Dicen que ver es creer. Y ahora, el CNAG-CRG ha conseguido formar parte de un nuevo centro de visualización del genoma que tiene como objetivo desarrollar tecnologías que permitan ver todo el genoma humano, al completo y en 3D.
El laboratorio de Marc Martí-Renom el CNAG-CRG colaborará con otros en la Facultad de Medicina de Harvard, en Brown University y el Baylor College of Medicine para conseguir este objetivo
Las técnicas existentes hoy en día tan sólo permiten observar, como mucho, un 1% del genoma de un vistazo. «Lo que queremos hacer es un cambio equivalente a pasar de la tele en blanco y negro en una SmartTV en 4K», compara Marc.
Para ello contarán con 11,2 millones de dólares en los próximos cinco años, gentileza de los Institutos Nacionales de Salud (NIH) de Estados Unidos. «El nuevo centro será ‘virtual’, en el sentido que cada uno trabajará desde su centro actual; similar a lo que sería un Centro de excelencia de la UE», explica el jefe de grupo. «Pero estamos montando un laboratorio central, que llamamos «Incubator», que estará en Harvard y donde habrá miembros de los 4 grupos de investigación que formamos parte del proyecto».
Así, en los próximos cinco años desarrollarán técnicas para ver el genoma ‘in situ‘, dentro del núcleo donde está plegado: 2m de ADN en un núcleo de unas ~ 10 micras. «Si el genoma no se pliega bien, hay problemas de desarrollo, cáncer, etc. Lo que queremos es que esta visualización pueda llegar a hacerse de forma sencilla, rutinaria, en hospitales o centros de diagnóstico de todo el mundo«, dice Martín-Renom.
La nueva colaboración cuenta con 11’2 millones de dólares para conseguir, en 5 años, visualizar bajo el microscopio el genoma humano entero (unos 2m de ADN) en el núcleo de una única célula y en 3D.
No ha sido nada fácil conseguir formar parte de este gran proyecto. «Es un tipo de financiación de los NIH que no se suele dar a grupos de fuera de Estados Unidos«, dice Marc. El Centro de Regulación Genómica (CRG) lo había conseguido una vez antes, cuando el grupo liderado por Roderic Guigó participó en la secuenciación del genoma humano, ya hace 20 años
En esta ocasión, el equipo de Martín-Renom lo ha conseguido gracias a su experiencia en el análisis computacional de las imágenes que saldrán de los microscopios, como han mostrado en recientes artículos
«Llevamos colaborando con esta gente desde el 2018. El año pasado nos presentamos a la convocatoria y quedamos cerca de conseguir la ayuda. Este año lo hemos logrado principalmente porque ya hemos demostrado que lo que queremos hacer, se puede hacer«, explica Marc, apuntando a un artículo que publicaron a finales del año pasado describiendo OligoFISSEQ, un nuevo método para mapear genomas que desarrollaron con el grupo de Harvard.
Así, ahora comienza este camino de cinco años para intentar abordar, por primera vez, la visualización del genoma humano entero a nivel de una única célula y en 3D – bajo el microscopio. Y para el grupo de Martín-Renom es un orgullo formar parte de él.
«Más allá de la aportación económica, esta ayuda representa para nosotros un importante reconocimiento internacional de prestigio»
Marc Martí-Renom, jefe de grupo en el CNAG-CRG
«Aparte del dinero recibido (1,8M $ para nuestro grupo, más la parte que nos toca los 6M $ de Harvard a través del «Incubator»), y no menos importante para nosotros, esta ayuda representa un importante reconocimiento internacional de prestigio«, concluye el investigador
