Neix durant el confinament una nova eina per analitzar imatges d’organoides

Quan el laboratori va haver de tancar a causa de la pandèmia de la Covid-19, el cervell de dos investigadors del laboratori de Vikas Trivedi al Laboratori Europeu de Biologia Molecular – Barcelona (EMBL Barcelona) van començar a pensar com aprofitar el temps.

“Vam decidir utilitzar el temps per analitzar la gran quantitat d’imatges d’organoides que teníem dels nostres experiments anteriors”, diu Nicola Gritti, investigador postdoctoral al laboratori. “I necessitàvem una eina per tenir una visió gràfica dels resultats biològics i compartir-los fàcilment entre nosaltres“, afegeix l’estudiant de doctorat Jia Le Lim.

Així és com, durant el confinament, els dos companys del laboratori Trivedi van desenvolupar MOrgAna, un programari de codi obert que utilitza l‘aprenentatge automàtic (machine learning) per analitzar imatges d’organoides i extreure els components cel·lulars d’una imatge.

MOrgAna és fàcil i gratuït, per tant utilitzable per qualsevol persona, fins i tot sense experiència en programació; és modular, obert i col·laboratiu, de manera que es pot personalitzar i integrar en altres pipelines d’anàlisi d’imatges. Pot analitzar diferents tipus d’imatges preses amb diversos microscopis. I g`ràcies la utilització de l’aprenentatge automàtic, MOrgAna funciona millor que altres eines similars existents. És capaç de capturar característiques morfològiques complexes dels organoides, aprenent a classificar els píxels d’una imatge segons si pertanyen al fons, a l’organoide o al contorn de l’organoide.