{"id":41126,"date":"2024-03-19T15:41:36","date_gmt":"2024-03-19T14:41:36","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=41126"},"modified":"2024-04-09T12:14:08","modified_gmt":"2024-04-09T10:14:08","slug":"una-collaboracio-entre-dos-grups-del-prbb-desmonta-una-assumpcio-erronia-sobre-els-virus","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/una-collaboracio-entre-dos-grups-del-prbb-desmonta-una-assumpcio-erronia-sobre-els-virus\/","title":{"rendered":"Una col\u00b7laboraci\u00f3 entre dos grups del PRBB desmonta una assumpci\u00f3 err\u00f2nia sobre els virus"},"content":{"rendered":"\n

El grup dirigit per la Juana Diez<\/a> al Departament de Medicina i Ci\u00e8ncies de la vida, Universitat Pompeu Fabra (MELIS-UPF)<\/a> estudia la biologia dels virus<\/a><\/strong> pat\u00f2gens: com entren a les c\u00e8l\u00b7lules i n\u2019agafen les regnes, o com interactuen amb l’hoste infectat. <\/p>\n\n\n\n

L\u2019Eva Novoa<\/a> i el seu grup al Centre de Regulaci\u00f3 Gen\u00f2mica (CRG)<\/a> s\u00f3n expertes en modificacions de l\u2019ARN<\/strong>.  <\/p>\n\n\n\n

\u201cJa fa uns anys que hi ha un boom <\/em>sobre les modificacions de l\u2019ARN i la seva import\u00e0ncia<\/a> clau en molts processos biol\u00f2gics\u201d, explica Novoa. \u201cActualment, i degut entre d\u2019altres a la pand\u00e8mia de la Covid19, hi ha un altre gran boom <\/em>sobre els virus d\u2019ARN. Aix\u00ed que entendre les modificacions de l\u2019ARN en els virus \u00e9s ara mateix un tema de molt\u00edssim inter\u00e8s<\/a><\/strong>\u201d, explica Novoa. <\/p>\n\n\n\n

Aix\u00ed s\u2019explica la col\u00b7laboraci\u00f3 dels dos grups<\/strong>, i com van comen\u00e7ar a estudiar aquestes modificacions \u2013 per descobrir, per la seva sorpresa, que la m\u00e9s ben descrita, de fet, no es donava.  <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u201cEstar en un lloc com el PRBB, on hi ha molts laboratoris experts en diferents temes, ens ha facilitat molt aquesta col\u00b7laboraci\u00f3\u201d<\/em> 
Juana D\u00edez<\/em><\/strong> <\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Re-escriure la hist\u00f2ria<\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

Ja fa uns 8 anys que es va publicar que els virus d\u2019ARN citoplasm\u00e0tics<\/strong>, com el dengue o el chikungunya, tenien modificacions epitranscript\u00f2miques al seu ARN. \u201cDos grups van mostrar a diversos articles com es donava la modificaci\u00f3 m6A en aquests virus<\/strong>. Aquests articles han tingut molt\u00edssimes cites, i en els anys posteriors s\u2019han invertit molts diners<\/strong> per estudiar aquesta i altres modificacions citoplasm\u00e0tiques d\u2019aquests virus\u201d, explica D\u00edez. La pregunta sense resposta<\/strong> era com podien oc\u00f3rrer aquestes modificacions, quan aquests virus citoplasm\u00e0tics no van mai al nucli, que \u00e9s on hi ha la maquin\u00e0ria per fer-les? <\/p>\n\n\n\n

Aix\u00f2 es preguntaven els dos equips quan van comen\u00e7ar a estudiar m\u00e9s en detall aquestes modificacions. \u201cVam comen\u00e7ar el projecte buscant la modificaci\u00f3 m6A, assumint, com tothom, que existia\u201d, diu la vir\u00f2loga. Utilitzant com a model el virus del chikungunya, que s\u2019expressa a uns nivells molt elevats, van repetir la t\u00e8cnica<\/strong> que havia estat utilitzada en els articles originals, basada en un antic\u00f2s que reconeix la modificaci\u00f3 de l\u2019ARN que buscaven. <\/p>\n\n\n\n

\u201cLa\u00a0Belinda Baquero, postdoc, i la Mireia Puig, estudiant de doctorat, van repetir aquests experiments, per\u00f2 afegint uns controls que consider\u00e0vem essencials; per la nostra sorpresa, no vam veure les modificacions<\/strong>\u201d, recorda D\u00edez.\u00a0\u00a0<\/p>\n\n\n\n

El seg\u00fcent pas <\/strong>va ser utilitzar el sistema Nanopore<\/strong> que tenia a punt l\u2019equip de Novoa<\/a>. En aquest cas, tamb\u00e9 van utilitzar els controls necessaris, amb el tr\u00e0nscript sint\u00e8tic de tot l\u2019ARN viral. De nou, el resultat va ser negatiu. <\/p>\n\n\n\n

Aleshores van decidir provar un tercer m\u00e8tode, <\/strong>m\u00e9s sensible, anomenat Select.<\/strong> Aquest permet mirar de forma espec\u00edfica una posici\u00f3 concreta de l\u2019ARN; per\u00f2 tampoc aqu\u00ed van veure la modificaci\u00f3 descrita. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Fent servir tres m\u00e8todes diferents, i amb molts controls positius i negatius, els laboratoris no van observar la modificaci\u00f3 de l\u2019ARN.<\/em> <\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

La conclusi\u00f3 <\/strong>era clara: la modificaci\u00f3 m6A no tenia lloc en aquest virus d\u2019ARN<\/strong>. \u201cLa t\u00e8cnica utilitzada inicialment, amb els anticossos, dona molt de soroll de fons… I a vegades s\u00ed que sembla que pots veure alguna cosa si baixes prou el llindar, si consideres que es donen a nivells molt baixos, per\u00f2 la pregunta \u00e9s, \u00e9s reprodu\u00efble<\/a>?\u201d, pregunta Novoa. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Nedar contra corrent<\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

\u201c\u00d2bviament, \u00e9s molt m\u00e9s dif\u00edcil demostrar que una cosa \u2018no existeix\u2019 que no pas que existeix<\/strong>. Per\u00f2 hem fet molts controls, hem mirat tres m\u00e8todes diferents… n\u2019estem molt segures que aquesta modificaci\u00f3 m6A no es dona\u201d, explica D\u00edez. \u201cAquest estudi demostra la gran import\u00e0ncia que t\u00e9 utilitzar m\u00e8todes ortogonals, mirar les coses de moltes formes diferents, i fer servir controls exhaustius<\/strong>\u201d, afegeix. Novoa hi est\u00e0 d\u2019acord: \u201cUn article recent sobre modificacions de l\u2019ARN – res a veure amb virus- mencionava precisament que, sobretot en aquest camp que ara se li est\u00e0 donant molta import\u00e0ncia, cal anar amb compte amb els falsos positius…. \u00c9s molt f\u00e0cil quan es veu una cosa assumir r\u00e0pidament que \u00e9s real, perqu\u00e8 \u00e9s el que t\u2019esperes<\/strong>. Per\u00f2 cal utilitzar controls bons, en aquest cas d\u2019ARN sint\u00e8tics, per a demostrar que el que detectes \u00e9s cert\u201d. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u201c\u00c9s molt f\u00e0cil quan es veu una cosa, assumir r\u00e0pidament que \u00e9s real, perqu\u00e8 \u00e9s el que t\u2019esperes… \u00e9s important mirar les coses de formes diferents i amb bons controls\u201d<\/em> 
Eva Novoa<\/em><\/strong>, CRG<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

A la pregunta de si els ha costat publicar<\/a> un resultat tan contradictori amb el que es creia fins ara, les dues responen que els revisors de l\u2019article de seguida han vist clar que era un estudi molt necessari<\/strong>. \u201cJa feia temps que es respirava en el camp un ambient de dubtes respecte a aquesta troballa… Tot i que no el suficient per no continuar invertint-t’hi!\u201d, diu D\u00edez. <\/p>\n\n\n\n

Tot i aix\u00ed el proc\u00e9s ha estat dur. \u201cAl principi <\/strong>dubtes dels teus propis m\u00e8todes i t\u00e8cniques. Et preguntes qu\u00e8 est\u00e0s fent malament, perqu\u00e8 el m\u00e8tode no est\u00e0 funcionant b\u00e9<\/strong>… Per\u00f2 al final hem fet un estudi fort, amb molts controls i m\u00e8todes complementaris, que ens ha perm\u00e8s aclarir el panorama epitranscript\u00f2mic dels virus citoplasm\u00e0tics\u201d, conclou Novoa. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Els grups de Juana D\u00edez (MELIS-UPF) i Eva Novoa (CRG) han corregit una assumpci\u00f3 err\u00f2nia sobre els virus que era \u00e0mpliament acceptada des de fa quasi una d\u00e8cada. <\/p>\n","protected":false},"author":6,"featured_media":41323,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[26],"tags":[555,434,265,273,475],"new-type":[35],"class_list":["post-41126","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-recerca","tag-arn","tag-bones-practiques-cientifiques","tag-crg-ca","tag-melis-upf-ca","tag-virus-ca","new-type-noticies"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/41126","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/users\/6"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=41126"}],"version-history":[{"count":13,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/41126\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":41805,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/41126\/revisions\/41805"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media\/41323"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=41126"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=41126"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=41126"},{"taxonomy":"new-type","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/new-type?post=41126"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}