Els estudis de biociències i salut es basen cada cop més en decisions preses a partir de dades complexes. Progressivament, les dades de seqüenciació, les imatges d’alta resolució o els registres mèdics complexos s’analitzen mitjançant algorismes per trobar els millors resultats. Per altra banda, les solucions al núvol són cada cop més populars per emmagatzemar grans quantitats de dades. Per això, en aquest entorn biològic on hi habiten les TIC, les solucions que permeten als investigadors simplificar l’anàlisi de les seves dades complexes són, cada vegada, més populars.
Seqera Labs és una plataforma de flux de treball i orquestració de dades amb seu a Barcelona que permet al personal investigador analitzar grans quantitats de dades biològiques d’una manera senzilla, segura, ràpida i col·laborativa. L’empresa, que va sortir del Centre de Regulació Genòmica (CRG), acaba de recaptar 5,5 milions de dòlars en finançament i té previst ampliar la seva presència a Amèrica del Nord.
Una empresa que va néixer al laboratori
L’any 2010, els investigadors del grup de recerca en bioinformàtica i genòmica del CRG, Paolo Di Tommaso i més tard Evan Floden, juntament amb el seu supervisor, Cedric Notredame, van començar a discutir les possibilitats de simplificar la compilació i l’anàlisi de dades al núvol d’una manera fàcil i col·laborativa. Tres anys més tard, Nextflow es va publicar com a codi obert i aviat va sorgir una petita comunitat d’usuaris.
Una dècada després, Nextflow té més de 10.000 usuaris a tot el món. “Mantenim la tecnologia sense restriccions perquè creiem en l’accés obert i això és el que permet que la gent ens conegui”, diu Di Tommaso. Tanmateix, també han creat Seqera per facilitar la gestió i el control de dades dels fluxos de treball de Nextflow per part de les organitzacions. Actualment, Seqera ja ofereix programari comercial a 40 organitzacions entre hospitals, empreses farmacèutiques i start-ups biomèdiques d’Europa i els Estats Units.
Nextflow és un programari obert i gratuit, mentre que Seqera és una empresa que ofereix a les organitzacions un servei de gestió i control de fluxos de treball de Nextflow.
El núvol: la clau per garantir la seguretat i la viabilitat econòmica
Un dels principals avantatges de Seqera és que permet als usuaris fer les anàlisis al núvol. D’aquesta manera, es redueix el cost de l’anàlisi mentre les dades es mantenen en un entorn segur.
Amb aquest sistema basat en el núvol, són capaços d’analitzar grans quantitats de dades, principalment dades de seqüenciació. Ajuden els usuaris a fer anàlisis variades com la vigilància de patògens, el desenvolupament d’immunoteràpies personalitzades o la generació de vacunes o tractaments personalitzats basats en dades de seqüenciació d’individus, mentre que també assisteixen institucions de recerca tradicionals com SciLifeLab, QBic o l’Institut Sanger.
“El nostre programari bàsic, Nextflow, és realment obert i creix per sí mateix. Un bon exemple és l’adaptació que n’ha fet el consorci COVID del Regne Unit que ha analitzat la seqüència SARS-Cov-2 en mostres d’aproximadament el 10% de la població del Regne Unit amb COVID19. Això ha donat lloc a la identificació de les variants alfa i delta i s’ha replicat arreu del món“, explica Floden.
“Nextflow ha estat utilitzat pel consorci COVID del Regne Unit per analitzar la seqüència SARS-Cov-2 en el 10% de la població, donant lloc a la identificació de les variants alfa i delta”
Evan Floden (CEO i co-fundador de Seqera)
Un futur prometedor
Aquesta tardor, Seqera va recaptar 5,5 milions de dòlars en finançament de Talis Capital, Speedinvest, BoxOne Ventures i una subvenció de la Chan Zuckerberg Initiative. “Aquesta és una fita important pel que fa a la nostra capacitat de creixement. Fa 18 mesos, només érem dues persones. Ara, tenim un equip de 20 persones que inclou enginyers, arquitectes de solucions, personal de vendes i desenvolupadors, i esperem tornar a duplicar l’equip abans de finals de l’any vinent”, assenyala Floden.
Tanmateix, fundar una empresa va més enllà del seu creixement. “Gestionar una empresa és completament diferent de la recerca bàsica. Mirant enrere, hem après un munt de coses; des de familiaritzar-nos amb el vocabulari empresarial fins a gestionar un procés de recaptació de fons o contractar un equip de vendes. I encara ens queda molt per aprendre per dur l’empresa més enllà”, diu Di Tommaso.
