{"id":5870,"date":"2019-03-21T15:39:15","date_gmt":"2019-03-21T14:39:15","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=5870"},"modified":"2019-04-03T16:30:15","modified_gmt":"2019-04-03T14:30:15","slug":"manuel-pastor-academia-industria-major-base-de-dades-toxicologiques-mon","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/manuel-pastor-academia-industria-major-base-de-dades-toxicologiques-mon\/","title":{"rendered":"Manuel Pastor: \u00abHem creat una gran base de dades toxicol\u00f2giques\u00bb"},"content":{"rendered":"

Manuel Pastor<\/strong> \u00e9s l\u00edder del grup de farmacoinform\u00e0tica<\/a> que forma part de la Unitat d\u2019Investigaci\u00f3 en Inform\u00e0tica Biom\u00e8dica (GRIB)<\/a>. Pastor t\u00e9 una gran experi\u00e8ncia en el camp del disseny i desenvolupament de f\u00e0rmacs, i des de 2010 participa a la coordinaci\u00f3 del projecte eTOX<\/strong><\/a>, junt amb en Ferran Sanz<\/a>; avui li preguntem per l\u2019estat d\u2019aquest projecte i la seva continuaci\u00f3.<\/p>\n

eTOX<\/a> \u00e9s un projecte europeu finan\u00e7at per la Iniciativa de Medicaments Innovadors (IMI)<\/a>, que pret\u00e9n impulsar el desenvolupament de nous medicaments<\/strong>, especialment en \u00e0rees on hi ha necessitats m\u00e8diques o socials no cobertes. En aquest cas, el projecte es centra en el camp de la toxicologia dels f\u00e0rmacs<\/strong>. \u201cEl valor del projecte eTOX \u00e9s crear una cultura de col\u00b7laboraci\u00f3 entre farmac\u00e8utiques, un m\u00e8tode eficient d\u2019utilitzar la informaci\u00f3 que generen en un camp tan important com la toxicologia\u201d, explica Pastor.<\/p>\n

\u201cEl valor del projecte eTOX \u00e9s crear una cultura de col\u00b7laboraci\u00f3 entre farmac\u00e8utiques, un m\u00e8tode eficient d\u2019utilitzar la informaci\u00f3 que generen sobre toxicologia\u201d
\nManuel Pastor<\/strong><\/p><\/blockquote>\n

 <\/p>\n

En qu\u00e8 consisteix eTOX?<\/strong><\/p>\n

En el camp de la toxicologia<\/strong>\u00a0en el desenvolupament de medicaments, les farmac\u00e8utiques han generat una quantitat enorme de dades<\/strong> per demostrar que els compostos que desenvolupen s\u00f3n segurs. La majoria d\u2019aquestes dades no s\u2019utilitzaven, per\u00f2 gracies al projecte eTOX, varies empreses farmac\u00e8utiques han comen\u00e7at a explotar-les i compartir-les.<\/p>\n

Nosaltres, com a coordinadors acad\u00e8mics del projecte<\/strong>,\u00a0hem gestionat diferents l\u00ednees de treball per extreure les dades, normalitzar-les i construir models predictius.<\/strong> Aix\u00ed hem generat un producte sostenible, la plataforma eTOXsys<\/a>. Aquesta permet fer una utilitzaci\u00f3 eficient de la informaci\u00f3 i aix\u00ed evitar repetir experiments que ja s’han realitzat anteriorment, per exemple.<\/p>\n

A part d\u2019estalviar temps i diners, aquestes dades s\u00f3n especials perqu\u00e8 permeten salvar vides. Per obtenir tota aquesta informaci\u00f3 s\u2019han sacrificat animals d\u2019experimentaci\u00f3; la nostra plataforma permet que aquestes vides s\u2019utilitzin de la manera m\u00e9s eficient possible.<\/p>\n

 <\/p>\n

\u00abLes dades d’eTOX permeten estalviar temps, diners, i vides d’animals d’experimentaci\u00f3\u00bb<\/p><\/blockquote>\n

 <\/p>\n

Quin \u00e9s el producte ‘tangible’ d\u2019eTOX?<\/strong><\/p>\n

Hem passat d\u2019una carpeta abandonada amb informes interns en paper, a una base de dades digital perfectament estructurada<\/strong>. Aix\u00f2 ha sigut molt dif\u00edcil perqu\u00e8 molts resultats estaven en paper i no estructurats; la mateixa cosa estava escrita de mil maneres diferents i en molts idiomes diferents. Estic parlant de 4 milions de termes<\/strong> d\u2019histopatologia que hem hagut d\u2019estandarditzar! Hem fet, per primer cop, una ontologia completa d\u2019histopatologia<\/strong>, amb conceptes organitzats i ordenats de forma jer\u00e0rquica.<\/p>\n

Hem fet un esfor\u00e7 enorme per convertir aquests repositoris en una plataforma digital compatible per fer un tractament l\u00f2gic d\u2019an\u00e0lisi de dades. Ara tindrem la base de dades d\u2019aquest tipus d\u2019estudis toxicol\u00f2gics in vivo<\/em> m\u00e9s gran del m\u00f3n<\/strong>.<\/p>\n

 <\/p>\n

\"Durante
Durant el projecte eTOX es van ordenar milers de documents i 4 milions de termes. Foto de Unsplash.<\/figcaption><\/figure>\n

 <\/p>\n

I aquesta base de dades, com la utilitzem?<\/strong><\/p>\n

Hi ha varies maneres d\u2019explotar la plataforma eTOXsys<\/a>. La primera \u00e9s utilitzar la base de dades directament per veure si alg\u00fa ja ha provat aquest compost en concret. Per\u00f2 hi ha una altra manera, que \u00e9s observar patrons<\/strong>, ja que certes caracter\u00edstiques de les mol\u00e8cules estan associades a un efecte advers.<\/p>\n

Quan tu est\u00e0s a punt de desenvolupar un f\u00e0rmac, pots mirar el que en diem models predictius<\/strong> per comprovar si \u00e9s possible que aquest compost sigui t\u00f2xic. Amb aix\u00f2, pots descartar o prioritzar el compost depenent de la predicci\u00f3 de la seva toxicitat<\/strong>. Per\u00f2 tamb\u00e9 pot servir per veure quin \u00e9s l\u2019ordre de proves que has de seguir; far\u00e0s primer les proves en les que el compost tingui m\u00e9s probabilitat de ser t\u00f2xic, aix\u00ed podem descartar el compost abans i no utilitzem tantes vides animals.<\/p>\n

 <\/p>\n

Per\u00f2 els models predictius nom\u00e9s et donen pistes… no s\u00f3n definitius, no?<\/strong><\/p>\n

La veritat \u00e9s que s\u2019ha obert un debat sobre quin \u00e9s el millor model. Els ratolins s\u00f3n un model no hum\u00e0<\/strong>, i moltes vegades quan repeteixes els experiments et poden donar un altre resultat<\/strong> perqu\u00e8 hi ha diferencies entre esp\u00e8cies<\/strong> i entre animals d\u2019una mateixa esp\u00e8cie. Les regles GLP (good laboratory practices) garanteixen, en teoria, la major qualitat que podem tenir; per\u00f2 tot i aix\u00ed, els m\u00e8todes animals no son la panacea. Moltes d\u2019aquestes proves es consideren el \u201cgold standard\u201d, per\u00f2 sabem que no s\u00f3n infalibles i que hi ha estrat\u00e8gies que poden ser m\u00e9s segures.<\/p>\n

Per\u00f2, per ara, tampoc es pot prescindir de l\u2019experimentaci\u00f3 animal<\/a>… Els organismes reguladors tenen una actitud oberta a noves estrat\u00e8gies que siguin millors que les que hi ha avui en dia, sempre que siguem capa\u00e7os de demostrar-ho. Els animalistes cada any recullen firmes per prohibir l\u2019experimentaci\u00f3 animal, per\u00f2 actualment \u00e9s una utopia, no es pot fer. La gent ha de ser conscient que prohibir taxativament totes les proves animals no \u00e9s justificable, els pacients acabarien sent els primers sers vius en provar els f\u00e0rmacs, i aix\u00f2 no seria \u00e8tic. Hi ha esperances que en un per\u00edode de temps es puguin substituir m\u00e8todes in vivo<\/em> per in vitro<\/em>, junt amb in silico.<\/strong><\/em> Per\u00f2 no et puc dir una data de quan passar\u00e0; 10 anys, 20 anys… Per\u00f2 no abans! Impossible. Avui en dia no hi ha nada amb el que puguem reempla\u00e7ar alguns tipus de proves in vivo<\/em>.<\/p>\n

 <\/p>\n

\"\"<\/p>\n

\u00abEls organismes reguladors tenen una actitud oberta a noves estrat\u00e8gies (per assegurar la seguretat de f\u00e0rmacs) que siguin millors que les que hi ha avui en dia, com l’experimentaci\u00f3 animal, sempre que siguem capa\u00e7os de demostrar la seva viabilitat\u00bb<\/p><\/blockquote>\n

 <\/p>\n

Tot i aix\u00ed, \u00e9s cert que estem vivint un canvi de paradigma<\/strong>. S\u2019est\u00e0 comen\u00e7ant a reempla\u00e7ar aquestes proves amb animals per altres m\u00e8todes. Aquest projecte ha tingut la fortuna de desenvolupar-se durant aquest canvi. Podem aplicar els models predictius que estem desenvolupant a eTOX per intentar fer aproximacions que poden ser m\u00e9s segures que les que es fan \u00fanicament amb animals. En aquest i altres projectes estem col\u00b7laborant directament amb els reguladors, com la European Medicines Agency (EMA)<\/a>\u00a0i l’Ag\u00e8ncia Europea de Productes Qu\u00edmics (ECHA)<\/a>, per estudiar com aquests nous m\u00e8todes poden donar lloc a una avaluaci\u00f3 de la toxicitat molt m\u00e9s segura.<\/p>\n

 <\/p>\n

La plataforma eTOXsys\u00a0ser\u00e0 p\u00fablica?<\/strong><\/p>\n

\u00c9s un tema bastant delicat perqu\u00e8 la base de dades ha sigut constru\u00efda amb dades internes de les farmac\u00e8utiques<\/strong>. Jo crec que aix\u00f2 ja ha sigut un pas de gegant, en el sentit que una farmac\u00e8utica ha deixat veure el que ha fet a una altra farmac\u00e8utica, i aix\u00f2 ha costat molt. Ells tenen una cultura de tenir una cura exquisida de la seva propietat intel\u00b7lectual<\/strong>, molt comprensible perqu\u00e8 hi han invertit molts diners. Cada farmac\u00e8utica tenia una mena de fortalesa per protegir les seves dades i no les compartien amb ning\u00fa. El fet de que per primer cop una farmac\u00e8utica comparteixi dades amb una altra \u00e9s un \u00e8xit i forma part d\u2019aquesta cultura de col\u00b7laboraci\u00f3 pre-competitiva<\/strong>. Aquest primer pas \u00e9s important, el compartir.<\/p>\n

Per\u00f2 aquest projecte va comen\u00e7ar fa temps i durant aquest temps ha crescut la necessitat i demanda social<\/strong> de que les dades<\/strong> que es generen siguin cada cop m\u00e9s p\u00fabliques<\/strong> i que la investigaci\u00f3 cient\u00edfica<\/strong> sigui m\u00e9s transparent<\/strong>, \u00e9s quelcom que al principi no es parlava i que ara \u00e9s d\u2019import\u00e0ncia capital. Hem aconseguir conv\u00e8ncer-los de la import\u00e0ncia de crear aquesta base de dades i, de fet, una part dels compostos i models (el que anomenem eTOXsys sampler) \u00e9s p\u00fablica.<\/p>\n

 <\/p>\n

Quines s\u00f3n les dades dels compostos que s\u2019han fet p\u00fabliques?<\/strong><\/p>\n

El m\u00e9s privat de la base de dades no s\u00f3n els resultats de la toxicitat sin\u00f3 les estructures<\/strong> que s\u00f3n molt confidencials<\/strong> perqu\u00e8 s\u00f3n compostos amb potencial valor comercial<\/strong>. La part p\u00fablica sobretot cont\u00e9 medicaments ja en el mercat o compostos coneguts que no han sortit al mercat per la seva toxicitat.<\/p>\n

L\u2019honest broker<\/em><\/strong> \u00e9s la figura del projecte que emmagatzema les dades i proporciona acc\u00e9s a aquestes depenent dels permisos que tinguis per accedir. Aquesta figura \u00e9s la encarregada de gestionar l\u2019acc\u00e9s<\/strong> i est\u00e0 lligada per contracte a no deixar veure les dades a ning\u00fa que no tingui el perm\u00eds necessari.<\/p>\n

 <\/p>\n