{"id":32699,"date":"2022-12-21T11:20:45","date_gmt":"2022-12-21T10:20:45","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=32699"},"modified":"2023-01-19T21:43:54","modified_gmt":"2023-01-19T20:43:54","slug":"biodiversity-genomics-europe-un-empuje-a-la-conservacion-de-la-biodiversidad-en-europa","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/biodiversity-genomics-europe-un-empuje-a-la-conservacion-de-la-biodiversidad-en-europa\/","title":{"rendered":"Un empuje a la conservaci\u00f3n de la biodiversidad en Europa"},"content":{"rendered":"\n

Europa se ha puesto las pilas para frenar la p\u00e9rdida de biodiversidad. El pasado septiembre arranc\u00f3 de forma oficial el proyecto Biodiversity Genomics Europe (BGE)<\/strong><\/a>, <\/strong>financiado por la Uni\u00f3n Europea con 21 millones <\/strong>de euros con el objetivo de dar un empuje a la gen\u00f3mica como herramienta para la conservaci\u00f3n de la biodiversidad en Europa<\/strong><\/a>.<\/p>\n\n\n\n

Para conseguirlo, este proyecto ‘paraguas’ re\u00fane dos redes europeas ya existentes, basadas en dos tecnolog\u00edas distintas del ADN:<\/p>\n\n\n\n

  1. European Reference Genome Atlas (ERGA)<\/a><\/strong>, que es el nodo europeo del Proyecto Biogenoma de la Tierra (EBP<\/a>) liderado desde EEUU. A su vez ERGA incluye otras iniciativas a nivel regional (como la Iniciativa Catalana<\/a>) o a nivel de taxonomia (como el proyecto de Genomas de Vertebrados<\/a>). El objetivo de ERGA y del proyecto biogenoma de la tierra<\/a> es promover y facilitar la secuenciaci\u00f3n del genoma completo <\/strong>de toda la biodiversidad eucariota.
    <\/li>
  2. BIOSCAN<\/a><\/strong>, que forma parte de la red International Barcode of Life (IBOL<\/a>), liderada desde Canad\u00e1. \u00c9sta tiene como objetivo determinar, no el genoma entero, sino unas secuencias cortas de ADN (uno o pocos genes) que act\u00faan como unos c\u00f3digos de barras<\/strong>. \u00c9stos sirven para diferenciar entre especies, igual que los c\u00f3digos de barras convencionales distinguen los productos en un supermercado, por ejemplo. Este proyecto pretende hacer el barcoding <\/em>de miles de individuos de cada especie.<\/li><\/ol>\n\n\n\n

    Son dos estrategias distintas, dos extremos de un rango, comenta Rosa Fern\u00e1ndez<\/a><\/strong>, investigadora del Instituto de Biolog\u00eda Evolutiva (IBE: CSIC-UPF)<\/a> y representante del consejo espa\u00f1ol de ERGA. Es lo que en ingl\u00e9s se denomina \u00abdepth vs breadth\u00bb (profundidad versus amplitud). Y el tipo de aproximaci\u00f3n depende de lo que interese conseguir. <\/p>\n\n\n\n

    Por un lado, con la secuenciaci\u00f3n completa<\/strong> se secuencia totalmente el genoma de uno o pocos individuos <\/strong>de cada especie (con un coste del orden de unos 5000\u20ac<\/strong> por gigabase de tama\u00f1o gen\u00f3mico). Esto ofrece una mayor informaci\u00f3n gen\u00f3mica para entender el \u00e1rbol de la vida (especialmente de los organismos menos conocidos), estudiar la evoluci\u00f3n y adaptaciones, que se podr\u00e1n aplicar potencialmente para la conservaci\u00f3n de las especies, o incluso descubrir sustancias producidas por esos organismos que pueden ser relevantes a nivel biom\u00e9dico.<\/p>\n\n\n\n

    Por otro lado, con el barcoding<\/strong> se secuencia tan solo un gen de miles de individuos, obteniendo muy poquita informaci\u00f3n de much\u00edsimos individuos <\/strong>de forma barata (unos 3-4\u20ac por cada gen de cada especie<\/strong>). Esto permite entender la composici\u00f3n de las comunidades y biomonitorizarlas, tener una mejor visi\u00f3n de la variabilidad, identificar especies cr\u00edpticas y ver qu\u00e9 poblaciones tienen mayor diversidad gen\u00e9tica, para as\u00ed poder gestionar la biodiversidad.<\/p>\n\n\n\n

    <\/div>\n\n\n\n

    El 80% de las especies del mundo no han sido todav\u00eda descubiertas o descritas a nivel cient\u00edfico. Por eso, el proyecto pretende crear un c\u00f3digo de barras de ADN para cada especie, con el objetivo de crear un \u201cinventario de la vida en la Tierra\u201d.<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

    <\/div>\n\n\n\n

    En esta primera fase, el proyecto BGE pretende secuenciar alrededor de 500 especies<\/strong> y conseguir los \u00abc\u00f3digos de barras\u00bb de varios miles de especies<\/strong> m\u00e1s, a trav\u00e9s de ERGA y BIOSCAN.<\/p>\n\n\n\n

    <\/div>\n\n\n\n

    Colaboraci\u00f3n a gran escala<\/strong>, liderazgo desde el IBE<\/strong> y el papel del CNAG<\/h2>\n\n\n\n

    Un proyecto de esta envergadura es imposible realizarlo en solitario. Por eso, cuenta con un volumen de colaboraciones cient\u00edficas sin precedentes<\/strong>, con unos 30 socios de 20 pa\u00edses europeos.<\/p>\n\n\n\n

    A nivel de Espa\u00f1a, diez centros del CSIC<\/strong> han recibido 1’4 M\u20ac<\/strong>: 800.000 para ERGA y 600.000 para BIOSCAN. Esto en parte cubrir\u00e1 la recolecci\u00f3n de 50 especies end\u00e9micas y protegidas de la Pen\u00ednsula Ib\u00e9rica <\/strong>para secuenciar sus genomas, como parte de los 500 genomas de referencia<\/strong> que pretende secuenciar ERGA. La recolecci\u00f3n de las muestras, coordinada desde el IBE<\/strong>, implica un gran trabajo de gesti\u00f3n que incluye primero la selecci\u00f3n de que especies se van a secuenciar, y despu\u00e9s lidiar con toda la log\u00edstica de recolecci\u00f3n, desde colectar en hielo seco y los permisos necesarios, hasta mandar las muestras a los servicios de secuenciaci\u00f3n.<\/p>\n\n\n\n

    <\/div>\n\n\n\n

    \u00abPara no reinventar la rueda, se necesita mucha coordinaci\u00f3n\u00bb
    Rosa Fern\u00e1ndez <\/strong>(IBE:CSIC-UPF)<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

    <\/div>\n\n\n\n

    La parte de secuenciaci\u00f3n y ensamblaje de los genomas ser\u00e1 precisamente la responsabilidad de otro de los centros vinculados al PRBB, el CNAG-Centro de Regulaci\u00f3n Gen\u00f3mica (CRG)<\/a>. El Centro Nacional de An\u00e1lisis Gen\u00f3mico es uno de los cinco principales centros de secuenciaci\u00f3n y an\u00e1lisis de datos de ADN que contribuir\u00e1n al proyecto. Se calcula que participar\u00e1 en el ensamblaje del genoma de referencia de m\u00e1s de 100 especies<\/strong> (las 50 espa\u00f1olas y otras provenientes del resto de Europa), que se pondr\u00e1n a disposici\u00f3n de la comunidad internacional a trav\u00e9s de repositorios p\u00fablicos.<\/p>\n\n\n\n

    Las especies a secuenciar en el proyecto Biodiversity Genomics Europe (BGE)<\/a> provendr\u00e1n de:<\/p>\n\n\n\n