{"id":22765,"date":"2021-05-19T21:44:46","date_gmt":"2021-05-19T19:44:46","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=22765"},"modified":"2021-06-22T13:42:45","modified_gmt":"2021-06-22T11:42:45","slug":"tomas-marques-bonet-ibe-queremos-secuenciar-las-70-000-especies-de-vertebrados-en-los-proximos-10-anos","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/tomas-marques-bonet-ibe-queremos-secuenciar-las-70-000-especies-de-vertebrados-en-los-proximos-10-anos\/","title":{"rendered":"Tom\u00e0s Marqu\u00e8s-Bonet (IBE): \u201cQueremos secuenciar las 70.000 especies de vertebrados en los pr\u00f3ximos 10 a\u00f1os\u201d"},"content":{"rendered":"\n

Tom\u00e0s Marqu\u00e8s-Bonet<\/a> es el Investigador Principal del Comparative Genomics Lab<\/a><\/em>, del Instituto de Biolog\u00eda Evolutiva (IBE: CSIC-UPF)<\/a>, y desde hace a\u00f1os est\u00e1 participando en un proyecto que est\u00e1 revolucionando el mundo de la gen\u00f3mica y la biodiversidad<\/a><\/strong>: el Vertebrate Genomes Project<\/em><\/a>.<\/p>\n\n\n\n

Ahora, con la publicaci\u00f3n de un art\u00edculo en Nature<\/em>, han puesto la primera de las 70.000 piezas de este puzzle gen\u00f3mico y nosotros, rob\u00e1ndole un rato de su descanso, hemos querido saber m\u00e1s.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Primera pregunta obligada: \u00bfQu\u00e9 es el Vertebrate Genomes Project<\/em>?<\/h2>\n\n\n\n

Hace ya m\u00e1s de 10 a\u00f1os<\/strong> un grupo de personas (entre las cuales me incluyo), viendo la crisis de biodiversidad<\/a> global<\/strong> y teniendo en cuenta que de muchas especies no ten\u00edamos el genoma de referencia, es decir, que no ten\u00edamos un genoma completo de suficiente calidad<\/strong>, empezamos un proyecto para secuenciar 10.000 vertebrados<\/a>, dando prioridad a las especies m\u00e1s amenazadas: el consorcio Genome10K<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n

Empezamos a trabajar y, aunque 10.000 especies ya era una cifra muy ambiciosa, en 2017 iniciamos el Vertebrate Genomes Project <\/em>(VGP)<\/strong>, que es un proyecto internacional que tiene como objetivo secuenciar, durante la pr\u00f3xima d\u00e9cada, las m\u00e1s de 70.000 especies de vertebrados que existen en la Tierra a d\u00eda de hoy.<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Todos estos a\u00f1os de trabajo han culminado en el art\u00edculo de Nature<\/em><\/a>, donde ya hemos publicado 16 genomas completos.<\/p>\n\n\n\n

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De 16 a 70.000 hay una buena diferencia\u2026 \u00bf10 a\u00f1os ser\u00e1n suficientes?<\/h2>\n\n\n\n

El art\u00edculo es solo el pistoletazo de salida del proyecto, ya que lo que quer\u00edamos era dar a conocer el gold standard<\/em> que hemos creado para secuenciar genomas de alt\u00edsima calidad<\/strong>. Desde los inicios del proyecto se han ido haciendo pruebas y explorando t\u00e9cnicas, y podemos decir que ya hemos encontrado el m\u00e9todo, es decir, la combinatoria de t\u00e9cnicas gen\u00f3micas <\/strong>que nos permiten obtener genomas de referencia de manera suficientemente barata pero con una calidad excelente, casi libre de errores.<\/strong><\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u201cCon el art\u00edculo queremos hacer un llamamiento para recomendar el uso de este conjunto de t\u00e9cnicas y as\u00ed generar genomas de alt\u00edsima calidad que sirvan a toda la comunidad cient\u00edfica\u201d<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

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Hemos empezado publicando 16 genomas porque la importancia del art\u00edculo no era el n\u00famero sino el m\u00e9todo para hacer estas secuenciaciones<\/strong>. Ahora ya estamos preparando el siguiente art\u00edculo con m\u00e1s de 130 especies<\/strong>, y el objetivo es intentar llegar a 500 a finales de a\u00f1o.<\/strong><\/p>\n\n\n\n

En en cuanto al tiempo, el factor limitante son las muestras<\/strong>: para muchas especies no hay material de buena calidad o es muy dif\u00edcil conseguirlo. Si tuvi\u00e9ramos las muestras, t\u00e9cnicamente no tenemos problemas, y con distributed networks<\/em> donde colaboraran laboratorios de todo el mundo<\/strong>, podr\u00edamos conseguirlo en diez a\u00f1os sin problemas.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u201cAnimamos a cualquier grupo que tenga muestras para que nos contacte. Buscaremos la manera de financiar la colaboraci\u00f3n y obtener datos de la misma calidad para poderlos comparar\u201d<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Dices que el nivel t\u00e9cnico no es un problema, pero conseguir estos genomas de alt\u00edsima calidad no debe de ser f\u00e1cil\u2026 \u00bfA qu\u00e9 retos os hab\u00e9is enfrentado durante el proceso?<\/h2>\n\n\n\n

Una de las partes cruciales de este proyecto (y de la gen\u00f3mica en general) es saber montar las partes de un genoma de referencia.<\/strong> Para hacerlo, a partir de un grupo de c\u00e9lulas con el mismo ADN tenemos que ir leyendo una a una las bases<\/strong> que lo componen y, por lo tanto, no es un proceso sencillo.<\/p>\n\n\n\n

Hemos estado muchos a\u00f1os trabajando en el aspecto t\u00e9cnico, pero el punto clave que nos ha permitido poner en marcha ahora el VGP y no antes, es que, en los \u00faltimos a\u00f1os, el campo de la gen\u00f3mica ha disfrutado de una gran revoluci\u00f3n<\/strong> en la manera de montar estos genomas de referencia: ahora tenemos la habilidad t\u00e9cnica para leer todo el genoma<\/strong> de punta a punta y llegar a regiones del genoma que antes no pod\u00edamos leer<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u201cA la hora de leer y montar los genomas, hasta hace cuatro a\u00f1os era c\u00f3mo si vi\u00e9ramos la televisi\u00f3n de los a\u00f1os 80 a 480p y ahora lo hici\u00e9ramos en 4K\u201d<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Esta habilidad de lectura, que hasta ahora estaba reservada al an\u00e1lisis del genoma humano o bien a organismos modelo<\/a> para biomedicina (C. elegan<\/em>s, rat\u00f3n\u2026) la podemos aplicar ya al genoma de los vertebrados<\/strong> de manera generalizada.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Ahora que hablas de biomedicina\u2026 \u00bfEsta metodolog\u00eda que hab\u00e9is desarrollado, se podr\u00eda aplicar a otras ramas de la investigaci\u00f3n o a la salud humana?<\/h2>\n\n\n\n

\u00a1Y tanto! Uno de los motivos por los cuales insistimos tanto en la estandarizaci\u00f3n y en la calidad de los genomas que se generen en este proyecto es para poder compararlos con el genoma humano<\/a><\/strong> y as\u00ed poder hacer interpretaciones<\/strong>, que creo ser\u00e1 el reto de la gen\u00f3mica en el s. XXI<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n

Hay una gran cantidad de fragmentos de nuestro genoma que todav\u00eda no sabemos qu\u00e9 hacen, y aqu\u00ed es donde la gen\u00f3mica comparativa<\/a> nos puede ayudar, ya que todos los vertebrados compartimos miles de caracter\u00edsticas<\/strong> (sistemas, evoluci\u00f3n y desarrollo, cerebro\u2026).<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u201cTener centenares o miles de genomas de vertebrados completos nos abre la puerta a comparar y poder hacer interpretaci\u00f3n del genoma humano y las enfermedades\u201d<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

As\u00ed, mientras generamos datos que sirvan para entender mejor el genoma humano, queremos crear genomas de referencia para la conservaci\u00f3n de la biodiversidad<\/strong>, que es un tema crucial.<\/p>\n\n\n\n

Con estos datos queremos facilitar el trabajo de las comunidades que trabajan con especies <\/a>muy amenazadas<\/strong> porque puedan incluir de manera econ\u00f3mica y sencilla la gen\u00f3mica dentro de sus pol\u00edticas de conservaci\u00f3n.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

A nivel de conservaci\u00f3n de la biodiversidad, \u00bfsent\u00eds que est\u00e1is en una carrera a contrarreloj con este proyecto?<\/h2>\n\n\n\n

La respuesta obvia es s\u00ed: mientras esperamos a que la tecnolog\u00eda exista, cada a\u00f1o desaparecen centenares de especies en el mundo<\/strong>. Por lo tanto es muy importante empezar, de manera paralela a estos esfuerzos de secuenciaci\u00f3n, otros proyectos que ayuden a conservar por ejemplo l\u00edneas celulares viables de animales, y que contribuyan as\u00ed a la conservaci\u00f3n de la biodiversidad.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u201cYa hay muchos casos de especies que sabemos que no volver\u00e1n nunca porque no tenemos material vivo; lo que no guardemos ahora, es posible que no lo podamos hacer en un futuro cercano\u201d<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u00bfQu\u00e9 importancia tiene la colaboraci\u00f3n entre grupos en proyectos como el VGP?<\/h2>\n\n\n\n

Para que estos proyectos funcionen se necesita conocimiento <\/strong>multidisciplinar<\/strong><\/a>: zoolog\u00eda, taxonom\u00eda, bioinform\u00e1tica, filogen\u00e9tica\u2026 Son proyectos de gran envergadura que requieren la participaci\u00f3n de centros y laboratorios de todo el mundo<\/strong> para poder avanzar hacia el objetivo com\u00fan: la conservaci\u00f3n de la biodiversidad.<\/p>\n\n\n\n

Siguiendo esta l\u00ednea, todos los datos generados por el VGP son de acceso abierto<\/a><\/strong>: los genomas est\u00e1n p\u00fablicos, y lo \u00fanico que pedimos es que nos contacten para explicarnos qu\u00e9 quieren hacer y que se esperen a publicar sus resultados, como m\u00ednimo, al mismo tiempo que nosotros y no antes, puesto que somos quienes hemos generado los genomas.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u201cNuestra intenci\u00f3n es ir colgando todos los genomas en bases de datos p\u00fablicas a medida que los vayamos secuenciando\u201d<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Estos datos, por tanto, se podr\u00edan usar para otros proyectos \u00bfverdad?<\/h2>\n\n\n\n

\u00a1Totalmente! De hecho VGP forma parte de otro proyecto todav\u00eda m\u00e1s ambicioso, que pretende secuenciar la totalidad del ADN de la Tierra: el Earth Biogenome Project (EBP).<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Adem\u00e1s, a nivel europeo se ha creado el European Reference Genome Atlas (ERGA)<\/strong> que es la asociaci\u00f3n de 400 investigadores e investigadoras<\/strong> de diferentes \u00e1mbitos para secuenciar todos los organismos de Europa<\/strong>. El ERGA tiene diferentes nodos, como ERGA Spain, donde Rosa Fern\u00e1ndez (IBE)<\/a> es una de las dos representantes del proyecto.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u00a1Desde el IBE est\u00e1is muy implicados con estas iniciativas! Tu grupo, en concreto, \u00bfqu\u00e9 papel ha tenido en el VGP?<\/h2>\n\n\n\n

\u00a1La verdad es que s\u00ed! Pero otros centros del Parque de Investigaci\u00f3n Biom\u00e9dica de Barcelona (PRBB)<\/a>, como el  Centro Nacional de An\u00e1lisis Gen\u00f3mico (CNAG)<\/a>\u2013Centro de Regulaci\u00f3n Gen\u00f3mica (CRG)<\/a> tambi\u00e9n han participado activamente. El CNAG-CRG es uno de los n\u00facleos m\u00e1s importantes de Europa a nivel de secuenciaci\u00f3n<\/strong> e Ivo Gut<\/a><\/strong> es uno de los autores del art\u00edculo, puesto que parte de los datos de Oxford Nanopore (una de las t\u00e9cnicas que se han utilizado) se han generado bajo su direcci\u00f3n.<\/p>\n\n\n\n

Adem\u00e1s, el CNAG-CRG ya se est\u00e1 posicionando dentro del ERGA para ser uno de los centros de producci\u00f3n de genomas que habr\u00e1 en Europa<\/strong>, y lo har\u00e1 con los est\u00e1ndares de calidad que nos hemos impuesto desde el VGP.<\/p>\n\n\n\n

A nivel personal, estoy desde hace muchos a\u00f1os en el Scientific Council<\/em> del proyecto<\/strong>, trabajando conjuntamente con otros 15 investigadores de todo el mundo. As\u00ed, adem\u00e1s de estar en la direcci\u00f3n cient\u00edfica<\/strong>, con mi grupo hemos participado intelectualmente tomando decisiones, como las t\u00e9cnicas a utilizar o las especies que priorizar\u00edamos, pero tambi\u00e9n de manera activa secuenciando parte de los genomas del VGP.<\/strong><\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Para acabar: \u00bfpodr\u00edamos decir que estamos en un buen momento para la gen\u00f3mica y la conservaci\u00f3n de la biodiversidad?<\/h2>\n\n\n\n

Yo creo que s\u00ed, y la muestra de esto es que hay inter\u00e9s en que se haga incluso por parte de empresas<\/strong>: Oxford Nanopore, una de las grandes empresas de secuenciaci\u00f3n, present\u00f3 un proyecto piloto, Org One<\/a>, donde financiar\u00e1n la secuenciaci\u00f3n de long-reads<\/em><\/strong> (la parte m\u00e1s cara y m\u00e1s importante para obtener genomas de referencia) de especies en peligro cr\u00edtico de extinci\u00f3n.<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Ahora mismo, el balance entre tecnolog\u00eda y gasto econ\u00f3mico<\/strong> es tan bueno que est\u00e1n surgiendo muchas de este tipo de iniciativas y como comunidad cient\u00edfica lo tenemos que aprovechar.<\/p>\n\n\n\n

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Tom\u00e0s Marqu\u00e8s-Bonet (IBE) nos habla del pasado, el presente y el futuro del ambicioso proyecto \u00abVertebrate Genomes Project\u00bb y de c\u00f3mo, a trav\u00e9s de la colaboraci\u00f3n internacional y la metodolog\u00eda que han desarrollado, se har\u00e1 posible.<\/p>\n","protected":false},"author":9,"featured_media":22820,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[27],"tags":[551,276,260,490,266,454,284,709,290,707,212,655],"new-type":[44,42],"class_list":["post-22765","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-investigacion","tag-acceso-abierto","tag-adn-es","tag-biodiversidad","tag-ciencia-abierta","tag-crg-es","tag-entrevista-es","tag-evolucion","tag-genetica-es","tag-genoma-es","tag-genomica-es","tag-ibe-csic-upf-es","tag-secuenciacion","new-type-noticias","new-type-recomendamos"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/22765","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/users\/9"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=22765"}],"version-history":[{"count":14,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/22765\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":22821,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/22765\/revisions\/22821"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media\/22820"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=22765"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=22765"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=22765"},{"taxonomy":"new-type","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/new-type?post=22765"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}