{"id":40794,"date":"2024-04-02T11:15:15","date_gmt":"2024-04-02T09:15:15","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=40794"},"modified":"2024-04-02T11:15:24","modified_gmt":"2024-04-02T09:15:24","slug":"un-mapa-per-entendre-la-biodiversitat-cellular","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/un-mapa-per-entendre-la-biodiversitat-cellular\/","title":{"rendered":"Un mapa per entendre la biodiversitat cel\u00b7lular"},"content":{"rendered":"\n

\u00c9s possible con\u00e8ixer la identitat d\u2019una c\u00e8l\u00b7lula, aprendre sobre el seu funcionament, sabent quins gens s\u2019hi expressen? Aquest seria l\u2019objectiu del projecte Biodiversity Cell Atlas<\/strong> (Atles de Biodiversitat Cel\u00b7lular), per\u00f2 no nom\u00e9s d\u2019una c\u00e8l\u00b7lula sin\u00f3 de tots els tipus diferents que tenen els \u00e9ssers vius.  <\/p>\n\n\n\n

Aquest projecte, ideat arran d\u2019una trobada d\u2019experts organitzada al Centre de Regulaci\u00f3 Gen\u00f2mica (CRG)<\/a> al maig de 2023, proposa fer un mapa de tots els tipus cel\u00b7lulars de diferents esp\u00e8cies<\/strong>; \u00e9s a dir, un atles de biodiversitat cel\u00b7lular <\/a>que aporti coneixement en termes d\u2019evoluci\u00f3, aplicacions industrials, ter\u00e0pies avan\u00e7ades, sistemes biol\u00f2gics sint\u00e8tics, estrat\u00e8gies de conservaci\u00f3 o simplement entendre millor el funcionament cel\u00b7lular. <\/p>\n\n\n\n

El plantejament \u00e9s tan ambici\u00f3s com el projecte Genoma Hum\u00e0<\/strong> o l\u2019Atles de C\u00e8l\u00b7lules Humanes<\/strong>. I \u00e9s que, unificant tots els coneixements de les c\u00e8l\u00b7lules, serem capa\u00e7os d\u2019entendre millor la diversitat i l\u2019evoluci\u00f3 de la vida.  <\/p>\n\n\n\n

Tot i aix\u00f2, l\u2019Atles de Biodiversitat Cel\u00b7lular s\u2019enfronta a diferents reptes<\/strong>:  <\/p>\n\n\n\n

  1. d\u2019una banda, com unificar o estandarditzar els m\u00e8todes emprats per comparar els diferents tipus cel\u00b7lulars, ja que no hi ha un sol m\u00e8tode que funcioni per a totes les c\u00e8l\u00b7lules de tots els organismes;  <\/li><\/ol>\n\n\n\n
    1. i de l\u2019altra, com processar i emmagatzemar tot el conjunt de dades obtingudes, a m\u00e9s de fer-les accessibles per a tota la comunitat cient\u00edfica.  <\/li><\/ol>\n\n\n\n

      Per aix\u00f2 el grup d\u2019investigaci\u00f3 d\u2019Arnau Seb\u00e9 Pedr\u00f3s<\/strong>, del CRG, amb seu al Parc de Recerca Biom\u00e8dica de Barcelona (PRBB)<\/a>, ha rebut una beca de 3,8 milions de d\u00f2lars de la Fundaci\u00f3 Gordon & Betty Moore <\/strong>per fer el treball preliminar que desenvolupi i posi en marxa les t\u00e8cniques per crear l\u2019atles<\/a>. Ho faran en col\u00b7laboraci\u00f3 amb equips a Oxford, Norwich, Chicago, i Heidelberg (Alemanya). <\/p>\n\n\n\n

      Parlem amb Seb\u00e9-Pedr\u00f3s sobre els reptes que aix\u00f2 suposa i qu\u00e8 significa aquest gran projecte, per al qual la col\u00b7laboraci\u00f3 entre la comunitat cient\u00edfica resultar\u00e0 vital. <\/p>\n\n\n\n

      <\/div>\n\n\n\n

      Quin \u00e9s l’objectiu principal del projecte Biodiversity Cell Atlas i perqu\u00e8 vau decidir endegar aquest projecte?<\/strong> <\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

      B\u00e9, de fet ara mateix aquest atles \u00e9s nom\u00e9s una proposta, no hi ha finan\u00e7ament per fer-lo encara… Per\u00f2 la idea va sorgir arran d\u2019una trobada que vaig organitzar aqu\u00ed al PRBB l\u2019any passat, recolzada pel Welcome Trust<\/strong>, on ens vam trobar moltes persones que treballem en c\u00e8l\u00b7lules \u00faniques en organismes no model<\/strong>. Vam comen\u00e7ar a discutir que seria una bona idea crear aquest atles, perqu\u00e8 som una comunitat creixent \u2013 ara mateix, potser entre 20 i 40 grups arreu del m\u00f3n que fem aquests atles cel\u00b7lulars de transcript\u00f2mica – i fins ara cadasc\u00fa ho anava fent a la seva manera, per\u00f2 no hi havia uns est\u00e0ndards, \u00e9s dif\u00edcil la comparaci\u00f3 entre diferents casos. Tamb\u00e9 vol\u00edem estimular f\u00f2rums de discussi\u00f3 <\/strong>sobre m\u00e8todes, interpretaci\u00f3 de les dades, etc., i construir comunitat<\/strong>. <\/p>\n\n\n\n

      Des d\u2019aleshores hem seguit treballant amb grups de treball, on ens anem reunint cada dos mesos per posar coses en com\u00fa. I ara hem aconseguit aquest finan\u00e7ament durant els propers 3 anys per fer una tasca molt concreta; posar a punt m\u00e8todes, tant experimentals com anal\u00edtics i treballar amb l\u2019EBI (European Bioinformatics Institute)<\/a> per tal que pugui ser la casa de totes les dades, eventualment.  <\/p>\n\n\n\n

      <\/div>\n\n\n\n

      Aleshores el qu\u00e8 esteu fent ara \u00e9s una mena de prova pilot?<\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

      Podr\u00edem dir-ho aix\u00ed, si. Aquest projecte hauria de ser la base per l\u2019Atles Cel\u00b7lular de la Biodiversitat, si aconseguim demostrar que aix\u00f2 t\u00e9 sentit, que \u00e9s viable, que es pot fer amb les metodologies actuals… Hem de demostrar que tenim una estrat\u00e8gia experimental i computacional i una base de dades on podr\u00edem guardar totes les dades<\/strong>.  <\/p>\n\n\n\n

      <\/div>\n\n\n\n

      Quins creus que son els principals reptes?<\/strong> <\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

      N\u2019hi ha diversos. Preparar la mostra <\/strong>\u00e9s dif\u00edcil. Per cobrir tota la biodiversitat, caldr\u00e0 recollir mostres de diferents esp\u00e8cies en el seu h\u00e0bitat natural \u2013 en alguns casos aix\u00f2 pot voler dir en una vaixell a alta mar, i una mostra que no aguanta m\u00e9s que unes hores. I a vegades pot ser que no hi hagi prou mostra. <\/p>\n\n\n\n

      Despr\u00e9s cal seq\u00fcenciar els transcrits expressats en cada c\u00e8l\u00b7lula<\/strong>, \u00e9s a dir, tots aquells gens que estan presents en forma d\u2019RNA en una c\u00e8l\u00b7lula en un moment determinat i que li confereixen una identitat pr\u00f2pia, i fer l\u2019an\u00e0lisi computacional<\/strong> per entendre a quina c\u00e8l\u00b7lula pertany cada transcrit. <\/p>\n\n\n\n

      Per\u00f2 b\u00e9, igual que s\u2019han solucionat els reptes amb els projectes de gen\u00f2mica (fins fa poc ten\u00edem desenes de genomes seq\u00fcenciats, ara tenim milers), estic segur que es podran superar amb aquest. <\/p>\n\n\n\n

      <\/div>\n\n\n\n

      I quines tecnologies caldran per aquest projecte? <\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

      Fem servir seq\u00fcenciaci\u00f3 de transcript\u00f2mica unicel\u00b7lular<\/strong> – ja fa uns 10 anys que existeix aquesta tecnologia, i s\u2019est\u00e0 fent servir cada vegada m\u00e9s. Avui dia creiem que ja \u00e9s possible, a nivell de costos i d\u2019escalabilitat, fer servir aquesta tecnologia per a projectes com aquest de gran escala. <\/p>\n\n\n\n

      Tamb\u00e9 farem transcript\u00f2mica comparada<\/strong>, \u00e9s a dir veure com fan la transcripci\u00f3 cel\u00b7lular les diferents esp\u00e8cies, quins gens expressen en cada situaci\u00f3. \u00c9s tot un repte, per\u00f2 ho veig com una oportunitat, m\u00e9s que una limitaci\u00f3. Hem de comen\u00e7ar a fer-ho, i anirem veient com superem cada dificultat. No sabem qu\u00e8 ens permetran fer aquestes dades \u2013 tenim una intu\u00efci\u00f3, per exemple que ens poden servir per entendre com funcionen els gens, com interaccionen els uns amb els altres (e.g. si al llarg de l\u2019evoluci\u00f3 aquests dos gens sempre s\u2019expressen junts, probablement fan una funci\u00f3 important junts). Tamb\u00e9 en temes de conservaci\u00f3; nosaltres per exemple estudiem com responen uns coralls sota estr\u00e8s t\u00e8rmic, com varia la seva transcripci\u00f3 en aquestes condicions, que poden modelitzar el canvi clim\u00e0tic. <\/p>\n\n\n\n

      <\/div>\n\n\n\n

      La seq\u00fcenciaci\u00f3 de transcript\u00f2mica unicel\u00b7lular ja fa uns 10 anys que existeix i creiem que ja \u00e9s possible utilitzar-la a gran escala. Hi ha reptes, per\u00f2 els veig com oportunitats, m\u00e9s que limitacions.
      Arnau Seb\u00e9 Pedr\u00f3s<\/strong>, CRG<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

      <\/div>\n\n\n\n

      Amb quins organismes esteu fent aquesta primera prova?<\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

      Comen\u00e7arem amb organismes dels que ja en sabem coses, dels que tenim dades, protocols, i que representin diferents dificultats que podrien apar\u00e8ixer, per veure com ens en sortim. Aquests inclouen organismes molt coneguts, com el cuc C. elegans<\/em> <\/a>o la mosca Drosophila<\/em><\/a>, per\u00f2 tamb\u00e9 un mol\u00b7lusc, un an\u00e8l\u00b7lid, un eri\u00e7\u00f3 de mar, una an\u00e8mona, una alga bruna, un bolet, i una hep\u00e0tica (un tipus de planta herb\u00e0cea). <\/p>\n\n\n\n

      Els requisits s\u00f3n que cal tenir acc\u00e9s a material de forma f\u00e0cil i en quantitat<\/strong>, i que hi hagi seq\u00fcenciat un genoma de qualitat.<\/strong> <\/p>\n\n\n\n

      <\/div>\n\n\n\n

      I qu\u00e8 espereu obtenir en aquests anys?<\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

      Amb aquest organismes m\u00e9s \u2018f\u00e0cils\u2019 provarem i compararem metodologies que puguin ser \u00fatils per fer atles cel\u00b7lulars en organismes no model <\/strong>per tal de crear un \u00abarbre de decisions\u00bb <\/strong>que ens ajudi en el futur a abordar noves esp\u00e8cies. Aquest \u2018arbre\u2019 consistir\u00e0 en una mena de guia per a decidir quins passos seguir per cada esp\u00e8cie<\/strong>: \u00e9s a dir, si amb la teva esp\u00e8cie escollida es donen unes determinades condicions favorables (en quant a disponibilitat, qualitat del genoma, etc.), proposem el protocol X; si les condicions no s\u00f3n tan bones, un altre protocol m\u00e9s limitat; segons quines siguin les condicions, potser no cal ni provar-ho. Tamb\u00e9 proposarem controls de qualitat<\/strong>, m\u00e8triques per saber si est\u00e0s anant per bon cam\u00ed.  <\/p>\n\n\n\n

      I sobretot, esperem que podrem mostrar que val la pena ampliar el projecte i dur a terme l\u2019Atles de la Biodiversitat Cel\u00b7lular! <\/p>\n\n\n\n

      <\/div>\n\n\n\n
      \n\n\n\n

      Article escrit en col\u00b7laboraci\u00f3 amb Diana Darriba.<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

      Arnau Seb\u00e9 Pedr\u00f3s, del CRG, ens parla de com estan treballant per sentar les bases d’un futur Atles Cel\u00b7lular de la Biodiversitat.<\/p>\n","protected":false},"author":6,"featured_media":40802,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[26],"tags":[259,269,265],"new-type":[35],"class_list":["post-40794","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-recerca","tag-biodiversitat","tag-biologia-cellular","tag-crg-ca","new-type-noticies"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/40794","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/users\/6"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=40794"}],"version-history":[{"count":10,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/40794\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":41113,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/40794\/revisions\/41113"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media\/40802"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=40794"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=40794"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=40794"},{"taxonomy":"new-type","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/new-type?post=40794"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}