{"id":20705,"date":"2021-02-26T13:35:05","date_gmt":"2021-02-26T12:35:05","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=20705"},"modified":"2021-03-24T20:49:10","modified_gmt":"2021-03-24T19:49:10","slug":"descubriendo-el-nacimiento-de-genes-de-novo-en-levaduras-mediante-la-transcriptomica","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/descubriendo-el-nacimiento-de-genes-de-novo-en-levaduras-mediante-la-transcriptomica\/","title":{"rendered":"Descubriendo el nacimiento de genes de novo en levaduras mediante la transcript\u00f3mica"},"content":{"rendered":"\n

Conoc\u00ed a Mar Alb\u00e0<\/a><\/strong> en octubre del 2013 cuando empezaba el m\u00e1ster en Bioinform\u00e1tica en la Universitat Pompeu Fabra. Fue la profesora de un curso llamado Principios de la Bioinform\u00e1tica del Genoma<\/em>, donde aprendimos algunos de los conceptos b\u00e1sicos esenciales de la bioinform\u00e1tica<\/a>, adem\u00e1s de obtener una formaci\u00f3n pr\u00e1ctica.<\/p>\n\n\n\n

Cuando lleg\u00f3 el momento de elegir un proyecto para mi tesis de m\u00e1ster, decid\u00ed unirme al laboratorio de Mar despu\u00e9s de escuchar su investigaci\u00f3n para averiguar como nacen los genes de novo<\/em><\/strong><\/a>. Mar me sugiri\u00f3 que leyera un art\u00edculo muy interesante llamado \u00abProto-genes and de novo<\/em> gene birth<\/a>\u00ab, que propon\u00eda que centenares de genes de novo<\/em> j\u00f3venes de la levadura podr\u00edan tener un potencial adaptativo real. Me cautiv\u00f3 el misterio que rodeaba estos genes de novo<\/em> y las posibles profundas consecuencias evolutivas de su existencia.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u00abMe cautiv\u00f3 el misterio que rodeaba estos genes de novo<\/em> y las posibles profundas consecuencias evolutivas de su existencia\u00bb
Will Blevins<\/strong><\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Para mi proyecto de tesis<\/strong>, Mar propuso que podr\u00edamos hacer experimentos para hacer un seguimiento de los hallazgos del paper <\/em>\u00abProto-genes \u2026\u00bb: si pudi\u00e9ramos recrear los transcriptomas desde cero de una docena de especies de levadura muy relacionadas<\/strong>, podr\u00edamos compararlas y profundizar todav\u00eda m\u00e1s en la cuesti\u00f3n de donde proven\u00edan estos genes de novo<\/em> j\u00f3venes.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

M\u00e1s buena que el pan; la levadura como sistema modelo<\/h2>\n\n\n\n

Empec\u00e9 a aprender m\u00e1s sobre la levadura<\/strong>, ya que solo sab\u00eda algunas cosas; sab\u00eda que era un eucariota unicelular del reino de los hongos y que \u00a1se utilizaba para hacer pan! Aun as\u00ed, r\u00e1pidamente supe que la levadura de panadero (Saccharomyces cerevisiae<\/em><\/strong> es su nombre cient\u00edfico) se pod\u00eda utilizar para mucho, mucho m\u00e1s que para hacer pan.<\/p>\n\n\n\n

Me impresion\u00f3 como un organismo tan \u00absencillo\u00bb con solo ~ 6.000 genes <\/strong>hab\u00eda desarrollado respuestas tan ingeniosas y espec\u00edficas a las condiciones ambientales cambiantes. Despu\u00e9s de leer m\u00e1s sobre S. cerevisiae<\/em>, todav\u00eda no comprend\u00eda del todo el poder real de los experimentos que se pueden dise\u00f1ar con un eucariota que se manipula tan f\u00e1cilmente en el laboratorio. Aqu\u00ed fue donde empez\u00f3 nuestra colaboraci\u00f3n con el grupo de Single Cell Behavior<\/em> de Lucas Carey<\/strong>, del Departamento de Ciencias Experimentales y de la Salud, Universidad Pompeu Fabra (DCEXS-UPF)<\/a>, puesto que ni Mar ni yo ten\u00edamos mucha experiencia dise\u00f1ando nuestros propios experimentos con levadura.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u00abMe siento muy afortunado de que en el Parque de Investigaci\u00f3n Biom\u00e9dica de Barcelona (PRBB)<\/a> haya un esp\u00edritu de colaboraci\u00f3n abierta, que nos ayuda a investigar mejor y nos hace a todos mejores investigadores<\/a>.\u00bb
Will Blevins<\/strong><\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n
\"\"<\/figure>\n\n\n\n

Juntos, empezamos a planificar los experimentos, intentando averiguar la log\u00edstica y los costes. A causa de la cantidad de ARN purificado <\/strong>que necesit\u00e1bamos para poder reconstruir el transcriptoma<\/strong> de cada especie desde cero, no podr\u00edamos hacer nuestros experimentos en placas de 96 pozos (cosa que nos habr\u00eda facilitado MUCHO todo, puesto que se pueden automatizar muchos de los pasos).<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

De la teor\u00eda a la pr\u00e1ctica: qu\u00e9 puede aprender un bi\u00f3logo computacional en un laboratorio<\/h2>\n\n\n\n

En mi primer d\u00eda en el laboratorio, se me cay\u00f3 la caja \u201cYeast Stock Box #1\u201d<\/strong>, enviando una docena de tubos criog\u00e9nicos por los aires, con unos cu\u00e1ntos tubos astutos escondi\u00e9ndose bajo la poyata del laboratorio. [Para traducir esto en t\u00e9rminos computacionales, seria como dejar caer un disco duro externo que conten\u00eda la \u00fanica copia de los datos en bruto de los \u00faltimos 3 a\u00f1os de vuestros proyectos.]<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/figure><\/div>\n\n\n\n

Afortunadamente, pudimos encontrar todos los tubos y devolverlos al congelador antes de que se pudieran descongelar, pero fui *muy* consciente de la importancia de tener copias de seguridad f\u00edsicas\u2026 Al fin y al cabo, no hay CTRL + Z en el laboratorio! <\/p>\n\n\n\n

Lorena Espinar<\/strong> tuvo la amabilidad de guiarme paso a paso por los protocolos<\/strong>, pasando de c\u00e9lulas congeladas a ARN purificado<\/strong>, cosa que realmente me ayud\u00f3 a entender mejor los datos de secuenciaci\u00f3n en bruto y las posibles fuentes de sesgo<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n

Experiment\u00e9 de primera mano algunas de estas fuentes habituales de sesgo que las personas del mundo computacional pocas veces encontramos:<\/p>\n\n\n\n