{"id":49569,"date":"2025-11-05T12:09:17","date_gmt":"2025-11-05T11:09:17","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=49569"},"modified":"2025-11-05T12:09:18","modified_gmt":"2025-11-05T11:09:18","slug":"unes-170-persones-es-troben-al-prbb-pels-25-anys-de-bioconductor","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/unes-170-persones-es-troben-al-prbb-pels-25-anys-de-bioconductor\/","title":{"rendered":"Unes 170 persones es troben al PRBB pels 25 anys de Bioconductor"},"content":{"rendered":"\n

Els passats 17, 18 i 19 de setembre es va celebrar al PRBB la 19a edici\u00f3 de la Confer\u00e8ncia Europea de Bioconductor<\/a> (EuroBioC 2025). Bioconductor<\/a> \u00e9s un projecte internacional i col\u00b7laboratiu que vol desenvolupar i disseminar un programari de codi obert i gratu\u00eft<\/strong> que faciliti una an\u00e0lisi<\/strong> rigorosa i reprodu\u00efble de les dades<\/strong> produ\u00efdes per tecnologies actuals i emergents en el camp de la biologia<\/strong>.  <\/p>\n\n\n\n

\u201cAquesta missi\u00f3 es duu a terme gr\u00e0cies a un esfor\u00e7 sostingut per construir una comunitat diversa, col\u00b7laborativa i acollidora de persones usu\u00e0ries<\/a>, desenvolupadores i cient\u00edfiques de dades\u201d, explica Robert Castelo, investigador al Departament de Medicina i Ci\u00e8ncies de la vida, Universitat Pompeu Fabra (MELIS-UPF)<\/a>, membre de la comunitat de Bioconductor i co-organitzador d\u2019aquesta trobada al PRBB. <\/p>\n\n\n\n

Bioconductor<\/a> celebra tres trobades anuals, una a Am\u00e8rica, una a \u00c0sia, i una a Europa. Amb uns 170 participants inscrits de 24 pa\u00efsos diferents, aquesta va ser la primera vegada que se celebrava a Espanya. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u00abEl haver celebrat EuroBioC2025 a Barcelona ha facilitat que la comunitat bioinform\u00e0tica local hagi tingut l’oportunitat d’escoltar i interaccionar directament amb un nombre important de desenvolupadors i membres del consell assessor t\u00e8cnic de Bioconductor, un dels projectes de programari de codi-obert m\u00e9s \u00e0mpliament adoptats en la ci\u00e8ncia de dades biol\u00f2giques\u00bb<\/em> 
Robert Castelo<\/em><\/strong>, MELIS-UPF\u202f\u202f<\/em> <\/p>

<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Parlem amb Robert Castelo<\/strong> (MELIS-UPF) i Juan Ram\u00f3n Gonz\u00e1lez<\/strong> (Institut de Salut Global de Barcelona (ISGlobal)<\/a>), co-organitzadors de la confer\u00e8ncia, sobre com va anar l\u2019acte i de la iniciativa de Bioconductor<\/a>, que enguany fa 25 anys. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n
\"\"
Robert Castelo (MELIS-UPF) i Juan Ram\u00f3n Gonz\u00e1lez (ISGlobal) van co-organitzar la trobada de Bioconductor al PRBB.<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n
<\/div>\n\n\n\n
\n\n\n\n

Com funciona Bioconductor i qu\u00e8 el fa especial?<\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

El programari de Bioconductor funciona a sobre de R<\/a>, un programari tamb\u00e9 de codi obert i gratu\u00eft<\/a> per l’an\u00e0lisi i l’exploraci\u00f3 de dades mitjan\u00e7ant m\u00e8todes estad\u00edstics i computacionals<\/strong>. Una de les caracter\u00edstiques principals de R \u00e9s la seva facilitat per ampliar la seva funcionalitat a trav\u00e9s dels anomenats \u00abpaquets de R\u00bb, que qualsevol persona amb uns m\u00ednims coneixements de programaci\u00f3 pot contribuir<\/strong> i posar a disposici\u00f3 de tots els usuaris a trav\u00e9s repositoris estandarditzats com CRAN<\/a> o GitHub<\/a>. Bioconductor funciona com un altre repositori addicional, que posa a disposici\u00f3 dels usuaris m\u00e9s de 2.000 paquets<\/strong> de R contribu\u00efts per la comunitat per analitzar dades biol\u00f2giques.  <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u00c9s a dir, que qualsevol persona pot pujar un nou \u201cpaquet\u201d o programa a Bioconductor?<\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

S\u00ed, aquesta caracter\u00edstica \u00e9s crucial per entendre l’\u00e0mplia adopci\u00f3 de R i Bioconductor<\/strong>, ja que permet la transici\u00f3 d’usuari a desenvolupador. Sovint, un investigador expert en una \u00e0rea de coneixement, comen\u00e7a utilitzant el programari de Bioconductor com a usuari, se li acut una idea per millorar el programari o afegir funcionalitat, i acaba contribuint un paquet i convertint-se en desenvolupador. Per tal de facilitar aquesta transici\u00f3, \u00e9s molt important que la comunitat sigui diversa<\/a> i tothom se senti benvingut a col\u00b7laborar<\/strong>, i \u00e9s per aix\u00f2 que Bioconductor demana a tothom que vulgui participar que s’adhereixi a un codi de conducta disponible en m\u00faltiples lleng\u00fces<\/a>. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Quina mena d\u2019an\u00e0lisis es poden fer amb els paquets de Bioconductor?<\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

Exemples dels tipus d’an\u00e0lisi de dades biol\u00f2giques que es solen fer amb paquets de Bioconductor s\u00f3n l‘an\u00e0lisi d’expressi\u00f3 diferencial de tr\u00e0nscripts<\/strong> a partir de dades de seq\u00fcenciaci\u00f3 massiva de l\u2019ARN, l’exploraci\u00f3 i control de qualitat d\u2019aquestes dades de seq\u00fcenciaci\u00f3 massiva de l\u2019ARN<\/strong> en c\u00e8l\u00b7lules individuals, la identificaci\u00f3 de dominis d’expressi\u00f3 en dades de transcript\u00f2mica resoltes a resoluci\u00f3 espacial, l’an\u00e0lisi d’abund\u00e0ncia diferencial de p\u00e8ptids a partir de dades de prote\u00f2mica produ\u00efdes per espectrometria de masses, o l’an\u00e0lisi computacional de la funci\u00f3 biol\u00f2gica de gens i prote\u00efnes \u2013 entre molts d\u2019altres! <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Sembla molt \u00fatil i vers\u00e0til; quanta gent fa servir Bioconductor?<\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

Com que el programari de Bioconductor est\u00e0 disponible de forma oberta i gratu\u00efta sense necessitat de fer cap inscripci\u00f3<\/a><\/strong> per utilitzar-lo, no \u00e9s f\u00e0cil esbrinar quanta gent el fa servir. Algunes mesures indirectes d’aquest \u00fas poden ser el nombre de desc\u00e0rregues dels paquets de Bioconductor, que l’any 2024 van ser m\u00e9s de 50 millions<\/a>, o el nombre de cites als articles que descriuen el funcionament dels paquets en revistes cient\u00edfiques. Per exemple, alguns dels paquets m\u00e9s utilitzats acumulen de l’ordre de desenes de milers de cites a Google Scholar. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n
\"\"<\/figure><\/div>\n\n\n\n
<\/div>\n\n\n\n

Quins van ser els principals temes que es van tractar durant la trobada al PRBB? <\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

Com les possibilitats dels paquets de Bioconductor s\u00f3n ampl\u00edssimes, hi va a ver una gran varietat de continguts inclosos en el congr\u00e9s. Alguns dels temes m\u00e9s rellevants van ser al voltant de com analitzar les dades en l’\u00e0mbit de la transcript\u00f2mica espacial<\/strong>, o les dades provinents de prote\u00f2mica d’una sola c\u00e8l\u00b7lula<\/a> <\/strong>(single-cell proteomics<\/em>), aix\u00ed com de tecnologies gen\u00f2miques <\/strong>que quantifiquen mol\u00e8cules individuals <\/strong>(single-molecule genomics<\/em>). Tamb\u00e9 es va tractar, per exemple, la integraci\u00f3 de dades multi-\u00f2miques, o la interoperabilitat <\/strong>entre el programari de Bioconductor i el programari desenvolupat en Python – un altre llenguatge de programaci\u00f3 molt com\u00fa. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u201cAcollir aqu\u00ed la confer\u00e8ncia Bioconductor ha estat una oportunitat \u00fanica per connectar la comunitat internacional de cient\u00edfics de dades i bioinform\u00e0tics amb investigadors locals. Des d’ISGlobal, veiem aix\u00f2 com un pas clau per enfortir la ci\u00e8ncia oberta, la reproductibilitat i els enfocaments col\u00b7laboratius en la recerca sanit\u00e0ria, valors que s\u00f3n fonamentals per a la nostra missi\u00f3\u201d<\/em> 
Juan Ram\u00f3n Gonz\u00e1lez<\/em><\/strong>, ISGlobal\u202f\u202f<\/em> <\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Qu\u00e8 destacarieu d\u2019aquest congr\u00e8s de Bioconductor?<\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

El keynote que va obrir el congr\u00e9s va anar a c\u00e0rrec de Vince Carey<\/strong>, catedr\u00e0tic a la Universitat de Harvard i m\u00e0xim responsable actual del projecte Bioconductor, qui va fer un rep\u00e0s dels 25 anys de vida de Bioconductor<\/strong>.  <\/p>\n\n\n\n

Tamb\u00e9 ens agradaria destacar que, a banda de les xerrades convidades, xerrades curtes i p\u00f2sters t\u00edpics de la majoria de congresos, vam organitzar diferents sessions interactives<\/a>: <\/p>\n\n\n\n