El análisis de datos nunca ha sido tan relevante, como ha demostrado la crisis mundial de salud causada por el coronavirus SARS-CoV-2, pero los datos genómicos son increíblemente difíciles de navegar. Ahora, un equipo experto en bioinformática del Centro de Regulación Genómica (CRG), que forma parte de ELIXIR España, ha desarrollado una plataforma , llamada COVID-19 Viral Beacon, que permite navegar el mar de datos de SARS-CoV-2.
La plataforma presenta la oportunidad de analizar datos genéticos en bruto y consensuados de COVID-19 provenientes de varios conjuntos de datos, buscando variantes genéticas específicas y explorando los metadatos asociados, a partir de una interfaz intuitiva para el usuario. Por ejemplo, puede filtrar cepas virales de una región geográfica concreta o descubrir variantes que puedan explicar diferencias individuales en la respuesta inmune.
«La plataforma es fácilmente accesible para buscar información genómica del SARS-CoV-2 rápidamente, incluso con teléfonos móviles»
Jordi Rambla, Jefe de equipo del EGA en el CRG.
El Viral Beacon del CRG utiliza la API GA4GH Beacon, que se creó inicialmente para descubrir los Polimorfismos de Nucleótidos Únicos (SNP) humanos y compartir datos genómicos en investigaciones biomédicas sin comprometer la privacidad.
Hace unos meses, el equipo científico del CRG modificó y amplió la arquitectura y la funcionalidad de esta herramienta para el descubrimiento de datos del SARS-CoV-2. El nodo ELIXIR Spain comenzó a recopilar secuencias genómicas públicas a través de pipelines dedicadas (leed el artículo de Galaxy para más detalles).
Babita Singh, que forma parte del equipo EGA del CRG, dijo: «Ahora buscamos colaboraciones adicionales con expertos en la materia para ayudarnos a ampliar las funcionalidades de esta herramienta. El objetivo es hacer de Beacon una herramienta rápida de búsqueda de variantes genómicas para COVID y otras enfermedades infecciosas. En el futuro, nuestra idea es también incluir información de variantes genómicas humanas para estudiar la interacción entre la genómica humana y la viral«.
