Los estudios de biociencias y salud se basan cada vez más en decisiones tomadas a partir de datos complejos. Progresivamente, los datos de secuenciación, las imágenes de alta resolución o los registros médicos complejos se analizan mediante algoritmos para encontrar los mejores resultados. Además, las soluciones en la nube son cada vez más populares para almacenar grandes cantidades de datos. Por eso, en este entorno biológico donde habitan las TIC, las soluciones que permiten a los y las investigadoras simplificar el análisis de sus datos complejos, son cada vez más populares.
Seqera Labs es una plataforma de flujo de trabajo y orquestación de datos con sede en Barcelona que permite al personal investigador analizar grandes cantidades de datos biológicos de una forma sencilla, segura, rápida y colaborativa. La empresa, que salió del Centro de Regulación Genómica (CRG), acaba de recaudar 5,5 millones de dólares en financiación y planea ampliar su presencia en Norteamérica.
Una empresa que salió del laboratorio
En 2010, los investigadores del grupo de investigación en bioinformática y genómica del CRG, Paolo Di Tommaso y más tarde Evan Floden, junto con su supervisor, Cedric Notredame, empezaron a discutir las posibilidades de simplificar la compilación y el análisis de datos en la nube de una forma fácil y colaborativa. Tres años más tarde, Nextflow se publicó como código abierto y pronto surgió una pequeña comunidad de usuarios.
Una década más tarde, Nextflow cuenta con más de 10.000 usuarios en todo el mundo. «Mantenemos la tecnología sin restricciones porque creemos en el acceso abierto y eso es lo que permite que la gente nos conozca», dice Di Tommaso. Asimismo, también han creado Seqera para facilitar la gestión y control de datos de los flujos de trabajo de Nextflow para organizaciones. Actualmente, Seqera ya ofrece software comercial a 40 organizaciones entre hospitales, empresas farmacéuticas y start-ups biomédicas de Europa y Estados Unidos.
Nextflow es libre y de acceso abierto, mientras que Seqera es una empresa que nació para facilitar a las organizaciones la gestión y control de datos de los flujos de trabajo de Nextflow.
La nube: la clave para garantizar la seguridad y la viabilidad económica
Una de las principales ventajas de Seqera es que permite a los usuarios realizar los análisis en la nube. De esta forma, se reduce el coste del análisis mientras los datos se mantienen en un entorno seguro.
Con este sistema basado en la nube, son capaces de analizar grandes cantidades de datos, principalmente datos de secuenciación. Ayudan a los usuarios a realizar análisis variados como la vigilancia de patógenos, el desarrollo de inmunoterapias personalizadas o la generación de vacunas o tratamientos personalizados basados en datos de secuenciación de individuos, mientras que a la vez asisten a instituciones de investigación tradicionales como SciLifeLab, QBic o el Instituto Sanger.
“Nuestro software básico, Nextflow, es realmente abierto y crece por sí mismo. Un buen ejemplo es la adaptación que ha realizado el consorcio COVID del Reino Unido que ha analizado la secuencia SARS-Cov-2 en muestras de aproximadamente el 10% de la población del Reino Unido con COVID19. Esto ha dado lugar a la identificación de las variantes alfa y delta y se ha replicado en todo el mundo”, explica Floden.
«Nextflow ha sido utilizado por el consorcio COVID del Reino Unido para analizar la secuencia SARS-Cov-2 en el 10% de la población del Reino Unido con COVID19, ayudando a la identificación de las variantes alfa y delta»
Evan Floden (CEO y co-fundador de Seqera)
Un futuro prometedor
Este otoño, Seqera recaudó 5,5 millones de dólares en financiación de Talis Capital, Speedinvest, BoxOne Ventures y una subvención de la Chan Zuckerberg Initiative. “Este es un hito importante en lo que respecta a nuestra capacidad de crecimiento. Hace 18 meses, sólo éramos dos personas. Ahora, tenemos un equipo de 20 personas que incluye ingenieros, arquitectos de soluciones, personal de ventas y desarrolladores, y esperamos volver a duplicar el equipo antes de finales del próximo año”, señala Floden.
Sin embargo, fundar una empresa va más allá de su crecimiento. “Gestionar una empresa es completamente distinto a la investigación básica. Mirando hacia atrás, hemos aprendido un montón de cosas; desde familiarizarnos con el vocabulario empresarial hasta gestionar un proceso de recaudación de fondos o contratar a un equipo de ventas. Y todavía nos queda mucho por aprender para llevar la empresa más allá”, dice Di Tommaso.
