{"id":18619,"date":"2020-11-03T13:02:35","date_gmt":"2020-11-03T12:02:35","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=18619"},"modified":"2020-11-03T13:39:03","modified_gmt":"2020-11-03T12:39:03","slug":"nuevas-herramientas-para-mejorar-el-analisis-de-la-secuencia-y-estructura-del-genoma","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/nuevas-herramientas-para-mejorar-el-analisis-de-la-secuencia-y-estructura-del-genoma\/","title":{"rendered":"Nuevas herramientas para mejorar el an\u00e1lisis de la secuencia y estructura del genoma"},"content":{"rendered":"\n

Dos recientes estudios provenientes del CNAG-Centro de Regulaci\u00f3n Gen\u00f3mica (CRG)<\/a><\/a> ofrecen a la comunidad cient\u00edfica nuevas herramientas para mejorar los an\u00e1lisis gen\u00f3micos.<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Un art\u00edculo del grupo de Ivo Gut<\/a> describe un m\u00e9todo que ayuda a evaluar la calidad de los datos de la secuencia gen\u00f3mica<\/strong><\/a>. Observando cinco par\u00e1metros, \u00e9ste puede clasificar los datos de acuerdo con su calidad. Esto permite descartar las secuencias de baja calidad, que de utilizarse podr\u00edan llevar a conclusiones falsas o enmascarar resultados relevantes.<\/p>\n\n\n\n

Este m\u00e9todo resultar\u00e1 muy \u00fatil para las diversas iniciativas internacionales existentes en las que muchas instituciones en diferentes pa\u00edses est\u00e1n intentando secuenciar miles de genomas, que deber\u00e1n analizarse de forma conjunta.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u00abEncuentra la diferencia\u00bb<\/h2>\n\n\n\n

Otro art\u00edculo, esta vez del laboratorio de Mart\u00ed-Renom, describe un nuevo algoritmo para comparar la organizaci\u00f3n 3D de diferentes genomas<\/a><\/strong>; por ejemplo de dos especies diferentes, para identificar \u00e1reas con una estructura 3D conservada, o de individuos sanos y pacientes con c\u00e1ncer. Mediante el an\u00e1lisis de similitud estructural, el algoritmo puede identificar qu\u00e9 regiones est\u00e1n empaquetadas de manera diferente en el paciente con c\u00e1ncer<\/a>, para ayudar a identificar qu\u00e9 podr\u00eda haber salido mal.<\/p>\n\n\n\n

La herramienta, llamada CHESS (Comparaci\u00f3n de experimentos de Hi-C usando similitud estructural),<\/strong> no solo puede decir si un genoma es diferente al de referencia, sino tambi\u00e9n en qu\u00e9 medida es diferente, asign\u00e1ndole un valor num\u00e9rico. Tambi\u00e9n puede resaltar diferencias que el ojo humano no puede detectar en absoluto.<\/p>\n\n\n\n

\u00abNuestro algoritmo puede resultar muy \u00fatil para analizar los genomas del c\u00e1ncer<\/strong>, ya que muchos de ellos, as\u00ed como pasa en otras enfermedades, presentan reordenamientos cromos\u00f3micos donde partes de un cromosoma se rompen y se vuelven a unir en otros lugares, cambiando la estructura 3D<\/a>\u00ab, dice Silvia Galan<\/strong>, una de las primeras coautoras del estudio y estudiante de doctorad en el CNAG. <\/p>\n\n\n\n

Este estudio se realiz\u00f3 en colaboraci\u00f3n con el grupo de Gen\u00f3mica Regulatoria y del Desarrollo del MRC LMS y el Instituto Max Planck de Biomedicina Molecular en Alemania.<\/p>\n\n\n\n

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Un m\u00e9todo que eval\u00faa la calidad de una secuencia gen\u00f3mica y un algoritmo que escanea la estructura 3D de distintos genomas para buscar diferencias son dos de las \u00faltimas contribuciones del CNAG.<\/p>\n","protected":false},"author":6,"featured_media":18623,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[27],"tags":[266,290,707,655],"new-type":[44],"class_list":["post-18619","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-investigacion","tag-crg-es","tag-genoma-es","tag-genomica-es","tag-secuenciacion","new-type-noticias"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/18619","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/users\/6"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=18619"}],"version-history":[{"count":11,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/18619\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":18645,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/18619\/revisions\/18645"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media\/18623"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=18619"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=18619"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=18619"},{"taxonomy":"new-type","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/new-type?post=18619"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}