El pasado viernes 23 de junio, los investigadores del Parque de Investigación Biomédica de Barcelona (PRBB) tuvieron la oportunidad de conocer protocols.io, una plataforma de acceso abierto para que los investigadores e investigadoras puedan crear de forma colaborativa protocolos interactivos y dinámicos.
En esta plataforma, los investigadores pueden compartir protocolos en privado con colegas concretos o hacerlos públicos a toda la comunidad científica con facilidad y eficacia. Además, según la empresa, «la comunicación y la interacción en tiempo real mantienen los protocolos al día con el versionado, el forjado/copiado, las preguntas y respuestas y la resolución de problemas. Los protocolos públicos reciben un DOI y permiten una comunicación abierta con autores e investigadores para fomentar la experimentación eficiente y la reproducibilidad».
La charla de Gabriel Gasque, responsable de divulgación de protocols.io, fue presentada por Daniel Richter -investigador del Instituto de Biología Evolutiva (IBE: CSIC-UPF) y usuario temprano de la plataforma- y contó con el apoyo del grupo de trabajo de Buenas Prácticas Científicas del PRBB.
Aprovechamos la oportunidad de entrevistar a Gasque para saber más sobre esta iniciativa. Podéis ver su presentación aquí.
¿Cuándo surgió protocols.io y por qué?
Fue creado en 2014 por Lenny Teytelman, Irina Makkaveeva y Alexei Stoliartchouk. Lenny – un científico – se encontró con que había estado trabajando durante 2 años laboriosamente resolviendo un error en una metodología, para ser recompensado por ello solo con una frase en la sección de Materiales y Métodos…. Consciente de la importancia crucial de los métodos en la investigación, quiso mejorar el reconocimiento del desarrollo de métodos y creó protocols.io. Aquí cada protocolo publicado tiene un DOI y puede ser debidamente referenciado y acreditado.
Por supuesto, esto era sólo una cara de la moneda. Los beneficios de compartir protocolos van más allá de obtener crédito:
- Aumenta la descubribilidad y, por tanto, el uso de los protocolos o métodos
- Garantiza la conservación, ya que de todo el contenido se hace una copia de seguridad en varios sitios como GitHub.
- Incrementa la colaboración
- Ahorra tiempo (no es necesario reescribir la sección de métodos cada vez, intentando innovar en la forma de describirlo… basta con añadir un hipervínculo a la descripción detallada en protocols.io).
- Garantiza el cumplimiento de las recomendaciones españolas y europeas vigentes en materia de ciencia abierta, gestión de datos, disponibilidad, etc.
- Aumenta la reproducibilidad: como sabemos, la gran mayoría de las secciones de materiales y métodos de los artículos no incluyen información suficiente para comprender, y mucho menos reproducir, los resultados…
“Los protocolos publicados en protocols.io obtienen un identificador persistente (DOI) para que puedan ser fácilmente acreditados, encontrados y conservados»
¿Quién lo utiliza y cuánto cuesta?
protocols.io es una empresa con ánimo de lucro, pero es gratuito tanto publicar protocolos públicos como buscar protocolos y leerlos y utilizarlos. Todo el contenido público es de acceso abierto con una licencia CC-BY. Hay una parte premium de la plataforma (precio en este enlace, que se puede conseguir a través de una membresía institucional) que permite tener espacios de trabajo privados, donde puedes tener protocolos que no están abiertos a todos – se mantienen privados para ti o para un grupo elegido de colaboradores. Muchas empresas lo utilizan, por ejemplo.
Actualmente, tenemos más de 155.000 usuarios registrados que han subido más de 14.000 protocolos públicos y más de 60.000 privados. Pero, de hecho, ¡tenemos más de 2,5 millones de visitas al año a los protocolos de nuestra plataforma!
En cuanto a disciplinas, está un poco sesgado hacia protocolos de laboratorio experimental y biomedicina, aunque también tienen algunos de arqueología, ciencias sociales, biología computacional o ecología… Además, algunos usuarios nos utilizan para ‘pre-registrar’ sus ensayos clínicos, publicando aquí el protocolo antes de que comience.
¿Cómo es la interacción con las revistas – no es un problema publicar métodos en protocols.io si ya han sido publicados en un artículo?
¡No lo es! De hecho, más de 500 revistas y varias entidades financiadoras promueven el uso de protocolos.io. Además, el contenido de una «receta» no es susceptible de derechos de autor. No se puede publicar exactamente igual que en la revista, con el mismo formato, etc., pero se puede volver a publicar el contenido y los pasos de cualquier receta metodológica.
En muchos casos, los autores publican un artículo con los resultados de su investigación, y en la sección «Métodos» enlazan con el método detallado en protocols.io. Esto tiene varias ventajas.
Por un lado, los protocolos de nuestra plataforma son dinámicos, lo que significa que puede haber nuevas versiones mejoradas, cada una con su propio DOI, porque una vez publicado un protocolo no se puede cambiar. Así, desde el artículo, irás al método original utilizado en el estudio; pero la plataforma te dirá si hay uno actualizado por si quieres consultarlo. Y también te permite comparar ambas versiones para ver qué ha cambiado.
Otra ventaja es que el publicar un método independientemente de un artículo, lo hace más descubrible y reutilizable; por ejemplo, un método utilizado en un artículo sobre parásitos de peces puede ser útil para alguien que trabaje con neuronas de ratón. Pero es poco probable que el neurocientífico o neurocientífica consulte el artículo sobre peces… sin embargo, puede encontrar el protocolo en nuestra plataforma si busca usando las palabras clave adecuadas.
Al publicar un método independientemente de un artículo, se hace más fácil descubrirlo y reutilizarlo. Además, los protocolos son dinámicos y pueden actualizarse.
¿Cómo se utilizan los protocolos?
Los protocolos son recetas paso a paso, muy detalladas y muy claras, codificadas por colores. Puedes simplemente leerlos, o descargarlos para tenerlos a mano mientras haces el experimento. Puedes hacer tu propia copia, en la que puedes marcar lo que has hecho, o comentar algún paso en el que hayas hecho algo diferente, por ejemplo, así conservas una copia de tu experimento específico. O puedes crear tu propio protocolo basado en otro, y adaptarlo a tu modelo, condiciones, etc. En este caso, tu nuevo protocolo «bifurcado» estará claramente vinculado al original, por lo que se mantiene la línea de crédito.
¿Y cómo se sube un protocolo a la plataforma?
Hay tres maneras, con tres niveles de «esfuerzo», pero todas ellas muy fáciles.
Puedes simplemente «arrastrar» tu protocolo (en word u otro formato) a tu espacio de trabajo en protocols.io. Hay que tener en cuenta, sin embargo, que esto no será «publicable»: no recibirá un DOI y no estará abierto para que todos los demás lo vean. Es sólo una manera de mantener todos tus protocolos juntos.
Para publicarlo, debes hacerlo a través del editor de la plataforma. Pero, de nuevo, puedes hacerlo de una forma muy sencilla: creas un protocolo vacío, añades un título y un resumen y, a continuación, adjuntas el protocolo como documento word o PDF. Esto puede ser publicado, tener un DOI y ser público, pero no será dinámico.
La tercera forma, más compleja, es copiar y pegar cada paso. Luego la plataforma lo transforma en un protocolo dinámico, con el formato adecuado que se puede copiar, bifurcar, etc.
Incluso esta última opción no es complicada, aunque por supuesto lleva un poco más de tiempo… También tenemos un servicio de importación que lo hace por una tarifa.
Por último… ¿por qué es vuestro logo un mapache?
¡Ja ja! Si tienes curiosidad, lee este hilo de Twitter.
