Unos 1.300 científicos de 70 centros de investigación en 37 países diferentes se han unido para secuenciar y analizar los genomas de 2.658 donantes con 38 tipos de tumores.
El resultado – 800 terabytes de información que representan el mapa genómico más completo de 38 tipos diferentes de tumores – ha sido publicado en 23 artículos en la revista Nature.
Este Pan-Cancer Atlas es el resultado de los análisis de datos generados durante más de una década por The Cancer Genome Atlas (TCGA) y el International Cancer Genome Consortium (ICGC). Esos proyectos anteriores se habían centrado principalmente en el 1% del genoma humano que codifica las proteínas. Ahora, los investigadores del ‘Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Project’ han examinado el 99% restante del genoma para identificar patrones comunes de mutaciones que podrían causar cáncer y, por lo tanto, encontrar nuevas formas de prevenir, diagnosticar y tratar esta enfermedad.
En España, el Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG) ha contribuido, entre otras cosas, mediante la secuenciación de tumores primarios de leucemia linfática crónica.
Hablamos con Ivo Gut, director del CNAG-CRG.
The Pan-Cancer Genome Project ha dado como resultado un mapa genómico completo de 38 tipos diferentes de tumores. España se ha centrado en la leucemia linfática crónica.
¿Cuál ha sido la contribución de CNAG-CRG al proyecto?
La contribución española al ICGC se ha centrado en la leucemia linfática crónica. Coordinados desde el Hospital Clínic, muchos hospitales participaron en la obtención de muestras. Y varias universidades y centros de investigación jugaron un papel importante. En el CNAG-CRG, secuenciamos aproximadamente 100 muestras del proyecto Pan-Cancer, que representan alrededor del 5% del total.
Aparte de esto, creo que hicimos otra contribución importante, aunque menos visible. Todo el consorcio se dividió en 18 grupos de trabajo. Yo lideré el último grupo creado, pero, en mi opinión, uno de los más importantes: el grupo de trabajo de Control de Calidad. Nuestro objetivo era asegurar que todas las secuencias, que provenían de centros de secuenciación de todo el mundo, tuvieran una calidad suficiente. Esto no fue tan sencillo; ¡pronto nos dimos cuenta de que todos definían la calidad de una manera diferente! Así que establecimos 5 criterios, con umbrales específicos, y determinamos estos cinco criterios en todos los genomas. Al final, eso significó que tuvimos que descartar el 10% de los 3000 genomas enviados, porque no alcanzaron el umbral. Evidentemente, si tienes datos de mala calidad, toda la interpretación que se obtiene no es fiable…
¿Cuáles han sido los retos y los aspectos más destacados de esta colaboración?
El mayor desafío es la gran cantidad de datos generados – ¡cada genoma que analizamos tiene 100.000.000.000 de bases secuenciadas! Lleva meses copiar todos los datos de los más de 2,500 genomas de cáncer. Solo el esfuerzo de llevar todos los datos a un solo lugar ya es un gran reto a nivel técnico. Pero al final, lo importante es que hemos demostrado que podemos hacerlo, y este trabajo inicial abre infinitas posibilidades para futuros estudios.
Para cada paciente, obtuvimos tejido canceroso y tejido sano, y comparamos sus secuencias genómicas para buscar diferencias. Pero la belleza de este proyecto es que… ¡puedes comparar lo que quieras! Puede comparar decenas de genomas del mismo tipo de tumor. O comparar diferentes tipos de tumores entre sí, para ver si hay mutaciones que sean comunes a todos los tipos.
Tan solo el esfuerzo de llevar todos los datos a un solo lugar ya es un gran desafío técnico. Pero esta gran cantidad de datos abre infinitas posibilidades para futuros estudios.
¿A donde nos lleva esto?
Creo que en un futuro cercano veremos que la información genómica se usa de forma generalizada en las decisiones clínicas. El costo de la secuenciación no es tan grande; creo que en menos de 5 años la mayoría de las personas con cáncer podrían secuenciar su genoma. Los hallazgos del estudio Pan-Cancer, y todo lo que aprenderemos de estos datos, seran clave para el desarrollo de la medicina personalizada.
«En un futuro cercano, veremos que la información genómica se usa comúnmente en las decisiones clínicas.»
De hecho ya hay nuevos estudios en la misma línea. Actualmente participo en el «1 + Million Genomes«, una iniciativa de los estados miembros Europeos, donde 21 países de Europa están tratando de establecer un sistema mediante el cual puedan compartir información genómica y clínica entre ellos. Cada país tiene su propia información, pero permite que personas expertas busquen en el conjunto de datos. La idea es tener 1 millón de genomas disponibles para 2022, y eventualmente integrar esto en la atención médica. Esto será tremendamente útil, todos estos datos ayudarán a informar el diagnóstico y el tratamiento, en particular en áreas como enfermedades raras y cáncer.
