{"id":40878,"date":"2024-04-02T11:15:15","date_gmt":"2024-04-02T09:15:15","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=40878"},"modified":"2024-04-02T11:16:00","modified_gmt":"2024-04-02T09:16:00","slug":"un-mapa-para-entender-la-biodiversidad-celular","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/un-mapa-para-entender-la-biodiversidad-celular\/","title":{"rendered":"Un mapa para entender la biodiversidad celular"},"content":{"rendered":"\n

\u00bfEs posible conocer la identidad de una c\u00e9lula, aprender sobre su funcionamiento, sabiendo qu\u00e9 genes se expresan en ella? \u00c9ste ser\u00eda el objetivo del proyecto Biodiversity Cell Atlas<\/strong> (Atlas de Biodiversidad Celular), pero no s\u00f3lo de una c\u00e9lula sino de todos los tipos diferentes que tienen los seres vivos.<\/p>\n\n\n\n

Este proyecto, ideado a ra\u00edz de un encuentro de expertos organizado en el Centro de Regulaci\u00f3n Gen\u00f3mica (CRG)<\/a> en mayo de 2023, propone realizar un mapa de todos los tipos celulares de diferentes especies<\/strong>; es decir, un atlas de biodiversidad celular<\/a> que aporte conocimiento en t\u00e9rminos de evoluci\u00f3n, aplicaciones industriales, terapias avanzadas, sistemas biol\u00f3gicos sint\u00e9ticos, estrategias de conservaci\u00f3n o simplemente entender mejor su funcionamiento celular.<\/p>\n\n\n\n

El planteamiento es tan ambicioso como el proyecto Genoma Humano<\/strong> o el Atlas de C\u00e9lulas Humanas<\/strong>. Y es que, unificando todos los conocimientos de las c\u00e9lulas, seremos capaces de entender mejor la diversidad y evoluci\u00f3n de la vida.<\/p>\n\n\n\n

Sin embargo, el Atlas de Biodiversidad Celular se enfrenta a diferentes retos<\/strong>:<\/p>\n\n\n\n

  1. por un lado, c\u00f3mo unificar o estandarizar los m\u00e9todos empleados para comparar los diferentes tipos celulares, ya que no existe un solo m\u00e9todo que funcione para todas las c\u00e9lulas de todos los organismos;  <\/li><\/ol>\n\n\n\n
    1. y por otro, c\u00f3mo procesar y almacenar todo el conjunto de datos obtenidos, adem\u00e1s de hacerlos accesibles para toda la comunidad cient\u00edfica.<\/li><\/ol>\n\n\n\n

      Por eso, el grupo de investigaci\u00f3n de Arnau Seb\u00e9-Pedr\u00f3s<\/strong>, del CRG, con sede en el Parque de Investigaci\u00f3n Biom\u00e9dica de Barcelona (PRBB)<\/a>, ha recibido una beca de 3,8 millones de d\u00f3lares de la Fundaci\u00f3n Gordon & Betty Moore<\/strong> para realizar el trabajo preliminar que desarrolle y ponga en marcha las t\u00e9cnicas para crear el atlas<\/a>. Lo har\u00e1n en colaboraci\u00f3n con equipos en Oxford, Norwich, Chicago y Heidelberg (Alemania).<\/p>\n\n\n\n

      Hablamos con Seb\u00e9-Pedr\u00f3s sobre los retos que esto supone y qu\u00e9 significa este gran proyecto, para el que la colaboraci\u00f3n entre la comunidad cient\u00edfica resultar\u00e1 vital.<\/p>\n\n\n\n

      <\/div>\n\n\n\n

      \u00bfCu\u00e1l es el objetivo principal del proyecto Biodiversity Cell Atlas y por qu\u00e9 decidisteis emprender este proyecto?<\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

      Bien, de hecho ahora mismo este atlas es s\u00f3lo una propuesta, no hay financiaci\u00f3n para hacerlo todav\u00eda\u2026 Pero la idea surgi\u00f3 a ra\u00edz de un encuentro que organiz\u00e9 aqu\u00ed en el PRBB el a\u00f1o pasado, apoyado por el Welcome Trust,<\/strong> durante el cual nos encontramos muchas personas que trabajamos en c\u00e9lulas \u00fanicas en organismos no modelo<\/strong>. Empezamos a discutir que ser\u00eda una buena idea crear este atlas, porque somos una comunidad creciente – ahora mismo, quiz\u00e1s entre 20 y 40 grupos en todo el mundo que hacemos estos atlas celulares de transcript\u00f3mica – y hasta ahora cada uno lo iba haciendo a su manera, pero no exist\u00edan unos est\u00e1ndares, es dif\u00edcil la comparaci\u00f3n entre diferentes casos. Tambi\u00e9n quer\u00edamos estimular foros de discusi\u00f3n<\/strong> sobre m\u00e9todos, interpretaci\u00f3n de los datos, etc., y construir comunidad<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n

      Desde entonces hemos seguido trabajando con grupos de trabajo, donde nos reunimos cada dos meses para poner cosas en com\u00fan. Y ahora hemos conseguido esta financiaci\u00f3n durante los pr\u00f3ximos 3 a\u00f1os para realizar una tarea muy concreta; poner a punto m\u00e9todos, tanto experimentales como anal\u00edticos y trabajar con el EBI (European Bioinformatics Institute)<\/a> para que pueda ser la casa de todos los datos, eventualmente.<\/p>\n\n\n\n

      <\/div>\n\n\n\n

      \u00bfEntonces lo que est\u00e1is haciendo ahora es una especie de prueba piloto?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

      Podr\u00edamos decirlo as\u00ed, s\u00ed. Este proyecto deber\u00eda ser la base para el Atlas Celular de la Biodiversidad, si conseguimos demostrar que esto tiene sentido, que es viable, que se puede hacer con las metodolog\u00edas actuales\u2026 Tenemos que demostrar que tenemos una estrategia experimental y computacional y una base de datos donde que podr\u00edamos guardar todos los datos.<\/strong><\/p>\n\n\n\n

      <\/div>\n\n\n\n

      \u00bfCu\u00e1les crees que son los principales retos?<\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

      Hay varios. Preparar la muestra<\/strong> es dif\u00edcil. Para cubrir toda la biodiversidad, habr\u00e1 que recoger muestras de diferentes especies en su h\u00e1bitat natural \u2013 en algunos casos esto puede significar en un barco en alta mar, y una muestra que no aguanta m\u00e1s que unas horas. Y a veces puede que no haya suficiente muestra.<\/p>\n\n\n\n

      Despu\u00e9s hay que secuenciar los transcritos expresados en cada c\u00e9lula<\/strong> – es decir, todos aquellos genes que est\u00e1n presentes en forma de RNA en una c\u00e9lula en un momento determinado y que le confieren una identidad propia – y hacer el an\u00e1lisis computacional<\/strong> para entender a qu\u00e9 c\u00e9lula pertenece cada transcrito.<\/p>\n\n\n\n

      Pero bueno, al igual que se han solucionado los retos en los proyectos de gen\u00f3mica (hasta hace poco ten\u00edamos decenas de genomas secuenciados, ahora tenemos miles), estoy seguro de que se podr\u00e1n superar en \u00e9ste.<\/p>\n\n\n\n

      <\/div>\n\n\n\n

      \u00bfY qu\u00e9 tecnolog\u00edas har\u00e1n falta para este proyecto?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

      Utilizamos secuenciaci\u00f3n de transcript\u00f3mica unicelular<\/strong> – hace ya unos 10 a\u00f1os que existe esta tecnolog\u00eda, y se est\u00e1 utilizando cada vez m\u00e1s. Hoy en d\u00eda creemos que ya es posible, a nivel de costes y escalabilidad, utilizar esta tecnolog\u00eda para proyectos como este de gran escala.<\/p>\n\n\n\n

      Tambi\u00e9n haremos transcript\u00f3mica comparada<\/strong>, es decir ver c\u00f3mo hacen la transcripci\u00f3n celular las diferentes especies, qu\u00e9 genes expresan en cada situaci\u00f3n. Es un reto, pero lo veo como una oportunidad, m\u00e1s que una limitaci\u00f3n<\/strong>. <\/p>\n\n\n\n

      Debemos empezar a hacerlo, e iremos viendo c\u00f3mo superamos cada dificultad. No sabemos qu\u00e9 nos permitir\u00e1n hacer estos datos \u2013 tenemos una intuici\u00f3n, por ejemplo que nos pueden servir para entender c\u00f3mo funcionan los genes, c\u00f3mo interaccionan unos con otros (e.g. si a lo largo de la evoluci\u00f3n estos dos genes siempre se expresan juntos, probablemente hacen una funci\u00f3n importante juntos). Tambi\u00e9n en temas de conservaci\u00f3n; nosotros, por ejemplo, estudiamos c\u00f3mo responden unos corales bajo estr\u00e9s t\u00e9rmico, c\u00f3mo var\u00eda su transcripci\u00f3n en estas condiciones, como pueden modelizar el cambio clim\u00e1tico.<\/p>\n\n\n\n

      <\/div>\n\n\n\n

      La secuenciaci\u00f3n de transcript\u00f3mica unicelular hace ya unos 10 a\u00f1os que existe y creemos que ya es posible utilizarla a gran escala. Hay retos, pero los veo como oportunidades m\u00e1s que limitaciones.
      Arnau Seb\u00e9 Pedr\u00f3s<\/strong>, CRG<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

      <\/div>\n\n\n\n

      \u00bfCon qu\u00e9 organismos est\u00e1is haciendo esta primera prueba?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

      Empezaremos con organismos de los que ya sabemos cosas, de los que tenemos datos, protocolos, y que representen diferentes dificultades que podr\u00edan aparecer, para ver c\u00f3mo lo logramos. Estos incluyen organismos muy conocidos, como el gusano C. elegans<\/em><\/a> o la mosca Drosophila<\/em><\/a>, pero tambi\u00e9n un molusco, un an\u00e9lido, un erizo de mar, una an\u00e9mona, una alga parda, una seta, y una hep\u00e1tica (un tipo de planta herb\u00e1cea).<\/p>\n\n\n\n

      Los requisitos son que es necesario tener acceso a material de forma f\u00e1cil y en cantidad<\/strong>, y que haya secuenciado un genoma de calidad<\/strong> de esa especie.<\/p>\n\n\n\n

      <\/div>\n\n\n\n

      \u00bfY qu\u00e9 esper\u00e1is obtener en estos a\u00f1os?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

      Con estos organismos m\u00e1s ‘f\u00e1ciles’ probaremos y compararemos metodolog\u00edas que puedan ser \u00fatiles para realizar atlas celulares en organismos no modelo<\/strong>, para crear un \u00ab\u00e1rbol de decisiones\u00bb<\/strong> que nos ayude en el futuro a abordar nuevas especies. Este ‘\u00e1rbol’ consistir\u00e1 en una suerte de gu\u00eda para decidir qu\u00e9 pasos seguir con cada especie<\/strong>: es decir, si con tu especie escogida se dan unas determinadas condiciones favorables (en cuanto a disponibilidad, calidad del genoma, etc.), proponemos el protocolo X; si las condiciones no son tan buenas, otro protocolo m\u00e1s limitado; seg\u00fan cu\u00e1les sean las condiciones, quiz\u00e1s no es necesario ni probarlo… Tambi\u00e9n propondremos controles de calidad, m\u00e9tricas para saber si est\u00e1s yendo por buen camino.<\/p>\n\n\n\n

      Y, sobre todo, \u00a1esperamos poder mostrar que vale la pena ampliar el proyecto y llevar a cabo el Atlas de la Biodiversidad Celular!<\/p>\n\n\n\n

      <\/div>\n\n\n\n
      \n\n\n\n

      Art\u00edculo escrito en colaboraci\u00f3n con Diana Darriba.<\/p>\n\n\n\n

      <\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

      Arnau Seb\u00e9 Pedr\u00f3s, del CRG, nos habla de c\u00f3mo est\u00e1n trabajando para sentar las bases de un futuro Atlas Celular de la Biodiversidad.<\/p>\n","protected":false},"author":32,"featured_media":40804,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[27],"tags":[260,270,266],"new-type":[44],"class_list":["post-40878","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-investigacion","tag-biodiversidad","tag-biologia-celular","tag-crg-es","new-type-noticias"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/40878","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/users\/32"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=40878"}],"version-history":[{"count":8,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/40878\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":41112,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/40878\/revisions\/41112"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media\/40804"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=40878"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=40878"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=40878"},{"taxonomy":"new-type","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/new-type?post=40878"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}