al rescate

Por este motivo, en el estudio que hemos publicado en Heredity, hemos querido explorar hasta qué punto encontramos estos casos en 167 chimpancés tanto de zoos europeos como de santuarios en África. De este modo se pueden identificar los individuos susceptibles a formar parte de programas de cría en cautividad y contribuir a mantener una población genéticamente fidedigna con la naturaleza. En el estudio, hemos determinado que de los 136 chimpancés que forman parte del programa de conservación ex situ en zoos europeos, 90 tienen ascendencia de una sola subespecie mientras que el resto han sido clasificados como híbridos, es decir, con ascendencia de dos o más subespecies.

Pero también desde una visión de la conservación in situ, hemos completado el estudio con la determinación del origen geográfico de 31 chimpancés rescatados del tráfico ilegal de mascotas y que actualmente se encuentran en santuarios en África. Esto ha sido posible gracias a un estudio anterior de nuestro grupo en el que describimos un atlas genético-geográfico que permite inferir el lugar de origen a partir de los datos genéticos (de Manuel, 2016).

De los 31 chimpancés que hemos analizado, la mayoría pertenecen a la subespecie P.t. schweinfurthii, y hemos inferido el origen principalmente en dos localizaciones concretas: una al norte y la otra al sur de la República Democrática del Congo. Al cruzar estos datos con el lugar de confiscación, hemos visto que en la mayoría de los casos coincidía, hecho que nos indica que la ruta de tráfico ilegal sucede a escala local, a poca distancia del lugar donde el animal ha sido capturado. A pesar de ello, también hemos encontrado dos casos en los que los chimpancés habían sido confiscados mucho más lejos, uno en Moscú y el otro en Nairobi, mientras que el orígen geográfico inferido genéticamente los sitúa en el oeste de África y en Camerún, respectivamente.

Determinar el origen geográfico de los animales confiscados abre la posibilidad de que estos chimpancés puedan ser reintroducidos a su hábitat natural.

El hecho de poder determinar el origen geográfico de los animales confiscados abre la posibilidad de que estos chimpancés puedan ser reintroducidos a su hábitat natural, y gracias a los análisis genómicos, poderlo hacer en el lugar correspondiente. Pero también nos permite conocer en qué zonas hay más casos de tráfico ilegal para que las administraciones pertinentes puedan aplicar las sanciones necesarias.

Soluciones innovadoras para las limitaciones

Ahora bien, muchas veces la aplicación de la genética en la conservación se ha visto limitada por la financiación. Por eso, hemos querido desarrollar y aplicar un método que nos permite capturar las regiones del genoma que nos informan sobre cuál es la subespecie del chimpancé analizado mirando ~60.000 SNPs, evitando el coste de la secuenciación de genomas completos. Así pues, hemos propuesto una técnica asequible que puede ser usada en la conservación de especies en peligro de extinción.

Otra limitación que muy a menudo nos encontramos es la obtención de muestras, sobre todo de animales salvajes. Por lo tanto, también hemos comprobado la idoneidad de las muestras no-invasivas (pelo), comparando los resultados con muestras de sangre de los mismos individuos.

Este proyecto ha sido posible gracias a una larga colaboración entre el grupo de Tomàs Marquès en el Instituto de Biología Evolutiva (IBE: CSIC-UPF), con la ayuda del Zoo de Barcelona, así como el Zoo de Copenhaguen, con los investigadores Peter Frandsen y Christina Hvilsom.

«Nuestro estudio ayudará a construir, con más precisión, el atlas de correspondencia genética y geográfica y así poder geolocalizar chimpancés a nivel mucho más local»
Clàudia Fontserè Alemany

En definitiva, nuestro estudio demuestra el potencial de la genómica para contribuir en la elaboración de planes de conservación pero a la vez nos prepara el terreno para los estudios que vendrán. Los siguientes pasos en la genética de la conservación consistirán en construir, con más precisión, estos atlas de correspondencia genética y geográfica y así poder geolocalizar chimpancés, no a nivel de país o región sino a nivel mucho más local, por ejemplo de parque nacional. Para conseguirlo se necesitarán muchas más muestras de las cuales conozcamos su origen geográfico y es aquí donde las muestras no-invasivas nos serán de gran ayuda. ¡Espero poder explicaros un poco más sobre este tema en un futuro bien próximo!