Hay enfermedades que todos conocemos porque nos tocan de cerca. Quien más quien menos ha sufrido en primera persona o ha convivido con alguien que tenía cáncer o Alzheimer. Pero no todas las enfermedades son tan conocidas. Las hay que son tan poco frecuentes que ni siquiera los profesionales médicos que las tienen que diagnosticar las conocen bien.
Las enfermedades raras (ER) son aquellas que afectan a una parte muy pequeña de la población. A día de hoy, se conocen más de 7.000 ER y, cada una de ellas afecta a muy pocos pacientes. Como máximo, a una de cada veinte mil personas. En toda España, esto serían unas 2500 personas.
Ahora bien, si sumamos todas las personas que sufren alguna enfermedad rara, los números cambian mucho, ya que una de cada 15 personas convive con una de estas enfermedades poco frecuentes. Si recuperamos el símil, estaríamos hablando de más de tres millones de personas en España.
A pesar de que cada ER es diferente, la gran mayoría de ellas tienen características comunes. Ocho de cada diez enfermedades de baja prevalencia tienen un origen genético. Es decir, se deben a variaciones en el material genético de nuestro ADN. Y la gran mayoría de ellas, afectan a varios órganos.
La búsqueda del diagnóstico
Diagnosticar una enfermedad rara no es fácil. Hoy en día, los pacientes se enfrentan a una odisea que se puede alargar hasta cinco años antes de conseguir diagnóstico y tratamiento. Por eso, el consorcio internacional para la investigación de enfermedades raras (IRDIRC) se ha marcado el objetivo que para el año 2027 cualquier paciente de ER reciba diagnóstico y tratamiento en un término máximo de un año desde que visita al médico.
Una de las herramientas que ayuda a facilitar este diagnóstico, es la plataforma RD-Connect, que quiere poner más fácil identificar las variaciones genéticas que causan enfermedades raras y, además, permite hacerlo de manera colaborativa. Esta plataforma, financiada mayoritariamente por fondos europeos, ha sido desarrollada por científicos del Centro Nacional de Análisis Genómica del Centro de Regulación Genómica (CNAG-CRG). Hablamos con Sergi Beltran, jefe de la plataforma bioinformática del CNAG-CRG y responsable del proyecto RD-Connect.
“Si tu solo no puedes llegar al diagnóstico, colabora con otra gente para que juntos podáis llegar»
Sergi Beltran, CNAG-CRG
¿Cómo puede facilitar el diagnóstico una plataforma como RD-Connect?
A menudo, las ER son muy difíciles de diagnosticar. Y no solo eso. A cuatro de cada diez pacientes les podemos decir qué enfermedad tienen, pero desconocemos la causa. No sabemos qué gen o variante está causando la enfermedad. En esos casos, tenemos que estudiar todos los genes de su genoma para buscar cuál de ellos es el responsable de la enfermedad. ¡Pero estamos trabajando con un gran volumen de datos! En todo el genoma tenemos 3.000 millones de posiciones y tenemos que buscar dónde está la variante que causa la enfermedad.
La plataforma RD-Connect nos permite analizar grandes volúmenes de datos y comparar un genoma con los de muchos otros pacientes de ER, publicados por profesionales médicos de todo el mundo, para llegar más fácilmente al diagnóstico. Nuestro ”moto” es si tu solo no puedes llegar al diagnóstico, colabora con otra gente para que juntos podáis llegar.
¿Quién trabaja para sacar adelante esta plataforma?
El desarrollo de la plataforma lo han hecho los ingenieros de software de mi grupo del CNAG-CRG. Pero en el grupo también tenemos un equipo de bioinformática que utilizan el software para procesar los datos y las genetistas clínicas que analizan los datos y proponen nuevos diagnósticos.
Ahora bien, RD-Connect también crece gracias a los inputs que recibimos de los usuarios del sistema. Los profesionales médicos o responsables de plataformas de diagnóstico de hospitales que no han podido diagnosticar a sus pacientes haciendo los análisis más típicos, ponen los datos de las características físicas y de los genomas de pacientes en la plataforma para ver si los pueden diagnosticar. Y con estos datos, también nutrimos el sistema.
Pero si médicos de todo el mundo pueden hacer crecer la plataforma, ¿Cómo lo hacéis para que todos hablen el mismo idioma y cuelguen datos que sean comparables?
Tenemos varios sistemas para estandarizar los datos que entran en la plataforma. Cuando los médicos quieren añadir datos para describir, por ejemplo, las características físicas de los pacientes, usamos sistemas (lenguajes) controlados. Ontologías que están traducidas a muchos idiomas donde cada concepto (brazo, mano, dedo…) está asociado a un código numérico que el ordenador puede entender y traducir. Y pasa lo mismo cuando introducen información sobre la enfermedad o el grupo de enfermedades que sufre el paciente, o sobre los genes que están afectados por la enfermedad.
Y por lo que respeta a los datos genómicos, les pedimos que nos manden los datos «crudos», tal y como salen del secuenciador, y lo que hacemos es procesarlos todos de la misma forma para que sean comparables.
Me hablas mucho de personal médico e investigador. Pero, ¿los pacientes pueden consultar la plataforma?
No, siempre tiene que haber el filtro de la institución médica. Queremos que este sea un sistema clínico que tenga el apoyo y conocimiento del personal médico que estudia estas enfermedades. Además, por cuestiones éticas y legales, en la plataforma todos los datos están pseudo anonimizados. Es decir, la gente que trabaja o consulta los datos no sabe a quién pertenecen. Sólo la persona que ha mandado los datos sabe a qué paciente pertenecen.
Clínica, genética, legalidad, anonimización de datos… habéis considerado muchísimos aspectos a la hora de diseñar RD-Connect. ¿Cuántos años habéis tardado en desarrollar la plataforma?
Si mal no recuerdo, el 2014 hicimos el primer borrador de cómo tenia que ser el sistema. Y a medida que ha ido creciendo, lo hemos ido mejorando y nutriendo con datos.
“Los datos de los familiares nos ayudan a diagnosticar al paciente. Si todos están afectados, buscamos cosas que tengan en común el paciente y los familiares. Y si no, buscamos cosas que tenga el paciente y no tengan los familiares”
Sergi Beltran, CNAG-CRG
En estos siete años de historia, ¿cuántos genomas habéis acumulado?
Ahora mismo en la plataforma RD-Connect genome-phenome analysis platform, tenemos datos de más de 15.000 individuos. Lo que pasa es que aquí tenemos datos de pacientes y de sus familiares, porque muchas veces los datos de los familiares nos ayudan a llegar al diagnóstico del paciente. Si los familiares están afectados, sabemos que tenemos que buscar cosas que tengan en común el paciente y los familiares. En cambio, si los familiares no están afectados, buscamos a la inversa: cosas que tenga el paciente y no tengan los familiares.
Más o menos ahora tenemos datos de 8000 pacientes y, el resto, serían familiares.
¿Y con todos estos datos, sabéis a cuantos pacientes habéis ayudado a diagnosticar?
Es difícil dar una cifra exacta porque muchas veces no tenemos un retorno de esta información. Nosotros enviamos un posible diagnóstico a los médicos, pero ellos no siempre vuelven al sistema para confirmarlo. Pero sabemos que, por lo menos, hemos contribuido a hacer un millar de diagnósticos, ¡aunque seguro que son muchos más!
Para sacar adelante un proyecto como la plataforma RD-Connect los y las investigadoras del CNAG-CRG trabajan codo a codo con médicos y asociaciones de pacientes. Si os apetece profundizar en estas sinergias, os invitamos a ver el café científico en línea ‘Ciencia, medicina y pacientes: un trabajo en equipo para tratar las enfermedades raras’ que el CRG emitió el pasado mes de octubre en su canal de YouTube.
