{"id":49641,"date":"2025-11-05T12:09:17","date_gmt":"2025-11-05T11:09:17","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=49641"},"modified":"2025-11-05T12:09:25","modified_gmt":"2025-11-05T11:09:25","slug":"unas-170-personas-se-encuentran-en-el-prbb-por-los-25-anos-de-bioconductor","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/unas-170-personas-se-encuentran-en-el-prbb-por-los-25-anos-de-bioconductor\/","title":{"rendered":"Unas 170 personas se encuentran en el PRBB por los 25 a\u00f1os de Bioconductor"},"content":{"rendered":"\n

Los pasados 17, 18 y 19 de septiembre se celebr\u00f3 en el Parque de Investigaci\u00f3n Biom\u00e9dica de Barcelona (PRBB)<\/a> la 19\u00aa edici\u00f3n de la Conferencia Europea de Bioconductor<\/a> <\/strong>(EuroBioC 2025). Bioconductor<\/a> es un proyecto internacional y colaborativo que quiere desarrollar y diseminar software de c\u00f3digo abierto y gratuito <\/strong>que facilite un an\u00e1lisis <\/strong>riguroso y reproducible de los datos <\/strong>producidos por tecnolog\u00edas actuales y emergentes en el campo de la biolog\u00eda<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n

\u201cEsta misi\u00f3n es posible gracias a un esfuerzo sostenido para construir una comunidad diversa, colaborativa y acogedora de personas usuarias<\/a>, desarrolladoras y cient\u00edficas de datos\u201d, explica Robert Castelo<\/strong>, investigador en el Departamento de Medicina y Ciencias de la vida, Universidad Pompeu Fabra (MELIS-UPF)<\/a>, miembro de la comunidad de Bioconductor y coorganizador de este encuentro en el PRBB.<\/p>\n\n\n\n

Bioconductor<\/a> celebra tres encuentros anuales, uno en Am\u00e9rica, uno en Asia, y uno en Europa. Con unos 170 participantes inscritos de 24 pa\u00edses diferentes<\/strong>, esta fue la primera vez que se celebraba en Espa\u00f1a.<\/p>\n\n\n\n

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\u201cEl haber celebrado EuroBioC2025 en Barcelona ha facilitado que la comunidad bioinform\u00e1tica local haya tenido la oportunidad de escuchar e interaccionar directamente con un n\u00famero importante de desarrolladores y miembros del consejo asesor t\u00e9cnico de Bioconductor, uno de los proyectos de software de c\u00f3digo abierto m\u00e1s ampliamente adoptados en la ciencia de datos biol\u00f3gicos\u201d <\/em>
Robert Castelo<\/strong>, MELIS-UPF <\/em><\/p>

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Hablamos con Robert Castelo <\/strong>(MELIS-UPF) y Juan Ram\u00f3n Gonz\u00e1lez <\/strong>(Instituto de Salud Global de Barcelona (ISGlobal)<\/a>), coorganizadores de la conferencia, sobre c\u00f3mo fue el acto y de la iniciativa de Bioconductor<\/a>, que este a\u00f1o cumple 25 a\u00f1os.<\/p>\n\n\n\n

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Robert Castelo (MELIS-UPF) y Juan Ram\u00f3n Gonz\u00e1lez (ISGlobal) coorganizaron el encuentro de Bioconductor en el PRBB.<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n
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\u00bfC\u00f3mo funciona Bioconductor y qu\u00e9 lo hace especial?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

El software de Bioconductor funciona sobre <\/strong>R<\/strong><\/a>, un software tambi\u00e9n de c\u00f3digo abierto y gratuito<\/a><\/strong> para el an\u00e1lisis y la exploraci\u00f3n de datos mediante m\u00e9todos estad\u00edsticos y computacionales<\/strong>. Una de las caracter\u00edsticas principales de R es su facilidad para ampliar su funcionalidad a trav\u00e9s de los llamados \u201cpaquetes de R\u201d, que cualquier persona con unos m\u00ednimos conocimientos de programaci\u00f3n puede contribuir <\/strong>y poner a disposici\u00f3n de todos los usuarios a trav\u00e9s repositorios estandarizados como CRAN<\/a> o GitHub<\/a>. Bioconductor funciona como otro repositorio adicional, que pone a disposici\u00f3n de los usuarios m\u00e1s de 2.000 paquetes <\/strong>de R contribuidos por la comunidad para analizar datos biol\u00f3gicos.<\/p>\n\n\n\n

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Es decir, \u00bfcualquier persona puede subir un nuevo \u201cpaquete\u201d o programa a Bioconductor?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

S\u00ed, esta caracter\u00edstica es crucial para entender la amplia adopci\u00f3n de R y Bioconductor<\/strong>, ya que permite la transici\u00f3n de usuario a desarrollador. A menudo, un investigador o investigadora experto en un \u00e1rea de conocimiento, empieza utilizando el software de Bioconductor como usuario, se le ocurre una idea para mejorar el software o a\u00f1adir funcionalidad, y acaba contribuyendo un paquete y convirti\u00e9ndose en desarrollador. Con el fin de facilitar esta transici\u00f3n, es muy importante que la comunidad sea diversa<\/a><\/strong> y todo el mundo se sienta bienvenido a colaborar<\/strong>. Por eso, Bioconductor pide a todo el mundo que quiera participar que se adhiera a un c\u00f3digo de conducta disponible en m\u00faltiples lenguas<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

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\u00bfQu\u00e9 tipo de an\u00e1lisis se pueden hacer con los paquetes de Bioconductor?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

Algunos ejemplos de los tipos de an\u00e1lisis de datos biol\u00f3gicos que se suelen hacer con paquetes de Bioconductor son: el an\u00e1lisis de expresi\u00f3n diferencial de tr\u00e1nscritos<\/strong> a partir de datos de secuenciaci\u00f3n masiva del ARN, la exploraci\u00f3n y control de calidad de estos datos de secuenciaci\u00f3n masiva del ARN<\/strong> en c\u00e9lulas individuales, la identificaci\u00f3n de dominios de expresi\u00f3n en datos de transcript\u00f3mica resueltos a resoluci\u00f3n espacial, el an\u00e1lisis de abundancia diferencial de p\u00e9ptidos a partir de datos de prote\u00f3mica producidos por espectrometr\u00eda de masas, o el an\u00e1lisis computacional de la funci\u00f3n biol\u00f3gica de genes y prote\u00ednas \u2013 \u00a1entre muchos otros!<\/p>\n\n\n\n

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Parece muy \u00fatil y vers\u00e1til; \u00bfcu\u00e1nta gente usa Bioconductor?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

Como el software de Bioconductor est\u00e1 disponible de forma abierta y gratuita sin necesidad de hacer ninguna inscripci\u00f3n<\/strong><\/a> para utilizarlo, no es f\u00e1cil averiguar cu\u00e1nta gente lo usa. Algunas medidas indirectas de este uso pueden ser el n\u00famero de descargas de los paquetes de Bioconductor, que en el a\u00f1o 2024 fueron m\u00e1s de 50 millones<\/a>, o el n\u00famero de citas en los art\u00edculos que describen el funcionamiento de los paquetes en revistas cient\u00edficas. Por ejemplo, algunos de los paquetes m\u00e1s utilizados acumulan del orden de decenas de miles de citas en Google Scholar.<\/p>\n\n\n\n

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\u00bfCu\u00e1les fueron los principales temas que se trataron durante el encuentro en el PRBB?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

Como las posibilidades de los paquetes de Bioconductor son ampl\u00edsimas, hubo una gran variedad de contenidos incluidos en el congreso. Algunos de los temas m\u00e1s relevantes fueron en torno a c\u00f3mo analizar los datos en el \u00e1mbito de la transcript\u00f3mica espacial<\/strong>, o los datos provenientes de prote\u00f3mica de<\/strong> una sola c\u00e9lula<\/strong><\/a> <\/strong>(single-cell proteomics<\/em>), as\u00ed como de tecnolog\u00edas gen\u00f3micas <\/strong>que cuantifican mol\u00e9culas individuales <\/strong>(single-molecule genomics<\/em>). Tambi\u00e9n se trat\u00f3, por ejemplo, la integraci\u00f3n de datos multi\u00f3micos, o la interoperabilidad <\/strong>entre el software de Bioconductor y el software desarrollado en Python \u2013 otro lenguaje de programaci\u00f3n muy com\u00fan.<\/p>\n\n\n\n

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\u201cAcoger aqu\u00ed la conferencia Bioconductor ha sido una oportunidad \u00fanica para conectar la comunidad internacional de cient\u00edficos de datos y bioinform\u00e1ticos con investigadores locales. Desde ISGlobal, vemos esto como un paso clave para fortalecer la ciencia abierta, la reproductibilidad y los enfoques colaborativos en la investigaci\u00f3n sanitaria, valores que son fundamentales para nuestra misi\u00f3n\u201d <\/em>
Juan Ram\u00f3n Gonz\u00e1lez<\/strong>, ISGlobal <\/em><\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

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\u00bfQu\u00e9 destacar\u00edas de este congreso de Bioconductor?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

La charla principal que abri\u00f3 el congreso estuvo a cargo de Vince Carey<\/strong>, catedr\u00e1tico en la Universidad de Harvard y m\u00e1ximo responsable actual del proyecto Bioconductor, quien hizo un repaso de los 25 a\u00f1os de vida de Bioconductor<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n

Tambi\u00e9n nos gustar\u00eda destacar que, aparte de las charlas invitadas, charlas cortas y p\u00f3sters t\u00edpicos de la mayor\u00eda de congresos, organizamos diferentes sesiones interactivas<\/a>:<\/p>\n\n\n\n