{"id":41412,"date":"2024-03-19T15:41:36","date_gmt":"2024-03-19T14:41:36","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=41412"},"modified":"2024-04-09T12:16:33","modified_gmt":"2024-04-09T10:16:33","slug":"una-colaboracion-entre-dos-grupos-del-prbb-desmonta-una-erronea-asuncion-sobre-los-virus","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/una-colaboracion-entre-dos-grupos-del-prbb-desmonta-una-erronea-asuncion-sobre-los-virus\/","title":{"rendered":"Una colaboraci\u00f3n entre dos grupos del PRBB desmonta una err\u00f3nea asunci\u00f3n sobre los virus"},"content":{"rendered":"\n

El grupo dirigido por Juana Diez<\/a> en el Departamento de Medicina y Ciencias de la vida, Universidad Pompeu Fabra (MELIS-UPF)<\/a> estudia la biolog\u00eda de los virus<\/a><\/strong> pat\u00f3genos: c\u00f3mo entran en las c\u00e9lulas y cogen las riendas, o c\u00f3mo interact\u00faan con el hu\u00e9sped infectado.<\/p>\n\n\n\n

Eva Novoa<\/a> y su grupo en el Centro de Regulaci\u00f3n Gen\u00f3mica (CRG)<\/a> son expertas en modificaciones del ARN.<\/strong><\/p>\n\n\n\n

\u201cHace ya unos a\u00f1os que hay un boom<\/em> sobre las modificaciones del ARN y su importancia<\/a> clave en muchos procesos biol\u00f3gicos\u201d, explica Novoa. \u201cActualmente, y debido entre otros a la pandemia de la Covid19, existe otro gran boom<\/em> sobre los virus de ARN. As\u00ed que entender las modificaciones del ARN en los virus es ahora mismo un tema de much\u00edsimo inter\u00e9s<\/a><\/strong>\u201d, explica Novoa.<\/p>\n\n\n\n

As\u00ed se explica la colaboraci\u00f3n de ambos grupos<\/strong>, y c\u00f3mo empezaron a estudiar estas modificaciones \u2013 descubriendo, para su sorpresa, que la modificaci\u00f3n que hab\u00eda sido mejor descrita, de hecho, no se daba. <\/p>\n\n\n\n

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\u00abEstar en un sitio como el PRBB, donde hay muchos laboratorios expertos en diferentes temas, nos ha facilitado mucho esta colaboraci\u00f3n\u00bb<\/em>
Juana D\u00edez<\/em><\/strong>, MELIS-UPF<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

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Reescribir la historia<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

Hace ya unos 8 a\u00f1os que se public\u00f3 que los virus de ARN citoplasm\u00e1ticos<\/strong>, como el dengue o el chikungunya, ten\u00edan modificaciones epitranscript\u00f3micas en su ARN. \u201cDos grupos mostraron en varios art\u00edculos c\u00f3mo se daba la modificaci\u00f3n m6A en estos virus<\/strong>. Estos art\u00edculos han tenido much\u00edsimas citas, y en los a\u00f1os posteriores se ha invertido mucho dinero<\/strong> en estudiar esta y otras modificaciones citoplasm\u00e1ticas de estos virus\u201d, explica D\u00edez. La pregunta sin respuesta <\/strong>era \u00bfc\u00f3mo pod\u00edan ocurrir estas modificaciones, cuando estos virus citoplasm\u00e1ticos no entran nunca al n\u00facleo, que es donde est\u00e1 la maquinaria para hacerlas?<\/p>\n\n\n\n

Esto se preguntaban ambos equipos cuando empezaron a estudiar m\u00e1s en detalle estas modificaciones. \u201cEmpezamos el proyecto buscando la modificaci\u00f3n m6A, asumiendo, como todo el mundo, que exist\u00eda\u201d, dice la vir\u00f3loga. Utilizando como modelo el virus del chikungunya, que se expresa a niveles muy elevados, repitieron la t\u00e9cnica<\/strong> que hab\u00eda sido utilizada en los art\u00edculos originales, basada en un anticuerpo que reconoce la modificaci\u00f3n del ARN que buscaban.<\/p>\n\n\n\n

\u00abLa postdoc Belinda Baquero y la estudiante de doctorado Mireia Puig repitieron estos experimentos, pero a\u00f1adiendo unos controles que consider\u00e1bamos esenciales; para nuestra sorpresa, no vimos las modificaciones<\/strong>\u201d, recuerda D\u00edez.<\/p>\n\n\n\n

El siguiente paso<\/strong> fue utilizar el sistema Nanopore<\/strong> que ten\u00eda a punto el equipo de Novoa<\/a>. En este caso, tambi\u00e9n utilizaron los controles necesarios, con el tr\u00e1nscrito sint\u00e9tico de todo el ARN viral. De nuevo, el resultado fue negativo.<\/p>\n\n\n\n

Entonces decidieron probar un tercer m\u00e9todo<\/strong>, m\u00e1s sensible, llamado Select<\/strong>. Este permite mirar de forma espec\u00edfica una posici\u00f3n concreta del ARN; pero tampoco aqu\u00ed vieron la modificaci\u00f3n descrita.<\/p>\n\n\n\n

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Utilizando tres m\u00e9todos distintos, y con muchos controles positivos y negativos, los laboratorios no observaron la modificaci\u00f3n del ARN.<\/em><\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

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La conclusi\u00f3n<\/strong> era clara: la modificaci\u00f3n m6A no ocurr\u00eda en este virus de ARN<\/strong>. \u201cLa t\u00e9cnica utilizada inicialmente, con los anticuerpos, da mucho ruido de fondo\u2026 Y a veces s\u00ed que parece que puedes ver algo si bajas lo suficiente el umbral, si consideras que se dan a niveles muy bajos, pero la pregunta es, \u00bfes reproducible?<\/a>\u201d, pregunta Novoa.<\/p>\n\n\n\n

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Nadar contra corriente<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

\u201cObviamente, es mucho m\u00e1s dif\u00edcil demostrar que algo ‘no existe’ que no demostrar que existe<\/strong>. Pero hemos hecho muchos controles, hemos mirado tres m\u00e9todos diferentes\u2026 estamos muy seguras de que esta modificaci\u00f3n m6A no se da\u201d, explica D\u00edez. \u00abEste estudio demuestra la gran importancia que tiene utilizar m\u00e9todos ortogonales, mirar las cosas de muchas formas diferentes, y utilizar controles exhaustivos<\/strong>\u00ab, a\u00f1ade. Novoa est\u00e1 de acuerdo: \u201cUn art\u00edculo reciente sobre modificaciones del ARN – nada que ver con virus – mencionaba precisamente que, sobre todo en este campo al que ahora se le est\u00e1 dando mucha importancia, hay que tener mucho cuidado con los falsos positivos… Es muy f\u00e1cil cuando se ve algo asumir r\u00e1pidamente que es real, sobre todo si es lo que te esperas<\/strong>. Pero es necesario utilizar controles buenos, en este caso de ARN sint\u00e9ticos, para demostrar que lo que detectas es cierto\u201d.<\/p>\n\n\n\n

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\u00abEs muy f\u00e1cil cuando se ve algo, asumir r\u00e1pidamente que es real, porque es lo que te esperas\u2026 es importante mirar las cosas de formas diferentes y con buenos controles\u00bb<\/em>
Eva Novoa<\/em><\/strong>, CRG<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

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A la pregunta de si les ha costado publicar<\/a> un resultado tan contradictorio con lo que hasta ahora se cre\u00eda, ambas responden que los revisores del art\u00edculo enseguida han visto claro que era un estudio muy necesario<\/strong>. \u201cYa hac\u00eda tiempo que se respiraba en el campo un ambiente de dudas respecto a este hallazgo\u2026 \u00a1Aunque no lo suficiente para no seguir invirtiendo en \u00e9l!\u201d, dice D\u00edez.<\/p>\n\n\n\n

Sin embargo, el proceso ha sido duro. \u201cAl principio<\/strong> dudas de tus propios m\u00e9todos y t\u00e9cnicas. Te preguntas qu\u00e9 est\u00e1s haciendo mal, por qu\u00e9 el m\u00e9todo no est\u00e1 funcionando bien\u2026<\/strong> Pero al final hemos realizado un estudio fuerte, con muchos controles y m\u00e9todos complementarios, que nos ha permitido aclarar el panorama epitransscript\u00f3mico de los virus citoplasm\u00e1ticos\u201d, concluye Novoa.<\/p>\n\n\n\n

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Los grupos de Juana D\u00edez (MELIS-UPF) y Eva Novoa (CRG) han corregido una err\u00f3nea asunci\u00f3n sobre los virus que era ampliamente aceptada desde hace casi una d\u00e9cada.<\/p>\n","protected":false},"author":32,"featured_media":41325,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[27],"tags":[556,435,266,274,476],"new-type":[44],"class_list":["post-41412","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-investigacion","tag-arn-es","tag-buenas-practicas-cientificas","tag-crg-es","tag-melis-upf-es","tag-virus-es","new-type-noticias"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/41412","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/users\/32"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=41412"}],"version-history":[{"count":9,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/41412\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":41807,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/41412\/revisions\/41807"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media\/41325"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=41412"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=41412"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=41412"},{"taxonomy":"new-type","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/new-type?post=41412"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}