{"id":38624,"date":"2023-10-23T10:16:33","date_gmt":"2023-10-23T08:16:33","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=38624"},"modified":"2023-10-23T11:58:51","modified_gmt":"2023-10-23T09:58:51","slug":"un-nou-aparell-per-fer-pcr-digitals-al-prbb","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/un-nou-aparell-per-fer-pcr-digitals-al-prbb\/","title":{"rendered":"Un nou aparell per fer PCR digitals al PRBB"},"content":{"rendered":"\n

El servei de gen\u00f2mica del Departament de Medicina i Ci\u00e8ncies de la vida, Universitat Pompeu Fabra (MELIS-UPF)<\/a> ha instal\u00b7lat aquest estiu un equip per fer PCR digitals<\/strong>, una tecnologia que fa m\u00e9s de 5 anys que existeix, per\u00f2 que ens els darrers un o dos anys ha estat en al\u00e7a. L\u2019equip ha estat cedit per Roche<\/strong> durant un per\u00edode de 6 a 12 mesos, amb la possibilitat de continu\u00eftat si hi ha prou inter\u00e8s. <\/p>\n\n\n\n

Tot va comen\u00e7ar quan el Roger Anglada<\/strong>, membre de la unitat, va visitar les instal\u00b7lacions Roche a Sant Cugat. All\u00e0 va coincidir amb la Bea Bellosillo<\/strong>, investigadora de l’Hospital del Mar Research Institute<\/a>, qui ja estava utilitzant la tecnologia de PCR digitals i volia con\u00e8ixer millor la m\u00e0quina de Roche. \u201cVam decidir presentar un projecte conjunt per poder tenir aquesta m\u00e0quina aqu\u00ed al PRBB, ja que no n\u2019hi havia cap semblant<\/strong>\u201d. I ho van aconseguir. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

PCR quantitativa <\/strong>vs <\/em><\/strong>PCR digital<\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

I qu\u00e8 \u00e9s una PCR digital? Una PCR<\/strong> – popularitzada gr\u00e0cies als tests de la Covid<\/a> – \u00e9s una tecnologia per amplificar ADN o ARN<\/strong>. En una PCR quantitativa<\/strong> es pot anar veient en temps real com es van generant les c\u00f2pies – i la corba exponencial que marca la quantitat de mol\u00e8cules, al principi quasi inexistent, comen\u00e7a a ser visible m\u00e9s d\u2019hora o m\u00e9s tard segons la quantitat de mostra inicial. Per aix\u00f2 amb aquest tipus de PCR es pot inferir la quantitat de material present en una mostra<\/strong>.  <\/p>\n\n\n\n

\u201cAix\u00f2 \u00e9s \u00fatil, per exemple, per fer estudis d\u2019expressi\u00f3 g\u00e8nica, on es pot amplificar l\u2019ARN d\u2019un gen d’inter\u00e8s i comparar-lo amb un altre gen del qual es coneix els nivells d\u2019expressi\u00f3\u201d, explica N\u00faria Bonet<\/strong>, cap de la unitat de gen\u00f2mica<\/a>. O comparar els nivells d\u2019expressi\u00f3 d\u2019un gen abans i despr\u00e9s d\u2019afegir un f\u00e0rmac a la mostra, per exemple.  <\/p>\n\n\n\n

Aquesta quantificaci\u00f3 <\/strong>\u00e9s, doncs, sempre relativa <\/strong>a una altra mostra, o a un altre moment. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Una PCR quantitativa tan sols infereix la quantitat d’ADN o ARN original que hi ha en una mostra, sempre de forma relativa a una altra mostra. La PCR digital permet saber el nombre exacte de mol\u00e8cules.<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

En canvi, la PCR digital (dPCR)<\/strong> permet fer una quantificaci\u00f3 absoluta<\/strong>, \u00e9s a dir, saber el nombre exacte de mol\u00e8cules que tens a la mostra<\/strong>. \u201cCarregues la teva mostra dilu\u00efda en una superf\u00edcie amb molts pous (hi ha plaques de 28.000 i de 100.000). Per atzar en alguns pous no hi haur\u00e0 cap mol\u00e8cula i  en d\u2019altres n\u2019hi haur\u00e0 nom\u00e9s una. Un cop fas la dPCR, veus si cada pou ha amplificat o no, i contant el nombre de pous on s\u00ed hi ha hagut amplificaci\u00f3 pots saber el nombre exacte de mol\u00e8cules inicials\u201d, explica Bonet. \u201cPer fer una analogia, amb la PCR quantitativa pod\u00edem saber si el camp del Bar\u00e7a estava m\u00e9s ple que el de l\u2019Espanyol, mentre que amb la PCR digital podem saber que hi ha exactament 89.472 seients ocupats dels 113.000 totals. T\u00e9 una sensibilitat incre\u00efble\u201d, afegeix Anglada. En efecte, la PCR digital pot detectar mol\u00e8cules presents en tan sols un 0.02%. <\/strong>\u201cA m\u00e9s es poden posar fins a 12 plaques a la vegada a la m\u00e0quina, i pot llegir fins a 6 fluorocroms diferents a la vegada en cada pouet\u201d, conclou Bonet.  <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Possibles aplicacions<\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

La PCR digital pot tenir moltes aplicacions. Bellosillo la fa servir, per exemple, per detectar mol\u00e8cules cancer\u00edgenes en mostres de sang<\/a><\/strong> \u2013 i veure la c\u00e0rrega tumoral abans i despr\u00e9s del tractament. De forma similar, es pot fer servir per detectar la c\u00e0rrega viral en una infecci\u00f3. \u201cUn altre exemple d\u2019aplicaci\u00f3 seria detectar mutacions som\u00e0tiques<\/strong>, que tenen lloc en l\u2019individu adult i per tant no estan presents a totes les c\u00e8l\u00b7lules del nostre cos; amb la PCR digital pots quantificar quin percentatge de c\u00e8l\u00b7lules tenen aquesta mutaci\u00f3<\/strong> i quines no\u201d, afegeix Bonet. <\/p>\n\n\n\n

El proper 31 d\u2019octubre a les 11.30h a la sala Ramon y Cajal <\/strong>hi haur\u00e0 un acte on Roche presentar\u00e0 la m\u00e0quina, el seu funcionament i les seves aplicacions<\/strong>. \u201cFins ara hem estat fent proves, calibrant, aprenent el software… La preparaci\u00f3 \u00e9s igual a la de la PCR quantitativa, per\u00f2 les plaques i l\u2019an\u00e0lisi \u00e9s diferent\u201d, explica la cap del servei de gen\u00f2mica. \u201cConvidem a tothom a venir al seminari el dia 31 per a veure qu\u00e8 es pot fer amb aquesta tecnologia, i despr\u00e9s nosaltres oferirem a aquelles persones interesades formaci\u00f3 espec\u00edfica\u201d. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

El proper dimarts 31 d’octubre a les 11’30h, hi haur\u00e0 una sessi\u00f3 oberta a tots els residents del PRBB per presentar aquest aparell i les seves aplicacions.<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Com tots els serveis cient\u00edfico-t\u00e8cnics del Parc de Recerca Biom\u00e8dica de Barcelona (PRBB)<\/a>, aquest equip est\u00e0 disponible a tots els residents del parc, aix\u00ed com persones de la comunitat cient\u00edfica externes al PRBB. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

La unitat de gen\u00f2mica de la UPF t\u00e9 un nou equip per fer PCR digitals, que permeten saber el nombre exacte de mol\u00e8cules en una mostra, i poden detectar mol\u00e8cules presents en tan sols un 0.02%.<\/p>\n","protected":false},"author":6,"featured_media":38646,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[28,32],"tags":[706,273,589],"new-type":[35],"class_list":["post-38624","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-comunitat","category-vida-cientifica","tag-genomica","tag-melis-upf-ca","tag-tecnologia","new-type-noticies"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/38624","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/users\/6"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=38624"}],"version-history":[{"count":10,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/38624\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":38714,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/38624\/revisions\/38714"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media\/38646"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=38624"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=38624"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=38624"},{"taxonomy":"new-type","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/new-type?post=38624"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}