{"id":36618,"date":"2023-05-18T16:48:09","date_gmt":"2023-05-18T14:48:09","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=36618"},"modified":"2023-05-18T16:56:54","modified_gmt":"2023-05-18T14:56:54","slug":"detectar-el-cancer-de-forma-precoz-por-solo-50e","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/detectar-el-cancer-de-forma-precoz-por-solo-50e\/","title":{"rendered":"Detectar el c\u00e1ncer de forma precoz por s\u00f3lo 50\u20ac"},"content":{"rendered":"\n

El equipo del Centro de Regulaci\u00f3n Gen\u00f3mica (CRG)<\/a> liderado por Eva Maria Novoa <\/a><\/strong>ha publicado recientemente<\/a> una nueva metodolog\u00eda que permite, por primera vez, cuantificar tanto los niveles de ARN de transferencia (ARNt) como sus modificaciones de forma r\u00e1pida y poco costosa<\/strong>. Esto abre una puerta a un posible y revolucionario test diagn\u00f3stico para el c\u00e1ncer <\/strong>que podr\u00eda, en menos de 3h y por menos de 50\u20ac, indicar qui\u00e9n tiene c\u00e1ncer y qu\u00e9 tipo, a partir de una simple muestra de sangre.<\/p>\n\n\n\n

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Detecci\u00f3n del c\u00e1ncer: AND vs <\/em>ARN<\/h2>\n\n\n\n

Hasta ahora, a parte de con pruebas de imagen u otras a nivel cl\u00ednico, el c\u00e1ncer<\/a> se pod\u00eda detectar a partir del ADN (secuenciando las mutaciones existentes) o del ARNm circulante en sangre, liberado a trav\u00e9s de la rotura de las c\u00e9lulas tumorales. La secuenciaci\u00f3n del ADN<\/a> se hace de forma rutinaria desde hace d\u00e9cadas, con Illumina <\/em>siendo la tecnolog\u00eda m\u00e1s utilizada. Pero eso \u201cpuede costar miles de euros por muestra\u201d, explica Novoa.<\/p>\n\n\n\n

La detecci\u00f3n del ARN<\/strong>, en cambio, puede ser m\u00e1s informativa y econ\u00f3mica<\/strong>. Los ARNs de las c\u00e9lulas tumorales tambi\u00e9n se liberan a la sangre<\/a>, y los ARNt son, de hecho, las mol\u00e9culas de ARN m\u00e1s abundantes. Adem\u00e1s, a lo largo de los a\u00f1os se han acumulado suficientes evidencias de que las modificaciones del ARN est\u00e1n alteradas en muchas enfermedades, en particular en diferentes tipos de c\u00e1ncer<\/a>. As\u00ed que saber qu\u00e9 ARNs hay en la sangre, y con qu\u00e9 modificaciones, podr\u00eda indicar presencia de c\u00e9lulas tumorales, as\u00ed como de qu\u00e9 tipo de tejido provienen. Esta es la idea detr\u00e1s de la investigaci\u00f3n del grupo del CRG.<\/p>\n\n\n\n

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Los ARNt son las mol\u00e9culas de ARN m\u00e1s abundantes y sus modificaciones est\u00e1n alteradas en muchas enfermedades, en particular en diferentes tipos de c\u00e1ncer, convirti\u00e9ndolos en muy buenos biomarcadores del c\u00e1ncer. <\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

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Modificaciones del ARN, el quid <\/em>de la cuesti\u00f3n<\/h2>\n\n\n\n

Oxford Nanopore Technologies, <\/em>una tecnolog\u00eda alternativa a Illumina,<\/em> comenz\u00f3 en 2017 a permitir secuenciar no tan solo ADN, sino ARN nativo. \u201cHasta entonces, para saber la cantidad de ARN con Illumina<\/em><\/strong>, ten\u00edas que hacer una transcripci\u00f3n reversa (pasar de ARN a ADN complementario), amplificar este ADNc y secuenciarlo. Pero un grave problema es que la transcripci\u00f3n reversa \u2018borra\u2019 las modificaciones del ARN\u2026 por tanto, solo pod\u00edamos saber su abundancia, pero no las modificaciones<\/strong>. Se pierde mucha informaci\u00f3n<\/strong>, informaci\u00f3n importante\u201d, asegura Novoa.<\/p>\n\n\n\n

Con Illumina <\/em>tambi\u00e9n se pueden llegar a estudiar modificaciones del ARN, a trav\u00e9s de anticuerpos espec\u00edficos contra una modificaci\u00f3n concreta cada vez, pero es de forma indirecta y predeterminada, y sin resoluci\u00f3n a nivel de mol\u00e9cula. Y con los ARNs que contienen muchas modificaciones – como los ribosomales (ARNr) o los de transferencia (ARNt), que pueden tener unas 30 modificaciones por mol\u00e9cula de media<\/strong> – es casi imposible convertirlos en ADN para ser secuenciados por Illumina. <\/em><\/p>\n\n\n\n

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La llegada de la tecnolog\u00eda Nanopore hizo posible secuenciar no solo ADN sino los ARN con sus modificaciones, haciendo \u2018una fotograf\u00eda\u2019 m\u00e1s detallada de la informaci\u00f3n gen\u00e9tica de la c\u00e9lula. <\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

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En cambio, Nanopore<\/em> permite hacer \u2018una fotograf\u00eda\u2019 de los ARNs de la muestra <\/a><\/strong>tal cual, con sus modificaciones \u2013 y de todos a la vez. La tecnolog\u00eda consiste en un peque\u00f1o aparato <\/strong>que cabe en la mano, de unos 10cm <\/strong>de longitud, que contiene dentro unas membranas con nanoporos o canales<\/strong> por donde pasan las mol\u00e9culas de ARN o ADN. Al atravesar los poros, alteran la corriente el\u00e9ctrica que pasa por \u00e9stos y el aparato lee este cambio de corriente y deduce la secuencia y las modificaciones. A\u00fan se necesita cierta preparaci\u00f3n (\u201chay que a\u00f1adir un adaptador a los ARNs para hacer que pasen por los nanoporos a una velocidad constante y m\u00e1s lenta, que permita su lectura\u201d, puntualiza la investigadora), pero es bastante sencilla, y la cantidad de informaci\u00f3n obtenida es muy grande.<\/p>\n\n\n\n

Los kits comerciales de Nanopore<\/em> permiten secuenciar ARNm<\/strong>, y hace tiempo que se usan, porque la abundancia de los ARNm se puede utilizar como biomarcador de algunos c\u00e1nceres. Pero los ARNm son poco abundantes<\/strong> y hay que secuenciar much\u00edsimos de ellos para encontrar diferencias entre muestras con o sin c\u00e1ncer. Los ARNs no codificantes <\/strong><\/a>(como los ARNt con los que trabajan en el grupo de Novoa), en cambio, son mucho m\u00e1s abundantes, y, por tanto, mucho m\u00e1s informativos y mejores biomarcadores<\/strong>, con m\u00e1s capacidad diagn\u00f3stica.<\/p>\n\n\n\n

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El grupo dirigido por Eva Novoa ha conseguido usar Nanopore para secuenciar los ARN de transferencia, que son los m\u00e1s informativos pero muy peque\u00f1os y dif\u00edciles de detectar.<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

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Por eso, desde que surgieron los primeros kits de Nanopore<\/em>, el laboratorio de Novoa<\/a> y otros del mundo han estado haciendo adaptaciones de esta tecnolog\u00eda <\/strong>para permitir secuenciar otros tipos de ARN m\u00e1s all\u00e1 de los ARNm. Un reto con los ARNts<\/strong>, pero, es que son unas mol\u00e9culas muy cortas <\/strong>\u2013 y, por tanto, se perd\u00edan y no se secuenciaban bien con el Nanopore<\/em>. \u201cLo que hemos conseguido ahora es secuenciar bien estos ARNts<\/strong>. Hemos demostrado que podemos capturar much\u00edsimas mol\u00e9culas, detectando las abundancias correctas y sus modificaciones diferenciales\u201d, especifica la jefa de grupo. Lo han conseguido gracias a modificaciones en la preparaci\u00f3n de las librer\u00edas de ARN, y tambi\u00e9n en el an\u00e1lisis inform\u00e1tico, en el que usan algoritmos e inteligencia artificial<\/strong><\/a> para analizar las secuencias y hacer predicciones.<\/p>\n\n\n\n

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De prueba de concepto a diagn\u00f3stico cl\u00ednico<\/h2>\n\n\n\n

Sin embargo, antes de utilizar esta secuenciaci\u00f3n de ARNt para hacer diagn\u00f3stico a nivel cl\u00ednico, hay que entender mejor qu\u00e9 modificaciones espec\u00edficas est\u00e1n ligadas a qu\u00e9 tipo de c\u00e1ncer<\/strong>. \u201cConocemos algunas, pero no se han analizado de forma exhaustiva, precisamente porque hasta ahora no se pod\u00edan analizar estas modificaciones de forma \u2018no dirigida\u2019; todo el mundo miraba las 4-5 modificaciones que se conoc\u00edan y eran m\u00e1s sencillas de analizar\u201d, dice Novoa. Pero ahora pueden hacer esta \u2018fotograf\u00eda\u2019<\/strong>, y este ser\u00e1 el primer paso del grupo; estudiar y clasificar las modificaciones vinculadas a cada tipo de c\u00e1ncer.<\/p>\n\n\n\n

Para hacerlo, el grupo est\u00e1 ahora buscando muestras de pacientes <\/strong>\u2013 para empezar, de c\u00e1ncer de mama y de colon \u2013 tanto en biobancos<\/a> como en colaboraci\u00f3n con m\u00e9dicos en hospitales<\/strong>. \u201cNecesitamos muestras variadas, de diferentes tipos de c\u00e1ncer, y bien estratificadas, para obtener el m\u00e1ximo de informaci\u00f3n\u201d, afirma la investigadora.<\/p>\n\n\n\n

Despu\u00e9s habr\u00e1 que optimizar la secuenciaci\u00f3n del plasma<\/strong>, ya que hasta ahora s\u00f3lo han hecho los estudios con l\u00edneas celulares<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

Y finalmente tendr\u00e1n que entrenar el modelo computacional<\/a><\/strong>, de manera que a medida que se vayan secuenciando los ARN, vaya haciendo predicciones. \u201cHasta d\u00f3nde llegar\u00e1n estas predicciones, no lo sabemos. Quiz\u00e1s s\u00f3lo hasta decir si la muestra es de c\u00e1ncer o no \u2013 aunque yo creo que casi seguro que tambi\u00e9n podr\u00e1 detectar de qu\u00e9 tejido viene<\/strong>\u201d, asegura la bi\u00f3loga. \u201cQuiz\u00e1s podr\u00eda decir si es un c\u00e1ncer metast\u00e1sico o no. O si es resistente a un determinado tratamiento. O en qu\u00e9 estadio est\u00e1\u2026 todo depender\u00e1 de la cantidad de informaci\u00f3n que tengamos para entrenar el modelo\u201d.<\/p>\n\n\n\n

El objetivo final <\/strong>ser\u00eda utilizar esta tecnolog\u00eda para hacer cribajes y diagn\u00f3stico precoz<\/strong> porque, cu\u00e1nto antes se detecte el c\u00e1ncer, m\u00e1s probabilidad de supervivencia y menor coste para el sistema de salud.<\/p>\n\n\n\n

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El objetivo ser\u00eda usar esta tecnolog\u00eda para hacer cribaje y diagn\u00f3stico precoz de muchos tipos de c\u00e1ncer a la vez. <\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

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Adem\u00e1s de ser un aparato peque\u00f1o y muy port\u00e1til<\/strong> \u2013 cosa que facilitar\u00eda su uso en lugares sin grandes infraestructuras, ya que tan solo necesita un buen ordenador y electricidad \u2013 la secuenciaci\u00f3n de ARNs con la tecnolog\u00eda Nanopore<\/em> permitir\u00eda hacer un cribaje de muchos c\u00e1nceres a la vez<\/strong>. \u201cCuando hacemos una mamograf\u00eda<\/a>, por ejemplo, a parte de que tiene un coste, s\u00f3lo estamos detectando c\u00e1ncer de pecho<\/a>. Pero al analizar una muestra de sangre con Nanopore<\/em>, creemos que podremos ver indicios de cualquier c\u00e1ncer. Despu\u00e9s, obviamente, se deber\u00edan hacer otras pruebas para validar resultados, pero ser\u00eda un gran primer paso\u201d, concluye Novoa.<\/p>\n\n\n\n

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El grupo dirigido por Eva M Novoa en el CRG ha conseguido modificar la t\u00e9cnica Nanopore para cuantificar tanto los niveles de ARN de transferencia (ARNt) como sus modificaciones \u2013 un buen indicador de c\u00e1ncer. <\/p>\n","protected":false},"author":6,"featured_media":36608,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[27],"tags":[556,313,266,861],"new-type":[44],"class_list":["post-36618","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-investigacion","tag-arn-es","tag-cancer-es","tag-crg-es","tag-ia-es","new-type-noticias"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/36618","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/users\/6"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=36618"}],"version-history":[{"count":4,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/36618\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":36629,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/36618\/revisions\/36629"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media\/36608"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=36618"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=36618"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=36618"},{"taxonomy":"new-type","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/new-type?post=36618"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}