Veure és creure, diuen. I ara, el CNAG-CRG ha aconseguit formar part d’un nou centre de visualització del genoma que té com a objectiu desenvolupar tecnologies que permetin veure tot el genoma humà, al complet i en 3D.
El laboratori d’en Marc Martí-Renom al CNAG-CRG col·laborarà amb d’altres a la Facultat de Medicina de Harvard, a Brown University i al Baylor College of Medicine per tal d’aconseguir aquest objectiu.
Les tècniques existents avui dia tan sols permeten observar, com a molt, un 1% del genoma d’un cop d’ull. “El que volem fer és un canvi equivalent a passar de la tele en blanc i negre a una SmartTV en 4K”, compara en Marc.
Per això comptaran amb 11,2 milions de dòlars en els propers cinc anys, gentilesa dels Instituts Nacionals de Salut (NIH) dels Estats Units. “El nou centre serà ‘virtual’, en el sentit que cadascú treballarà des del seu centre actual; similar al que seria un Centre d’excel·lència de la UE”, explica el cap de grup. “Però estem muntant un laboratori central, que anomenen “INCUBATOR”, que estarà a Harvard i on hi hauran membres dels 4 grups de recerca que en formem part”.
Així, en els propers cinc anys desenvoluparan tècniques per veure el genoma ‘in situ’, dins del nucli on està plegat: 2m d’ADN dins un nucli d’unes ~10 micres. “Si el genoma no es plega bé, hi ha problemes de desenvolupament, càncer, etc. El que volem és que aquesta visualització pugui arribar a fer-se de forma senzilla, rutinària, a hospitals o centres de diagnòstic d’arreu del món”, diu en Martí-Renom.
La nova col·laboració compta amb 11’2 milions de dòlars per aconseguir, en 5 anys, visualitzar sota el microscopi el genoma humà sencer (uns 2m d’ADN) dins el nucli d’una única cèl·lula i en 3D.
No ha estat gens fàcil aconseguir formar part d’aquest gran projecte. “És un tipus de finançament dels NIH que no es sol donar a grups de fora d’Estats Units”, diu en Marc. El Centre de Regulació Genòmica (CRG) ho havia aconseguit una vegada abans, quan el grup liderat pel Roderic Guigó va participar en la seqüenciació del genoma humà, ja fa 20 anys.
En aquesta ocasió, l’equip d’en Martí-Renom ho ha aconseguit gràcies a la seva expertesa en l’anàlisi computacional de les imatges que sortiran dels microscopis, com han mostrat en recents articles.
“Portem col·laborant amb aquesta gent des del 2018. L’any passat ens vam presentar a la convocatòria i vam quedar aprop d’aconseguir l’ajut. Aquest any ho hem assolit principalment perquè ja hem demostrat que el que volem fer, es pot fer”, explica en Marc, apuntant a un article que van publicar a finals de l’any passat descrivint OligoFISSEQ, un nou mètode per a mapejar genomes que van desenvolupar amb el grup de Harvard.
Així, ara comença aquest camí de cinc anys per intentar abordar, per primera vegada, la visualització del genoma humà sencer a nivell d’una única cèl·lula i en 3D – sota el microscopi. I pel grup d’en Martí-Renom és un orgull formar-ne part.
“Més enllà de l’aportació econòmica, aquesta ajuda representa per a nosaltres un important reconeixement internacional de prestigi”
Marc Martí-Renom, cap de grup al CNAG-CRG
“Apart dels diners rebuts (1,8M$ pel nostre grup, més la part que ens toca dels 6M$ de Harvard a través del “Incubator”), i no menys important per nosaltres, aquesta ajuda representa un reconeixement internacional important de prestigi”, conclou l’investigador.
