El passat 17 de novembre, els participants de l’ “EMBO Practical Course on Targeted Proteomics” van celebrar el final del curs amb un gran pastís. Aquesta celebració tenia un motiu especial: el servei de protèomica al Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB) (una unitat mixta del Centre de Regulació Genòmica (CRG) i el Departament de Medicina i Ciències de la vida, Universitat Pompeu Fabra (MELIS-UPF)) celebrava 10 anys dels seus cursos anuals de proteòmica, per on ja han passat unes 500 persones.
“Vam iniciar els cursos perquè comptàvem amb un profund ‘know how’ i expertesa en optimitzar els resultats dels experiments de proteòmica. El nostre objectiu era compartir aquest coneixement als investigadors i investigadores. Creiem que amb una formació adequada es poden plantejar preguntes més incisives, saber quins són els experiments més apropiats, i en definitiva, maximitzar els beneficis de les tècniques de proteòmica per a la recerca biomèdica”, diu Eduard Sabidó, cap del servei.
Desenvolupar i oferir aquestes formacions ha permès a l’equip la capacitat d’atraure formadors i estudiants d’arreu del món fomentant el networking, la interacció mútua, i establint un epicentre de coneixement en proteòmica a nivell local, nacional i internacional.
El servei organitza dos cursos anuals:
- El curs “Courses@CRG: Advanced Proteomics Course”, part de la sèrie Courses@CRG i amb una acollida de 16 a 20 participants, atrau professionals de tot Europa.
- El curs “EMBO Practical Course on Targeted Proteomics”, organitzat inicialment en col·laboració amb la Universitat Politècnica de Zuric (ETH Zuric) i ara amb la Universitat de Washington (UW, Seattle), gaudeix d’un caràcter decididament internacional, amb uns 25 estudiants per edició provinents no tan sols d’Europa sinó de diferents països de l’Àfrica, Amèrica i Oceania.
El primer curs està dissenyat per a professionals en el camp de la recerca biomèdica que desitgen incorporar les tècniques de proteòmica en els seus projectes. “El nostre objectiu principal és proporcionar una revisió exhaustiva d’aquestes tècniques i les seves aplicacions en la recerca biomèdica. Guiem als estudiants a través de tot el procés: des de la selecció dels experiments més pertinents i la identificació de les preguntes clau, fins a la correcta preparació de les mostres”, assenyala Sabidó.
El segon curs, dedicat específicament a les últimes innovacions en el camp de la proteòmica dirigida, està enfocat a experts i investigadors amb experiència prèvia en aquest àmbit. No tan sols els participants provenen d’arreu del món, sinó també els i les formadores són de caire internacional. “Gràcies al finançament de l’EMBO, al qual hem d’aplicar cada any de forma competitiva, tenim l’oportunitat de convidar especialistes d’arreu que han estat pioners en les novetats més rellevants en proteòmica dels últims anys”, diu el cap de la unitat. “És una prioritat per nosaltres diversificar i convidar diferents experts i expertes en cada edició”.
Uns cursos molt intensius
Aquests cursos són una gran oportunitat i estan molt ben valorats pels participants; però també són exigents. Duren una setmana sencera, de 9 del matí a 6 de la tarda. “Al matí reben les lliçons teòriques, i a les tardes estan amb els seus ordinadors, analitzant les dades que els donem”, explica Guadalupe Espadas, membre del servei de proteòmica implicada en el desenvolupament d’aquestes formacions.
“Per posar un exemple del grau de dedicació i interès dels nostres estudiants, recordo que durant l’edició online de 2021, adaptada a causa de la pandèmia, teníem una estudiant d’Austràlia. Per la diferència horària, ella feia el curs durant la nit: vèiem com s’anava fent de nit quan començàvem les sessions del matí, i al finalitzar el dia vèiem la sortida del sol per la seva pantalla!”, recorda Sabidó.
Al llarg d’aquests 10 anys, gairebé 500 estudiants i entre 50 i 75 instructors han format part d’aquests cursos de proteòmica. Això ha suposat també un valor afegit per la pròpia unitat. “Aquests cursos ens ha permès consolidar una comunitat d’experts i expertes en proteòmica, facilitant l’intercanvi de coneixements amb investigadors clau en el camp, així com l’establir noves col·laboracions i potenciar la visibilitat del nostre servei en el camp de la proteòmica i les disciplines on s’implementen aquestes tècniques”, conclou Sabidó.
La proteòmica, clau en la biomedicina actual
I és que aquesta disciplina té una ampla gamma d’aplicacions en biomedicina. Al cap i a la fi, la proteòmica se centra en l’estudi del conjunt de proteïnes d’un organisme: la seva localització, abundància, les seves modificacions, i les interaccions amb altres proteïnes. Cal recordar que les proteïnes són components fonamentals de la cèl·lula. “Són els blocs de construcció, els interruptors de les funcions cel·lulars, i moltes d’elles són dianes de fàrmacs – o actuen com a fàrmacs elles mateixes, com els anticossos monoclonals”, exemplifica Eva Borràs, membre del servei de proteòmica i professora dels cursos. “Per això, l’estudi de les proteïnes té un impacte molt important en la recerca biomèdica i traslacional”, continua.
La proteòmica se centra en l’estudi del conjunt de proteïnes d’un organisme: la seva localització, abundància, les seves modificacions, i les interaccions amb altres proteïnes.
També és un camp en continu desenvolupament. “En aquests darrers deu anys de formació ens hem anant adaptant a les novetats del camp. El temari d’aquest any té poc a veure amb el del primer any. Hem introduït les noves tecnologies que han anat apareixent i hem perfeccionat els materials docents, sobretot els tutorials, que son molt detallats i una gran eina educativa”, explica Cristina Chiva, una altra de les membres del servei de proteòmica encarregada dels cursos i la generació dels materials.
Tot i que no ha estat ni de bon tros l’únic canvi, la irrupció de la intel·ligència artificial també ha tingut un impacte important en el camp. “Fa un parell d’anys, parlant del projecte PROTrEIN que coordinem – un projecte de formació en algorismes d’aprenentatge automàtic i proteòmica que acabarà el 2024 – vam comentar que les tecnologies d’aprenentatge automàtic serien d’ús comú en ciència. De fet, en el terreny de la interpretació de dades, hem vist una proliferació d’algoritmes basats en IA. Aquestes són eines molt importants, per exemple, per predir certes propietats dels pèptids i les proteïnes, i anticipar com es comportaran dins l’espectròmetre de masses per millorar-ne la seva detecció”, explica Sabidó. “Però no m’imaginava la ràpida adopció i expansió que han tingut aquestes tècniques també fora del món especialitzat de la recerca, i que apareixerien eines com el chatGPT on qualsevol pot plantejar una pregunta i obtenir una resposta coherent!”, confesa l’investigador.
Són temps emocionants, i és probable que algunes de les tecnologies que es presentaran en els cursos del servei de proteòmica d’aquí 10 anys siguin ara impensables. De moment, gaudim del pastís mentre celebrem aquests primers i exitosos 10 anys.
