Els passats 17, 18 i 19 de setembre es va celebrar al PRBB la 19a edició de la Conferència Europea de Bioconductor (EuroBioC 2025). Bioconductor és un projecte internacional i col·laboratiu que vol desenvolupar i disseminar un programari de codi obert i gratuït que faciliti una anàlisi rigorosa i reproduïble de les dades produïdes per tecnologies actuals i emergents en el camp de la biologia.
“Aquesta missió es duu a terme gràcies a un esforç sostingut per construir una comunitat diversa, col·laborativa i acollidora de persones usuàries, desenvolupadores i científiques de dades”, explica Robert Castelo, investigador al Departament de Medicina i Ciències de la vida, Universitat Pompeu Fabra (MELIS-UPF), membre de la comunitat de Bioconductor i co-organitzador d’aquesta trobada al PRBB.
Bioconductor celebra tres trobades anuals, una a Amèrica, una a Àsia, i una a Europa. Amb uns 170 participants inscrits de 24 països diferents, aquesta va ser la primera vegada que se celebrava a Espanya.
“El haver celebrat EuroBioC2025 a Barcelona ha facilitat que la comunitat bioinformàtica local hagi tingut l’oportunitat d’escoltar i interaccionar directament amb un nombre important de desenvolupadors i membres del consell assessor tècnic de Bioconductor, un dels projectes de programari de codi-obert més àmpliament adoptats en la ciència de dades biològiques”
Robert Castelo, MELIS-UPF
Parlem amb Robert Castelo (MELIS-UPF) i Juan Ramón González (Institut de Salut Global de Barcelona (ISGlobal)), co-organitzadors de la conferència, sobre com va anar l’acte i de la iniciativa de Bioconductor, que enguany fa 25 anys.
Com funciona Bioconductor i què el fa especial?
El programari de Bioconductor funciona a sobre de R, un programari també de codi obert i gratuït per l’anàlisi i l’exploració de dades mitjançant mètodes estadístics i computacionals. Una de les característiques principals de R és la seva facilitat per ampliar la seva funcionalitat a través dels anomenats “paquets de R”, que qualsevol persona amb uns mínims coneixements de programació pot contribuir i posar a disposició de tots els usuaris a través repositoris estandarditzats com CRAN o GitHub. Bioconductor funciona com un altre repositori addicional, que posa a disposició dels usuaris més de 2.000 paquets de R contribuïts per la comunitat per analitzar dades biològiques.
És a dir, que qualsevol persona pot pujar un nou “paquet” o programa a Bioconductor?
Sí, aquesta característica és crucial per entendre l’àmplia adopció de R i Bioconductor, ja que permet la transició d’usuari a desenvolupador. Sovint, un investigador expert en una àrea de coneixement, comença utilitzant el programari de Bioconductor com a usuari, se li acut una idea per millorar el programari o afegir funcionalitat, i acaba contribuint un paquet i convertint-se en desenvolupador. Per tal de facilitar aquesta transició, és molt important que la comunitat sigui diversa i tothom se senti benvingut a col·laborar, i és per això que Bioconductor demana a tothom que vulgui participar que s’adhereixi a un codi de conducta disponible en múltiples llengües.
Quina mena d’anàlisis es poden fer amb els paquets de Bioconductor?
Exemples dels tipus d’anàlisi de dades biològiques que es solen fer amb paquets de Bioconductor són l‘anàlisi d’expressió diferencial de trànscripts a partir de dades de seqüenciació massiva de l’ARN, l’exploració i control de qualitat d’aquestes dades de seqüenciació massiva de l’ARN en cèl·lules individuals, la identificació de dominis d’expressió en dades de transcriptòmica resoltes a resolució espacial, l’anàlisi d’abundància diferencial de pèptids a partir de dades de proteòmica produïdes per espectrometria de masses, o l’anàlisi computacional de la funció biològica de gens i proteïnes – entre molts d’altres!
Sembla molt útil i versàtil; quanta gent fa servir Bioconductor?
Com que el programari de Bioconductor està disponible de forma oberta i gratuïta sense necessitat de fer cap inscripció per utilitzar-lo, no és fàcil esbrinar quanta gent el fa servir. Algunes mesures indirectes d’aquest ús poden ser el nombre de descàrregues dels paquets de Bioconductor, que l’any 2024 van ser més de 50 millions, o el nombre de cites als articles que descriuen el funcionament dels paquets en revistes científiques. Per exemple, alguns dels paquets més utilitzats acumulen de l’ordre de desenes de milers de cites a Google Scholar.
Quins van ser els principals temes que es van tractar durant la trobada al PRBB?
Com les possibilitats dels paquets de Bioconductor són amplíssimes, hi va a ver una gran varietat de continguts inclosos en el congrés. Alguns dels temes més rellevants van ser al voltant de com analitzar les dades en l’àmbit de la transcriptòmica espacial, o les dades provinents de proteòmica d’una sola cèl·lula (single-cell proteomics), així com de tecnologies genòmiques que quantifiquen molècules individuals (single-molecule genomics). També es va tractar, per exemple, la integració de dades multi-òmiques, o la interoperabilitat entre el programari de Bioconductor i el programari desenvolupat en Python – un altre llenguatge de programació molt comú.
“Acollir aquí la conferència Bioconductor ha estat una oportunitat única per connectar la comunitat internacional de científics de dades i bioinformàtics amb investigadors locals. Des d’ISGlobal, veiem això com un pas clau per enfortir la ciència oberta, la reproductibilitat i els enfocaments col·laboratius en la recerca sanitària, valors que són fonamentals per a la nostra missió”
Juan Ramón González, ISGlobal
Què destacarieu d’aquest congrès de Bioconductor?
El keynote que va obrir el congrés va anar a càrrec de Vince Carey, catedràtic a la Universitat de Harvard i màxim responsable actual del projecte Bioconductor, qui va fer un repàs dels 25 anys de vida de Bioconductor.
També ens agradaria destacar que, a banda de les xerrades convidades, xerrades curtes i pòsters típics de la majoria de congresos, vam organitzar diferents sessions interactives:
- 5 tallers en sessions paral·leles, d’una hora i 45 minuts, on els assistents tenien l’oportunitat d’aprendre a utilitzar una eina o a fer una anàlisi concreta, utilitzant el seu propi dispositiu, connectat a una plataforma al núvol que facilita l’execució de les anàlisis sense haver d’invertir temps configurant el dispositiu i instal·lant programari.
- 4 sessions simultànies, anomenades “Birds-of-a-Feather”, on es van discutir temes en un format més obert. Aquestes tipus de sessions les podien proposar les pròpies persones participants fins al dia abans de la sessió.
Per acabar, com resumiríeu la importància de projectes com Bioconductor?
La biologia i la biomedicina són avui dia disciplines científiques en les què la producció i ús intensiu de grans quantitats de dades d’alta dimensió i múltiples modalitats han esdevingut imprescindibles per adreçar qüestions de recerca en la frontera del coneixement. Els projectes col·laboratius i de programari de codi obert com Bioconductor són possiblement la manera més ràpida i rigorosa de proporcionar eines per analitzar aquestes dades i accelerar al màxim el progrés científic.
