{"id":37598,"date":"2023-07-17T09:42:13","date_gmt":"2023-07-17T07:42:13","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=37598"},"modified":"2023-08-28T11:34:19","modified_gmt":"2023-08-28T09:34:19","slug":"compartir-protocolos-para-mejorar-la-reproducibilidad","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/compartir-protocolos-para-mejorar-la-reproducibilidad\/","title":{"rendered":"Compartir protocolos para mejorar la reproducibilidad"},"content":{"rendered":"\n

El pasado viernes 23 de junio, los investigadores del Parque de Investigaci\u00f3n Biom\u00e9dica de Barcelona (PRBB)<\/a> tuvieron la oportunidad de conocer protocols.io<\/a><\/strong>, una plataforma de acceso abierto para que los investigadores e investigadoras puedan crear de forma colaborativa protocolos interactivos y din\u00e1micos<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n

En esta plataforma, los investigadores pueden compartir protocolos <\/strong>en privado con colegas concretos o hacerlos p\u00fablicos a toda la comunidad cient\u00edfica con facilidad y eficacia. Adem\u00e1s, seg\u00fan la empresa, \u00abla comunicaci\u00f3n y la interacci\u00f3n en tiempo real mantienen los protocolos al d\u00eda <\/strong>con el versionado, el forjado\/copiado, las preguntas y respuestas y la resoluci\u00f3n de problemas. Los protocolos p\u00fablicos reciben un DOI<\/strong> y permiten una comunicaci\u00f3n abierta con autores e investigadores para fomentar la experimentaci\u00f3n eficiente y la reproducibilidad\u00bb.<\/p>\n\n\n\n

La charla de Gabriel Gasque<\/strong>, responsable de divulgaci\u00f3n de protocols.io, fue presentada por Daniel Richter<\/strong> -investigador del Instituto de Biolog\u00eda Evolutiva (IBE: CSIC-UPF)<\/a> y usuario temprano de la plataforma- y cont\u00f3 con el apoyo del grupo de trabajo de Buenas Pr\u00e1cticas Cient\u00edficas del PRBB<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

Aprovechamos la oportunidad de entrevistar a Gasque para saber m\u00e1s sobre esta iniciativa. Pod\u00e9is ver su presentaci\u00f3n aqu\u00ed<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u00bfCu\u00e1ndo surgi\u00f3 protocols.io y por qu\u00e9?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

Fue creado en 2014 por Lenny Teytelman, Irina Makkaveeva y Alexei Stoliartchouk. Lenny – un cient\u00edfico – se encontr\u00f3 con que hab\u00eda estado trabajando durante 2 a\u00f1os laboriosamente resolviendo un error en una metodolog\u00eda, para ser recompensado por ello solo con una frase en la secci\u00f3n de Materiales y M\u00e9todos\u2026. Consciente de la importancia crucial de los m\u00e9todos en la investigaci\u00f3n<\/strong>, quiso mejorar el reconocimiento<\/strong> del desarrollo de m\u00e9todos y cre\u00f3 protocols.io<\/a>. Aqu\u00ed cada protocolo publicado tiene un DOI<\/strong> y puede ser debidamente referenciado y acreditado.<\/p>\n\n\n\n

Por supuesto, esto era s\u00f3lo una cara de la moneda. Los beneficios de compartir protocolos van m\u00e1s all\u00e1 de obtener cr\u00e9dito:<\/p>\n\n\n\n

  1. Aumenta la<\/strong> descubribilidad <\/strong>y, por tanto, el uso de los protocolos o m\u00e9todos<\/li><\/ol>\n\n\n\n
    1. Garantiza la conservaci\u00f3n<\/strong>, ya que de todo el contenido se hace una copia de seguridad en varios sitios como GitHub.<\/li><\/ol>\n\n\n\n
      1. Incrementa la colaboraci\u00f3n<\/strong><\/li><\/ol>\n\n\n\n
        1. Ahorra tiempo <\/strong>(no es necesario reescribir la secci\u00f3n de m\u00e9todos cada vez, intentando innovar en la forma de describirlo\u2026 basta con a\u00f1adir un hiperv\u00ednculo a la descripci\u00f3n detallada en protocols.io).<\/li><\/ol>\n\n\n\n
          1. Garantiza el cumplimiento de las recomendaciones<\/strong> espa\u00f1olas y europeas vigentes en materia de ciencia abierta<\/a>, gesti\u00f3n de datos, disponibilidad, etc.<\/li><\/ol>\n\n\n\n
            1. Aumenta la reproducibilidad<\/strong>: como sabemos, la gran mayor\u00eda de las secciones de materiales y m\u00e9todos de los art\u00edculos no incluyen informaci\u00f3n suficiente para comprender, y mucho menos reproducir, los resultados\u2026<\/li><\/ol>\n\n\n\n
              <\/div>\n\n\n\n

              \u201cLos protocolos publicados en protocols.io obtienen un identificador persistente (DOI) para que puedan ser f\u00e1cilmente acreditados, encontrados y conservados\u00bb<\/em><\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

              <\/div>\n\n\n\n

              \u00bfQui\u00e9n lo utiliza y cu\u00e1nto cuesta?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

              protocols.io<\/a> es una empresa con \u00e1nimo de lucro, pero es gratuito tanto publicar protocolos p\u00fablicos como buscar protocolos y leerlos y utilizarlos<\/strong>. Todo el contenido p\u00fablico es de acceso abierto<\/strong> con una licencia CC-BY. Hay una parte premium<\/a><\/strong> de la plataforma (precio en este enlace<\/a>, que se puede conseguir a trav\u00e9s de una membres\u00eda institucional<\/a>) que permite tener espacios de trabajo privados<\/strong>, donde puedes tener protocolos que no est\u00e1n abiertos a todos – se mantienen privados para ti o para un grupo elegido de colaboradores. Muchas empresas lo utilizan, por ejemplo.<\/p>\n\n\n\n

              Actualmente, tenemos m\u00e1s de 155.000 usuarios registrados<\/strong> que han subido m\u00e1s de<\/strong> 14.000 protocolos p\u00fablicos y m\u00e1s de 60.000 privados<\/strong>. Pero, de hecho, \u00a1tenemos m\u00e1s de 2,5 millones de visitas al a\u00f1o <\/strong>a los protocolos de nuestra plataforma! <\/p>\n\n\n\n

              En cuanto a disciplinas, est\u00e1 un poco sesgado hacia protocolos de laboratorio experimental y biomedicina<\/strong>, aunque tambi\u00e9n tienen algunos de arqueolog\u00eda, ciencias sociales, biolog\u00eda computacional o ecolog\u00eda\u2026 Adem\u00e1s, algunos usuarios nos utilizan para ‘pre-registrar’ sus ensayos cl\u00ednicos<\/a>, publicando aqu\u00ed el protocolo antes de que comience.<\/p>\n\n\n\n

              <\/div>\n\n\n\n

              \u00bfC\u00f3mo es la interacci\u00f3n con las revistas – no es un problema publicar m\u00e9todos en protocols.io si ya han sido publicados en un art\u00edculo?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

              \u00a1No lo es! De hecho, m\u00e1s de 500 revistas y varias entidades financiadoras promueven el uso de protocolos.io<\/strong>. Adem\u00e1s, el contenido de una \u00abreceta\u00bb no es susceptible de derechos de autor. No se puede publicar exactamente igual que en la revista, con el mismo formato, etc., pero se puede volver a publicar el contenido y los pasos de cualquier receta metodol\u00f3gica.<\/p>\n\n\n\n

              En muchos casos, los autores publican un art\u00edculo con los resultados de su investigaci\u00f3n, y en la secci\u00f3n \u00abM\u00e9todos\u00bb enlazan con el m\u00e9todo detallado en protocols.io. Esto tiene varias ventajas.<\/p>\n\n\n\n

              Por un lado, los protocolos de nuestra plataforma son din\u00e1micos<\/strong>, lo que significa que puede haber nuevas versiones mejoradas<\/strong>, cada una con su propio DOI, porque una vez publicado un protocolo no se puede cambiar. As\u00ed, desde el art\u00edculo, ir\u00e1s al m\u00e9todo original utilizado en el estudio; pero la plataforma te dir\u00e1 si hay uno actualizado por si quieres consultarlo<\/strong>. Y tambi\u00e9n te permite comparar ambas versiones para ver qu\u00e9 ha cambiado.<\/p>\n\n\n\n

              Otra ventaja es que el publicar un m\u00e9todo independientemente de un art\u00edculo, lo hace m\u00e1s descubrible y reutilizable<\/strong>; por ejemplo, un m\u00e9todo utilizado en un art\u00edculo sobre par\u00e1sitos de peces puede ser \u00fatil para alguien que trabaje con neuronas de rat\u00f3n. Pero es poco probable que el neurocient\u00edfico o neurocient\u00edfica consulte el art\u00edculo sobre peces\u2026 sin embargo, puede encontrar el protocolo en nuestra plataforma si busca usando las palabras clave adecuadas.<\/strong><\/p>\n\n\n\n

              <\/div>\n\n\n\n

              Al publicar un m\u00e9todo independientemente de un art\u00edculo, se hace m\u00e1s f\u00e1cil descubrirlo y reutilizarlo. Adem\u00e1s, los protocolos son din\u00e1micos y pueden actualizarse.<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

              <\/div>\n\n\n\n

              \u00bfC\u00f3mo se utilizan los protocolos?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

              Los protocolos son recetas paso a paso<\/strong>, muy detalladas <\/strong>y muy claras, codificadas por colores<\/strong>. Puedes simplemente leerlos, o descargarlos para tenerlos a mano mientras haces el experimento. Puedes hacer tu propia copia, en la que puedes marcar lo que has hecho, o comentar alg\u00fan paso en el que hayas hecho algo diferente, por ejemplo, as\u00ed conservas una copia de tu experimento espec\u00edfico<\/strong>. O puedes crear tu propio protocolo basado en otro, y adaptarlo a tu modelo, condiciones, etc. En este caso, tu nuevo protocolo \u00abbifurcado\u00bb estar\u00e1 claramente vinculado al original, por lo que se mantiene la l\u00ednea de cr\u00e9dito.<\/p>\n\n\n\n

              <\/div>\n\n\n\n

              \u00bfY c\u00f3mo se sube un protocolo a la plataforma?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

              Hay tres maneras, con tres niveles de \u00abesfuerzo\u00bb, pero todas ellas muy f\u00e1ciles.<\/p>\n\n\n\n

              Puedes simplemente \u00abarrastrar\u00bb tu protocolo (en word u otro formato) a tu espacio de trabajo en protocols.io. Hay que tener en cuenta, sin embargo, que esto no ser\u00e1 \u00abpublicable\u00bb: no recibir\u00e1 un DOI y no estar\u00e1 abierto para que todos los dem\u00e1s lo vean. Es s\u00f3lo una manera de mantener todos tus protocolos juntos.<\/p>\n\n\n\n

              Para publicarlo<\/strong>, debes hacerlo a trav\u00e9s del editor de la plataforma. Pero, de nuevo, puedes hacerlo de una forma muy sencilla: creas un protocolo vac\u00edo, a\u00f1ades un t\u00edtulo y un resumen y, a continuaci\u00f3n, adjuntas el protocolo como documento word o PDF. Esto puede ser publicado, tener un DOI y ser p\u00fablico<\/strong>, pero no ser\u00e1 din\u00e1mico.<\/p>\n\n\n\n

              La tercera forma, m\u00e1s compleja, es copiar y pegar cada paso<\/strong>. Luego la plataforma lo transforma en un protocolo din\u00e1mico<\/strong>, con el formato adecuado que se puede copiar, bifurcar, etc.<\/p>\n\n\n\n

              Incluso esta \u00faltima opci\u00f3n no es complicada, aunque por supuesto lleva un poco m\u00e1s de tiempo\u2026 Tambi\u00e9n tenemos un servicio de importaci\u00f3n<\/a> que lo hace por una tarifa.<\/p>\n\n\n\n

              <\/div>\n\n\n\n

              Por \u00faltimo\u2026 \u00bfpor qu\u00e9 es vuestro logo un mapache?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

              \u00a1Ja ja! Si tienes curiosidad, lee este hilo de Twitter.<\/a><\/p>\n\n\n\n

              <\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

              Hablamos con Gabriel Gasque, responsable de divulgaci\u00f3n de protocols.io, sobre esta plataforma de acceso abierto que ayuda a la reproducibilidad permitiendo compartir protocolos interactivos y din\u00e1micos.<\/p>\n","protected":false},"author":6,"featured_media":37295,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[33],"tags":[435,490,700],"new-type":[39,44],"class_list":["post-37598","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-vida-cientifica-es","tag-buenas-practicas-cientificas","tag-ciencia-abierta","tag-publicaciones-cientificas","new-type-a-fondo","new-type-noticias"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/37598","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/users\/6"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=37598"}],"version-history":[{"count":7,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/37598\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":37611,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/37598\/revisions\/37611"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media\/37295"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=37598"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=37598"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=37598"},{"taxonomy":"new-type","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/new-type?post=37598"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}