David Searls, actualment consultor independent a Philadelphia, USA, va deixar fa dos anys el seu càrrec com a vicepresident sènior de la secció bioinformàtica de la multinacional GlaxoSmithKline. Des d’aleshores l’informàtic, que ha passat 16 anys en el món acadèmic i 19 en el de la indústria, ha tornat a dedicar-se als seus estudis teòrics sobre l’anàlisi lingüístic de seqüències biològiques. El passat setembre va visitar el Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB) i ens va parlar sobre drogues i ordinadors.
Quin paper juga la bioinformàtica en el desenvolupament de fàrmacs?
És un pas essencial. No només la descoberta de fàrmacs, sinó tota la biologia s’ha tornat una ciència de la informació d’ençà de la seqüenciació del genoma humà i de les tecnologies d’alt rendiment. Hi ha una enorme quantitat de dades a tractar i es necessiten ordinadors per analitza-les.
“El desenvolupament de fàrmacs, com tota la biologia en general, s’ha tornat una ciència de la informació, amb una enorme quantitat de dades a tractar, i es necessiten ordinador per a analitzar-les”
David Searls
Com afecta la crisi de la indústria a les empreses farmacèutiques?
És cert que la indústria està passant per uns moments molt difícils, ja que els costos estan augmentant a la vegada que el nombre de fàrmacs desenvolupats disminueix. Una de les maneres com les grans farmacèutiques responen a això és deixant de banda algunes de les àrees terapèutiques. També estan fent més “in-licensing”, és a dir, compren fàrmacs en diferents fases de desenvolupament a companyies biotecnològiques més petites o a universitats. D’aquesta manera, les idees, la ciència bàsica i les primeres proves les fan les petites empreses i les grans farmacèutiques fan només la fase final, els assaigs clínics, que és el que saben fer millor. En resum, s’està creant un model econòmic més repartit.
Pot ajudar la bioinformàtica en aquesta crisi?
Sí que pot. Una de les raons per les que el cost de desenvolupament de fàrmacs és tant alt, és que moltes de les molècules estudiades com a fàrmacs potencials no són eficients o tenen efectes secundaris no desitjats. Com que aquests efectes solen ser deguts a la interacció del fàrmac amb altres proteïnes que no són la seva diana, un millor ús de la predicció de les interaccions entre molècules pot prevenir un fracàs en un estat més primerenc del desenvolupament.
Una altra manera com la bioinformàtica pot ajudar és en el reposicionament de fàrmacs, on es busquen altres usos a un fàrmac que serveix per tractar una malaltia determinada.. La bioinformàtica pot ajudar a buscar diferents proteïnes amb les que interacciona una diana terapèutica concreta i predir en quins altres processos pot estar involucrada aquesta diana. L’avantatge del reposicionament de fàrmacs és que ja tenim dades sobre la seguretat del fàrmac, que és un dels processos més cars.
“Una de les raons de l’alt cost del desenvolupament de fàrmacs és que moltes de les molècules estudiades no són eficients o tenen efectes secundaris no desitjats. Una millor predicció de les interaccions entre molècules, gràcies a la bioinformàtica, pot prevenir un fracàs posterior”
Quin serà el rol de la bioinformàtica en la medicina personalitzada?
Ja s’està utilitzant per classificar malalties a través de l’anàlisi del transcriptoma, és a dir quins gens estan activats en cada teixit. Això permet trobar, dins un tumor aparentment homogeni, subtipus diferents que són susceptibles a diferents drogues. Així, podem comprovar el patró d’expressió dels pacients i decidir quin és el millor tractament per a ells.
A més, la medicina personalitzada no consistirà en ‘una droga determinada per un individu determinat’, sinó en la millor combinació de fàrmacs per a cada persona. De nou, la bioinformàtica pot ajudar en la predicció de quines combinacions seran més útils.
