Hi ha malalties que tots coneixem perquè ens toquen de prop. Qui més qui menys ha patit en primera persona o ha conviscut amb algú que tenia càncer o Alzheimer. Però no totes les malalties són tant conegudes. N’hi ha que són tant poc freqüents que ni tan sols els professionals mèdics que les han de diagnosticar les coneixen bé.
Les malalties minoritàries (MM) són aquelles que afecten a una part molt petita de la població. A dia d’avui, es coneixen més de 7.000 MM i, cadascuna d’elles afecta a molts pocs pacients. Com a màxim, a una de cada vint mil persones. A tot Catalunya, això serien unes 375 persones.
Ara bé, si sumem totes les persones que pateixen alguna malaltia minoritària, els números canvien molt. I és que una de cada 15 persones conviu amb una d’aquestes malalties poc freqüents. Si recuperem el símil, estaríem parlant de més de 500.000 persones a Catalunya.
Malgrat que cada MM és diferent, la gran majoria d’elles tenen característiques comuns. Vuit de cada deu malalties de baixa prevalença tenen un origen genètic. És a dir, es deuen a variacions en el material genètic del nostre ADN. I la gran majoria d’elles, afecten a varis òrgans.
La cerca del diagnòstic
Diagnosticar una malaltia minoritària no és senzill. A dia d’avui, els pacients s’enfronten a una odissea que es pot allargar fins a cinc anys abans no aconsegueixen tenir un diagnòstic i tractament. Per això, el consorci internacional per a la recerca de les malalties minoritàries (IRDIRC) s’ha marcat l’objectiu que a l’any 2027 qualsevol pacient de MM rebi un diagnòstic i tractament en un màxim d’un any, des que visita el metge.
Una de les eines que ajuda a facilitar aquest diagnòstic, és la plataforma RD-Connect, que pretén facilitar la troballa de les variacions genètiques que causen malalties minoritàries i, a més, permet fer-ho de manera col·laborativa. Aquesta plataforma, finançada majoritàriament per fons europeus, l’han desenvolupat científics del Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica del Centre de Regulació Genòmica (CNAG-CRG). En parlem amb el Sergi Beltran, cap de la plataforma bioinformàtica del CNAG-CRG i responsable del projecte RD-Connect.
“Si tu sol no pots arribar al diagnòstic, col·labora amb altra gent per a que junts pugueu arribar-hi”
Sergi Beltran, CNAG-CRG
Com pot una plataforma com RD-Connect facilitar el diagnòstic de les MM?
Sovint, les MM són molt difícils de diagnosticar. I no només això. A quatre de cada deu pacients els podem dir quina malaltia tenen, però en desconeixem la causa. No sabem quin és el gen o la variant que causa la malaltia. En aquests casos, hem d’estudiar tots el seu genoma per buscar quin gen és el responsable de la malaltia. Però estem treballant amb un gran volum de dades! A tot el genoma hi tenim 3.000 milions de posicions i hem de buscar on hi ha la variant que causa la malaltia.
La plataforma RD-Connect ens permet analitzar grans volums de dades i comparar un genoma amb els de molts altres pacients de MM, publicats per professionals mèdics d’arreu del món, per arribar més fàcilment al diagnòstic. El nostre ”moto” és si tu sol no pots arribar al diagnòstic, col·labora amb altra gent per a que junts pugueu arribar-hi.
Qui treballa per tirar endavant aquesta plataforma?
El desenvolupament de la plataforma l’han fet els enginyers de programari del meu grup del CNAG-CRG. Però al grup també hi ha l’equip de bioinformàtica que utilitzen el software per a processar les dades i les genetistes clíniques que analitzen les dades i proposen nous diagnòstics.
Ara bé, RD-Connect també creix gràcies als inputs que rebem dels usuaris del sistema. Els professionals mèdics o responsables de plataformes diagnòstiques d’hospitals que no han pogut diagnosticar als seus pacients fent les anàlisis típiques, posen les dades de les característiques físiques i dels genomes de pacients a la plataforma per veure si els poden diagnosticar. I amb aquestes dades, també nodrim el sistema.
Però si metges d’arreu del món poden fer créixer la plataforma, com us ho feu per a que tots “parlin el mateix idioma” i pengin dades que siguin comparables?
Tenim varis sistemes per a estandarditzar les dades que entren a la plataforma. Quan els metges volen afegir dades per descriure, per exemple, les característiques físiques dels pacients, fem servir sistemes (‘llenguatges’) controlats. Ontologies que estan traduïdes a molts idiomes on cada concepte (braç, mà, dit…) està associat a un codi numèric que l’ordinador entén i pot traduir. Així evitem errors. I passa el mateix quan introdueixen informació sobre la malaltia o grup de malalties que pateix el pacient, o bé sobre els gens que estan afectats per la malaltia.
I pel que fa a les dades del genoma, els demanem que ens enviïn les dades “crues”, tal com surten del seqüenciador, i el que fem és processar-les totes de la mateixa manera per tal que siguin comparables.
M’estàs parlant molt de professionals mèdics o personal investigador. Però els pacients poden consultar la plataforma?
No, sempre hi ha d’haver el filtre d’una institució mèdica. Volem que aquest sigui un sistema clínic que tingui el suport i coneixement dels metges que estudien d’aquestes malalties. A més, per qüestions ètiques i legals a la plataforma totes les dades estan pseudo-anonimitzades. És a dir, la gent que hi treballa o consulta les dades no sap a qui pertanyen. Només aquell metge que ha enviat les dades sap a quin pacient corresponen.
Clínica, genètica, legalitat, anonimització de dades… heu tingut en compte moltíssims aspectes a l’hora de dissenyar RD-Connect. Quants anys heu trigat a desenvolupar la plataforma?
Si no recordo malament, el 2014 vam fer el primer esbós de com havia de ser el sistema. I a mesura que ha anat creixent, l’hem anat millorant i s’ha anat enriquint en dades.
“Les dades dels familiars ens ajuden a arribar al diagnòstic del pacient. Si tots estan afectats, busquem coses que el pacient i els familiars tinguin en comú. I sinó, busquem coses que tingui el pacient i no tinguin els familiars”
Sergi Beltran, CNAG-CRG
En aquests set anys d’història, quants genomes heu arribat a acumular?
Ara mateix a la plataforma RD-Connect genome-phenome analysis platform, tenim dades de més de 15.000 individus. El que passa és que aquí incloem les dades dels pacients i dels seus familiars, perquè moltes vegades les dades dels familiars ens ajuden a arribar al diagnòstic del pacient. Si els familiars estan afectats, sabem que hem de buscar coses que tinguin en comú el pacient i els familiars. En canvi si els familiars no estan afectats, busquem la inversa: coses que tingui el pacient i no tinguin els familiars.
Així, tenim dades d’uns 8000 pacients i, la resta, serien familiars.
I amb totes aquestes dades, sabeu a quants pacients heu ajudat a diagnosticar?
És difícil donar un valor exacte perquè moltes vegades no tenim un retorn d’aquesta informació. Quan nosaltres enviem un possible diagnòstic als metges, no sempre tornen al sistema per a confirmar-lo. Però que en tinguem constància, sabem que hem contribuït a fer un miler de diagnòstics, tot i que segur que en són molts més!
Per tirar endavant un projecte com la plataforma RD-Connect els investigadors del CNAG-CRG treballen colze a colze amb metges i associacions de pacients. Si us ve de gust aprofundir en aquestes sinèrgies, us convidem a veure el cafè científic en línia ‘Ciència, medicina i pacients: un treball en equip per a tractar les malalties minoritàries’ (en castellà) que el CRG va emetre el passat mes d’octubre al seu canal de YouTube.
