L’anàlisi de dades mai no ha estat tan rellevant, com la crisi mundial de salut causada pel coronavirus SARS-CoV-2 ha fet evident, però les dades genòmiques són increïblement difícils de navegar. Ara, un equip de bioinformàtics del Centre de Regulació Genòmica (CRG), que forma part d’ELIXIR Espanya, han desenvolupat una plataforma que permet navegar el mar de dades de SARS-CoV-2: el COVID-19 Viral Beacon.
La plataforma presenta l’oportunitat d’analitzar dades genètiques en brut i consensuades de COVID-19 de diversos conjunts de dades, cercant variants genètiques específiques i explorant les metadades associades, a partir d’una interfície intuitiva per a l’usuari. Per exemple, pot filtrar soques virals d’una regió geogràfica concreta o descobrir variants que puguin explicar diferències individuals en la resposta immune.
“La plataforma és fàcilment accessible per cercar informació genòmica del SARS-CoV-2 ràpidament, fins i tot mitjançant telèfons mòbils”
Jordi Rambla, cap d’equip d’EGA al CRG
El Viral Beacon del CRG utilitza l’API GA4GH Beacon, que es va crear inicialment per descobrir els Polimorfismes de Nucleòtids Únics (SNP) humans i compartir dades genòmiques en investigacions biomèdiques sense comprometre la privacitat.
Fa uns mesos, l’equip científic del CRG va modificar i ampliar l’arquitectura i la funcionalitat d’aquesta eina pel descobriment de dades del SARS-CoV-2. El node ELIXIR Spain va començar a recopilar seqüències genòmiques públiques a través de pipelines dedicades (llegiu l’article de Galaxy per més detalls).
Babita Singh, que forma part de l’equip EGA del CRG, va dir: “Ara busquem col·laboracions addicionals amb experts en la matèria per ajudar-nos a ampliar les funcionalitats d’aquesta eina. L’objectiu és fer de Beacon una eina ràpida de cerca de variants genòmiques per a COVID i altres malalties infeccioses. En el futur, la nostra idea és també incloure informació de variants genòmiques humanes per estudiar la interacció entre la genòmica humana i la viral“.
