{"id":37605,"date":"2023-07-17T09:42:13","date_gmt":"2023-07-17T07:42:13","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=37605"},"modified":"2023-08-28T11:33:59","modified_gmt":"2023-08-28T09:33:59","slug":"compartir-protocols-per-millorar-la-reproductibilitat","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/compartir-protocols-per-millorar-la-reproductibilitat\/","title":{"rendered":"Compartir protocols per millorar la reproductibilitat"},"content":{"rendered":"\n

El divendres 23 de juny passat, els investigadors del Parc de Recerca Biom\u00e8dica de Barcelona (PRBB)<\/a> van tenir l’oportunitat de con\u00e8ixer protocols.io<\/a><\/strong>, una plataforma d’acc\u00e9s obert perqu\u00e8 els investigadors i les investigadores puguin crear de forma col\u00b7laborativa protocols interactius i din\u00e0mics<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n

En aquesta plataforma, els cient\u00edfics poden compartir protocols<\/strong> en privat amb col\u00b7legues concrets o fer-los p\u00fablics a tota la comunitat cient\u00edfica amb facilitat i efic\u00e0cia. A m\u00e9s, segons l’empresa, \u201cla comunicaci\u00f3 i la interacci\u00f3 en temps real mantenen els protocols al dia <\/strong>amb les diferents versions, desviacions, les preguntes i respostes i la resoluci\u00f3 de problemes. Els protocols p\u00fablics reben un DOI<\/strong> i permeten una comunicaci\u00f3 oberta amb autors i investigadors per fomentar l’experimentaci\u00f3 eficient i la reproductibilitat\u00bb.<\/p>\n\n\n\n

La xerrada de Gabriel Gasque<\/strong>, responsable de divulgaci\u00f3 de protocols.io, va ser presentada per Daniel Richter <\/strong>-investigador de l’Institut de Biologia Evolutiva (IBE: CSIC-UPF)<\/a> i usuari primerenc de la plataforma- i va comptar amb el suport del grup de treball de Bones Pr\u00e0ctiques Cient\u00edfiques del PRBB<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

Aprofitem l’oportunitat d’entrevistar Gasque per saber-ne m\u00e9s sobre aquesta iniciativa. Podeu veure la presentaci\u00f3 aqu\u00ed<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Quan va sorgir protocols.io i per qu\u00e8?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

Va ser creat el 2014 per Lenny Teytelman, Irina Makkaveeva i Alexei Stoliartchouk. Lenny – un cient\u00edfic – es va trobar que havia estat treballant durant 2 anys laboriosament resolent un error en una metodologia; tot per ser recompensat nom\u00e9s amb una frase a la secci\u00f3 de Materials i M\u00e8todes\u2026. Conscient de la import\u00e0ncia crucial dels m\u00e8todes en la investigaci\u00f3<\/strong>, va voler millorar el reconeixement<\/strong> del desenvolupament de m\u00e8todes i va crear protocols.io<\/a>. Aqu\u00ed cada protocol publicat t\u00e9 un DOI<\/strong> i pot ser degudament referenciat i acreditat.<\/p>\n\n\n\n

Per\u00f2 aix\u00f2 era nom\u00e9s una cara de la moneda. Els beneficis de compartir protocols van m\u00e9s enll\u00e0 d’obtenir cr\u00e8dit:<\/p>\n\n\n\n

  1. Augmenta la<\/strong> descobribilitat <\/strong>i, per tant, l’\u00fas dels protocols o m\u00e8todes<\/li><\/ol>\n\n\n\n
    1. Garanteix la conservaci\u00f3, <\/strong>ja que de tot el contingut se’n fa una c\u00f2pia de seguretat en diversos llocs com GitHub.<\/li><\/ol>\n\n\n\n
      1. Incrementa la col\u00b7laboraci\u00f3<\/strong><\/li><\/ol>\n\n\n\n
        1. Estalvia temps<\/strong> (no cal reescriure la secci\u00f3 de m\u00e8todes cada vegada, intentant innovar en la forma de descriure’ls\u2026 nom\u00e9s cal afegir un hipervincle a la descripci\u00f3 detallada a protocols.io).<\/li><\/ol>\n\n\n\n
          1. Garanteix el compliment de les recomanacions<\/strong> espanyoles i europees vigents en mat\u00e8ria de ci\u00e8ncia oberta<\/a>, gesti\u00f3 de dades, disponibilitat, etc.<\/li><\/ol>\n\n\n\n
            1. Augmenta la reproductibilitat<\/strong>: com sabem, moltes de les seccions de materials i m\u00e8todes dels articles no inclouen prou informaci\u00f3 per comprendre, i encara menys reproduir, els resultats\u2026<\/li><\/ol>\n\n\n\n
              <\/div>\n\n\n\n

              \u00abEls protocols publicats a protocols.io obtenen un identificador persistent (DOI) perqu\u00e8 puguin ser f\u00e0cilment acreditats, trobats i conservats\u00bb<\/em><\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

              <\/div>\n\n\n\n

              Qui ho utilitza i quant costa?<\/h2>\n\n\n\n

              protocols.io<\/a> \u00e9s una empresa amb \u00e0nim de lucre, per\u00f2 \u00e9s gratu\u00eft tant publicar protocols p\u00fablics com cercar protocols i llegir-los i utilitzar-los<\/strong>. Tot el contingut p\u00fablic \u00e9s obert amb una llic\u00e8ncia CC-BY. Hi ha una part premium<\/a><\/strong> de la plataforma (podeu consultar el preu en aquest enlla\u00e7<\/a>), que es pot aconseguir a trav\u00e9s d’una membresia institucional<\/a>, que permet tenir espais de treball privats<\/strong>, on pots tenir protocols que no estan oberts a tothom – es mantenen privats per a tu o per un grup de col\u00b7laboradors. Moltes empreses ho utilitzen, per exemple.<\/p>\n\n\n\n

              Actualment tenim m\u00e9s de 155.000 usuaris registrats <\/strong>que han pujat m\u00e9s de 14.000 protocols p\u00fablics i m\u00e9s de 60.000 privats<\/strong>. Per\u00f2, de fet, tenim m\u00e9s de 2,5 milions de visites cada any <\/strong>als protocols de la nostra plataforma!<\/p>\n\n\n\n

              Pel que fa a disciplines<\/strong>, est\u00e0 una mica esbiaixat cap a protocols de laboratori experimental i biomedicina<\/strong>, encara que tamb\u00e9 en tenim alguns d’arqueologia, ci\u00e8ncies socials, biologia computacional o ecologia\u2026 A m\u00e9s, alguns usuaris ens utilitzen per ‘pre-registrar’ els seus assajos cl\u00ednics<\/a>, publicant aqu\u00ed el protocol abans que comenci.<\/p>\n\n\n\n

              <\/div>\n\n\n\n

              Com \u00e9s la interacci\u00f3 amb les revistes – no \u00e9s un problema publicar m\u00e8todes a protocols.io si ja han estat publicats en un article?<\/h2>\n\n\n\n

              No ho \u00e9s! De fet, m\u00e9s de 500 revistes i diverses entitats finan\u00e7adores promouen l’\u00fas de protocols.io<\/strong>. A m\u00e9s, el contingut d’una \u00abrecepta\u00bb no \u00e9s susceptible de drets d’autor. No es pot publicar exactament igual que a la revista, amb el mateix format, etc., per\u00f2 es pot tornar a publicar el contingut i els passos de qualsevol recepta metodol\u00f2gica.<\/p>\n\n\n\n

              En molts casos, els autors publiquen un article amb els resultats de la seva recerca i, a la secci\u00f3 \u00abM\u00e8todes\u00bb, enllacen amb el m\u00e8tode detallat a protocols.io. Aix\u00f2 t\u00e9 diversos avantatges.<\/p>\n\n\n\n

              D’una banda, els protocols de la nostra plataforma s\u00f3n din\u00e0mics<\/strong>, cosa que significa que hi pot haver noves versions millorades<\/strong>; cadascuna amb el seu propi DOI, perqu\u00e8 un cop publicat un protocol no es pot canviar. Aix\u00ed, des de l’article anir\u00e0s al m\u00e8tode original utilitzat a l’estudi; per\u00f2 la plataforma et dir\u00e0 si n’hi ha un actualitzat<\/strong> per si vols consultar-ho. I tamb\u00e9 et permet comparar les dues versions per veure qu\u00e8 ha canviat.<\/p>\n\n\n\n

              Un altre avantatge \u00e9s que publicar un m\u00e8tode independentment d’un article, el fa m\u00e9s descobrible i reutilitzable<\/strong>; per exemple, un m\u00e8tode utilitzat en un article sobre par\u00e0sits de peixos pot ser \u00fatil per a alg\u00fa que treballi amb neurones de ratol\u00ed. Per\u00f2 \u00e9s poc probable que el neurocient\u00edfic o neurocient\u00edfica consulti l’article sobre peixos\u2026 tanmateix, pot trobar el protocol a la nostra plataforma si cerca usant les paraules clau adequades.<\/p>\n\n\n\n

              <\/div>\n\n\n\n

              Al publicar un m\u00e8tode independentment d’un article, aquest \u00e9s m\u00e9s descobrible i reutilitzable. A m\u00e9s, els protocols s\u00f3n din\u00e0mics i poden actualitzar-se.<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

              <\/div>\n\n\n\n

              Com es fan servir els protocols?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

              Els protocols s\u00f3n receptes pas a pas<\/strong>, molt detallades i molt clares, codificades per colors<\/strong>. Pots llegir-los, o descarregar-los per tenir-los a m\u00e0 mentre fas l’experiment. Pots fer la teva pr\u00f2pia c\u00f2pia, on pots marcar el que has fet, o comentar algun pas en qu\u00e8 hagis fet alguna cosa diferent, per exemple; aix\u00ed conserves una c\u00f2pia del teu experiment espec\u00edfic<\/strong>. O pots crear el teu propi protocol basat en un altre, i adaptar-lo al teu model, condicions, etc. En aquest cas, el teu nou protocol \u00abbifurcat\u00bb estar\u00e0 clarament vinculat a l’original, per la qual cosa es mant\u00e9 la l\u00ednia de cr\u00e8dit.<\/p>\n\n\n\n

              <\/div>\n\n\n\n

              I com es puja un protocol a la plataforma?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

              Hi ha tres maneres, amb tres nivells d’esfor\u00e7, per\u00f2 totes molt f\u00e0cils.<\/p>\n\n\n\n

              Pots simplement \u00abarrossegar\u00bb el teu protocol <\/strong>(en word o un altre format) al teu espai de treball a protocols.io. Cal tenir en compte, per\u00f2, que aix\u00f2 no ser\u00e0 \u201cpublicable\u201d: no rebr\u00e0 un DOI i no estar\u00e0 obert <\/strong>perqu\u00e8 tots els altres ho vegin. \u00c9s nom\u00e9s una manera de mantenir tots els protocols junts.<\/p>\n\n\n\n

              Per a publicar-ho<\/strong>, ho has de fer a trav\u00e9s de l’editor de la plataforma<\/strong>. Per\u00f2, de nou, ho pots fer d’una manera molt senzilla: crees un protocol buit, afegeixes un t\u00edtol i un resum i, a continuaci\u00f3, adjuntes el protocol com a document word o PDF. Aix\u00f2 es pot publicar, tenir un DOI i ser p\u00fablic<\/strong>, per\u00f2 no ser\u00e0 din\u00e0mic.<\/p>\n\n\n\n

              La tercera forma, m\u00e9s complexa, \u00e9s copiar i enganxar cada pas<\/strong>. Despr\u00e9s, la plataforma el transforma en un protocol din\u00e0mic<\/strong>, amb el format adequat que es pot copiar, bifurcar, etc.<\/p>\n\n\n\n

              Fins i tot aquesta darrera opci\u00f3 no \u00e9s complicada, encara que per descomptat requereix una mica m\u00e9s de temps\u2026 Tamb\u00e9 tenim un servei d’importaci\u00f3<\/a> que ho fa a canvi d’una tarifa.<\/p>\n\n\n\n

              <\/div>\n\n\n\n

              Finalment\u2026 per qu\u00e8 \u00e9s el vostre logotip un \u00f3s rentador?<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

              Ja ja! Si teniu curiositat, llegiu aquest fil de Twitter<\/a>!<\/p>\n\n\n\n

              <\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

              Parlem amb Gabriel Gasque, responsable de divulgaci\u00f3 de protocols.io, sobre aquesta plataforma d’acc\u00e9s obert que ajuda a la reproductibilitat permetent compartir protocols interactius i din\u00e0mics.<\/p>\n","protected":false},"author":6,"featured_media":37294,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[32],"tags":[434,489,699],"new-type":[38,35],"class_list":["post-37605","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-vida-cientifica","tag-bones-practiques-cientifiques","tag-ciencia-oberta","tag-publicacions-cientifiques","new-type-a-fons","new-type-noticies"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/37605","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/users\/6"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=37605"}],"version-history":[{"count":5,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/37605\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":37610,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/37605\/revisions\/37610"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media\/37294"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=37605"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=37605"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=37605"},{"taxonomy":"new-type","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/new-type?post=37605"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}