{"id":50200,"date":"2025-12-12T10:17:47","date_gmt":"2025-12-12T09:17:47","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=50200"},"modified":"2025-12-12T10:18:11","modified_gmt":"2025-12-12T09:18:11","slug":"limbnet-una-plataforma-oberta-per-visualitzar-el-desenvolupament-dextremitats","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/limbnet-una-plataforma-oberta-per-visualitzar-el-desenvolupament-dextremitats\/","title":{"rendered":"LimbNET, una plataforma oberta per visualitzar el desenvolupament d’extremitats"},"content":{"rendered":"\n

LimbNET<\/strong><\/a> \u00e9s una nova plataforma en l\u00ednia d’acc\u00e9s obert <\/strong>desenvolupada per investigadors al Laboratori Europeu de Biologia Molecular \u2013 Barcelona (EMBL Barcelona)<\/a> que permetr\u00e0 als cient\u00edfics i cient\u00edfiques simular i explorar com els gens coreografien el desenvolupament de les extremitats<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n

La plataforma est\u00e0 formada per \u00abMorphopel\u00b7l\u00edcules\u00bb<\/strong>: v\u00eddeos que mostren l‘<\/a>evoluci\u00f3 espaciotemporal dels patrons d’expressi\u00f3 g\u00e8nica en 2D<\/a> durant la formaci\u00f3 de les extremitats del ratol\u00ed.<\/p>\n\n\n\n

El personal cient\u00edfic pot visualitzar morfopel\u00b7l\u00edcules moleculars existents, crear-ne de noves a partir de dades d’imatge, per exemple obtingudes d’experiments de muntatge complet in situ <\/em>(\u00abwhole-mount in situ\u00bb)<\/em>, o simular models computacionals d’interaccions espaciotemporals entre diferents gens.<\/p>\n\n\n\n

A difer\u00e8ncia de les publicacions est\u00e0tiques tradicionals, LimbNET<\/a> permet crear models interactius i din\u00e0mics <\/strong>que es poden explorar, provar i ampliar perqu\u00e8 els investigadors i investigadores puguin comparar hip\u00f2tesis. Aquest canvi promou la transpar\u00e8ncia, la reproducibilitat i la construcci\u00f3 col\u00b7laborativa de coneixement<\/strong> en la comunitat de desenvolupament d’extremitats.<\/p>\n\n\n\n

La plataforma<\/a> funciona en un navegador<\/strong>, no requereix instal\u00b7laci\u00f3, i \u00e9s accessible <\/strong>fins i tot per als qui tenen poca experi\u00e8ncia en modelatge. Aix\u00f2 redueix les barreres per a la col\u00b7laboraci\u00f3 interdisciplinar<\/strong>, especialment entre personal investigador experimental i computacional.<\/p>\n\n\n\n

En \u00faltima inst\u00e0ncia, s’espera que LimbNET<\/a> democratitzi l’acc\u00e9s a eines de modelatge<\/strong>, fomenti el di\u00e0leg comunitari i doni suport a l’evoluci\u00f3 dels models de desenvolupament de les extremitats a mesura que sorgeixin noves dades.<\/p>\n\n\n\n

Antoni Matyjaszkiewicz <\/strong>i James Sharpe<\/a><\/strong> acaben de publicar un article<\/a> sobre la plataforma. En parlem amb Sharpe, director d’EMBL Barcelona i l\u00edder de la iniciativa.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n
\n\n\n\n
<\/div>\n\n\n\n

D’on va sorgir la idea de LimbNET?<\/strong><\/strong><\/h2>\n\n\n\n

El nostre laboratori ha estat creant simulacions per ordinador del desenvolupament d’extremitats<\/strong> durant m\u00e9s d’una d\u00e8cada, per\u00f2 el nostre programari nom\u00e9s era utilitzable pel nostre grup i per aquells amb cert nivell d’experi\u00e8ncia en models matem\u00e0tics. La idea de LimbNET<\/a> va sorgir en adonar-nos que ens agradaria fomentar que la comunitat experimental pugui accedir i utilitzar els models per ordinador per ajudar a la seva propia recerca<\/strong>. Per aix\u00f2, vam concebre una plataforma de modelatge inform\u00e0tic que requer\u00eds coneixements matem\u00e0tics m\u00ednims i que fos accessible des d’un navegador normal, sense necessitat d’instal\u00b7lar cap programari especialitzat.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Qui gestiona la plataforma i qui pot afegir noves dades?<\/strong><\/strong><\/h2>\n\n\n\n

De moment, la plataforma<\/a> ser\u00e0 mantinguda pel nostre laboratori<\/a>. Si altres grups volen unir-se i ajudar amb el manteniment, estar\u00edem encantats de rebre aquest suport extra.<\/p>\n\n\n\n

Qualsevol persona<\/strong> en el m\u00f3n interessada en el desenvolupament d’extremitats pot tenir un compte en el sistema i afegir-hi noves dades<\/strong> (per exemple, patrons d’expressi\u00f3 g\u00e8nica) o noves hip\u00f2tesis o idees<\/strong>, en forma de models matem\u00e0tics. Per\u00f2 igualment important, els investigadors i investigadores poden fer servir el sistema sense afegir dades noves<\/strong> pr\u00f2pies: poden simplement accedir als models que ja existeixen, re-executar-los, explorar-los, canviar par\u00e0metres i veure com aix\u00f2 afecta les prediccions dels models.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n
<\/div>\n\n\n\n

Totes les dades de la plataforma estan pr\u00e8viament publicades?<\/strong><\/strong><\/h2>\n\n\n\n

El sistema allotja tant dades publicades com no publicades<\/strong>. Cada persona usu\u00e0ria t\u00e9 el seu espai privat, on pot pujar i explorar les seves pr\u00f2pies dades i models sense fer-les p\u00fabliques. Qualsevol usuari pot llavors fer p\u00fabliques les seves dades o models quan estigui llest, ja sigui abans o despr\u00e9s de publicar-les.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Qu\u00e8 fa especial a LimbNET?<\/strong><\/strong><\/h2>\n\n\n\n

No coneixem cap altra plataforma amb les caracter\u00edstiques d’aquest sistema. La caracter\u00edstica \u00fanica \u00e9s l‘enfocament dual tant a la part de les dades <\/strong>(digitalitzaci\u00f3, curaci\u00f3 i mapatge en traject\u00f2ries din\u00e0miques) com a la part de modelatge <\/strong>(definint models matem\u00e0tics, per\u00f2 tamb\u00e9 els solucionadors num\u00e8rics per simular els models).<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Com ha reaccionat la comunitat fins ara?<\/strong><\/strong><\/h2>\n\n\n\n

Dins de la comunitat cient\u00edfica de desenvolupament d’extremitats, construir models inform\u00e0tics encara no \u00e9s una activitat habitual. El nostre propi laboratori ha publicat alguns models, per\u00f2 l’objectiu de LimbNET<\/a> \u00e9s ajudar tota la comunitat a ampliar la gamma de models disponibles. Esperem que hi hagi un efecte de retroalimentaci\u00f3 positiva: com m\u00e9s models existeixin, m\u00e9s valu\u00f3s ser\u00e0 aquest enfocament per a la comunitat experimental<\/strong>, i aix\u00f2 fomentar\u00e0 un major comprom\u00eds amb el modelatge.<\/p>\n\n\n\n

\u00c9s important destacar que el valor dels models <\/strong>ser\u00e0 m\u00e9s clar quan aquests serveixin per suggerir experiments nous i espec\u00edfics<\/strong>; hi ha d’ haver una interacci\u00f3 fluida de retroalimentaci\u00f3 entre experiments i models, a nivell de la comunitat, i no nom\u00e9s a nivell de laboratoris individuals.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Dins de la comunitat de desenvolupament d’ extremitats, construir models inform\u00e0tics encara no \u00e9s una activitat habitual. Amb LimbNET esperem ajudar a ampliar la gamma de models disponibles<\/em><\/em><\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

En cert sentit, LimbNET<\/a> \u00e9s en si mateix un gran experiment. Per\u00f2 som molt optimistes que en els propers 2-3 anys pugui comen\u00e7ar a tenir un impacte positiu i \u00fanic en el camp del desenvolupament d’extremitats.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Una nova plataforma d’acc\u00e9s obert per a la comunitat investigadora en desenvolupament d’extremitats, creada per cient\u00edfics d’EMBL Barcelona, vol tancar la bretxa entre els experiments i els models matem\u00e0tics.<\/p>\n","protected":false},"author":6,"featured_media":49262,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[26],"tags":[550,277,279],"new-type":[35],"class_list":["post-50200","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-recerca","tag-acces-obert","tag-desenvolupament","tag-embl-barcelona-ca","new-type-noticies"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/50200","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/users\/6"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=50200"}],"version-history":[{"count":9,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/50200\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":50209,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/50200\/revisions\/50209"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media\/49262"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=50200"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=50200"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=50200"},{"taxonomy":"new-type","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/new-type?post=50200"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}