Los pasados 17, 18 y 19 de septiembre se celebró en el Parque de Investigación Biomédica de Barcelona (PRBB) la 19ª edición de la Conferencia Europea de Bioconductor (EuroBioC 2025). Bioconductor es un proyecto internacional y colaborativo que quiere desarrollar y diseminar software de código abierto y gratuito que facilite un análisis riguroso y reproducible de los datos producidos por tecnologías actuales y emergentes en el campo de la biología.
“Esta misión es posible gracias a un esfuerzo sostenido para construir una comunidad diversa, colaborativa y acogedora de personas usuarias, desarrolladoras y científicas de datos”, explica Robert Castelo, investigador en el Departamento de Medicina y Ciencias de la vida, Universidad Pompeu Fabra (MELIS-UPF), miembro de la comunidad de Bioconductor y coorganizador de este encuentro en el PRBB.
Bioconductor celebra tres encuentros anuales, uno en América, uno en Asia, y uno en Europa. Con unos 170 participantes inscritos de 24 países diferentes, esta fue la primera vez que se celebraba en España.
“El haber celebrado EuroBioC2025 en Barcelona ha facilitado que la comunidad bioinformática local haya tenido la oportunidad de escuchar e interaccionar directamente con un número importante de desarrolladores y miembros del consejo asesor técnico de Bioconductor, uno de los proyectos de software de código abierto más ampliamente adoptados en la ciencia de datos biológicos”
Robert Castelo, MELIS-UPF
Hablamos con Robert Castelo (MELIS-UPF) y Juan Ramón González (Instituto de Salud Global de Barcelona (ISGlobal)), coorganizadores de la conferencia, sobre cómo fue el acto y de la iniciativa de Bioconductor, que este año cumple 25 años.
¿Cómo funciona Bioconductor y qué lo hace especial?
El software de Bioconductor funciona sobre R, un software también de código abierto y gratuito para el análisis y la exploración de datos mediante métodos estadísticos y computacionales. Una de las características principales de R es su facilidad para ampliar su funcionalidad a través de los llamados “paquetes de R”, que cualquier persona con unos mínimos conocimientos de programación puede contribuir y poner a disposición de todos los usuarios a través repositorios estandarizados como CRAN o GitHub. Bioconductor funciona como otro repositorio adicional, que pone a disposición de los usuarios más de 2.000 paquetes de R contribuidos por la comunidad para analizar datos biológicos.
Es decir, ¿cualquier persona puede subir un nuevo “paquete” o programa a Bioconductor?
Sí, esta característica es crucial para entender la amplia adopción de R y Bioconductor, ya que permite la transición de usuario a desarrollador. A menudo, un investigador o investigadora experto en un área de conocimiento, empieza utilizando el software de Bioconductor como usuario, se le ocurre una idea para mejorar el software o añadir funcionalidad, y acaba contribuyendo un paquete y convirtiéndose en desarrollador. Con el fin de facilitar esta transición, es muy importante que la comunidad sea diversa y todo el mundo se sienta bienvenido a colaborar. Por eso, Bioconductor pide a todo el mundo que quiera participar que se adhiera a un código de conducta disponible en múltiples lenguas.
¿Qué tipo de análisis se pueden hacer con los paquetes de Bioconductor?
Algunos ejemplos de los tipos de análisis de datos biológicos que se suelen hacer con paquetes de Bioconductor son: el análisis de expresión diferencial de tránscritos a partir de datos de secuenciación masiva del ARN, la exploración y control de calidad de estos datos de secuenciación masiva del ARN en células individuales, la identificación de dominios de expresión en datos de transcriptómica resueltos a resolución espacial, el análisis de abundancia diferencial de péptidos a partir de datos de proteómica producidos por espectrometría de masas, o el análisis computacional de la función biológica de genes y proteínas – ¡entre muchos otros!
Parece muy útil y versátil; ¿cuánta gente usa Bioconductor?
Como el software de Bioconductor está disponible de forma abierta y gratuita sin necesidad de hacer ninguna inscripción para utilizarlo, no es fácil averiguar cuánta gente lo usa. Algunas medidas indirectas de este uso pueden ser el número de descargas de los paquetes de Bioconductor, que en el año 2024 fueron más de 50 millones, o el número de citas en los artículos que describen el funcionamiento de los paquetes en revistas científicas. Por ejemplo, algunos de los paquetes más utilizados acumulan del orden de decenas de miles de citas en Google Scholar.
¿Cuáles fueron los principales temas que se trataron durante el encuentro en el PRBB?
Como las posibilidades de los paquetes de Bioconductor son amplísimas, hubo una gran variedad de contenidos incluidos en el congreso. Algunos de los temas más relevantes fueron en torno a cómo analizar los datos en el ámbito de la transcriptómica espacial, o los datos provenientes de proteómica de una sola célula (single-cell proteomics), así como de tecnologías genómicas que cuantifican moléculas individuales (single-molecule genomics). También se trató, por ejemplo, la integración de datos multiómicos, o la interoperabilidad entre el software de Bioconductor y el software desarrollado en Python – otro lenguaje de programación muy común.
“Acoger aquí la conferencia Bioconductor ha sido una oportunidad única para conectar la comunidad internacional de científicos de datos y bioinformáticos con investigadores locales. Desde ISGlobal, vemos esto como un paso clave para fortalecer la ciencia abierta, la reproductibilidad y los enfoques colaborativos en la investigación sanitaria, valores que son fundamentales para nuestra misión”
Juan Ramón González, ISGlobal
¿Qué destacarías de este congreso de Bioconductor?
La charla principal que abrió el congreso estuvo a cargo de Vince Carey, catedrático en la Universidad de Harvard y máximo responsable actual del proyecto Bioconductor, quien hizo un repaso de los 25 años de vida de Bioconductor.
También nos gustaría destacar que, aparte de las charlas invitadas, charlas cortas y pósters típicos de la mayoría de congresos, organizamos diferentes sesiones interactivas:
- 5 talleres en sesiones paralelas, de una hora y 45 minutos, donde los y las asistentes tenían la oportunidad de aprender a utilizar una herramienta o a hacer un análisis concreto, utilizando su propio dispositivo, conectado a una plataforma en la nube que facilita la ejecución de los análisis sin tener que invertir tiempo configurando el dispositivo e instalando software.
- 4 sesiones simultáneas, llamadas “Birds-of-a-Feather”, donde se discutieron temas en un formato más abierto. Estos tipos de sesiones las podían proponer las propias personas participantes hasta el día antes de la sesión.
Para finalizar, ¿cómo resumiríais la importancia de proyectos como Bioconductor?
La biología y la biomedicina son hoy en día disciplinas científicas en las que la producción y uso intensivo de grandes cantidades de datos de alta dimensión y múltiples modalidades se han convertido en imprescindibles para poder responder a cuestiones de investigación en la frontera del conocimiento. Los proyectos colaborativos y de software de código abierto como Bioconductor son posiblemente la manera más rápida y rigurosa de proporcionar herramientas para analizar estos datos y acelerar al máximo el progreso científico.
