{"id":36601,"date":"2023-05-18T16:48:09","date_gmt":"2023-05-18T14:48:09","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=36601"},"modified":"2023-05-18T16:48:11","modified_gmt":"2023-05-18T14:48:11","slug":"detectar-el-cancer-de-forma-precoc-per-nomes-50e","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/detectar-el-cancer-de-forma-precoc-per-nomes-50e\/","title":{"rendered":"Detectar el c\u00e0ncer de forma preco\u00e7 per nom\u00e9s 50\u20ac"},"content":{"rendered":"\n

L\u2019equip del Centre de Regulaci\u00f3 Gen\u00f2mica (CRG)<\/a> liderat per Eva Maria Novoa<\/a><\/strong> ha publicat recentment<\/a> una nova metodologia que permet, per primera vegada, quantificar tant els nivells d\u2019ARN de transfer\u00e8ncia (ARNt) com les seves modificacions de forma r\u00e0pida i poc costosa<\/strong>. Aix\u00f2 obre la porta a un possible i revolucionari test diagn\u00f2stic per al c\u00e0ncer <\/strong>que podria, en menys de 3h i per menys de 50\u20ac, indicar qui t\u00e9 c\u00e0ncer i quin tipus, a partir d\u2019una simple mostra de sang. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Detecci\u00f3 del c\u00e0ncer: ADN <\/strong>vs <\/em><\/strong>ARN <\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

Fins ara, a part de amb proves d\u2019imatge o altres a nivell cl\u00ednic, el c\u00e0ncer <\/a>es podia detectar a partir de l\u2019ADN (seq\u00fcenciant les mutacions existents) o de l\u2019ARNm circulant a la sang, alliberat a trav\u00e9s del trencament de les c\u00e8l\u00b7lules tumorals. La seq\u00fcenciaci\u00f3 de l\u2019ADN<\/a> es fa de forma rutin\u00e0ria des de fa d\u00e8cades, amb Illumina <\/em>sent la tecnologia m\u00e9s utilitzada. Per\u00f2 aix\u00f2 \u201cpot costar milers d\u2019euros per cada mostra\u201d, explica Novoa. <\/p>\n\n\n\n

La detecci\u00f3 de l\u2019ARN<\/strong>, en canvi, pot ser m\u00e9s informativa i econ\u00f2mica<\/strong>. Els ARNs de les c\u00e8l\u00b7lules tumorals tamb\u00e9 s\u2019alliberen a la sang<\/a>, i els ARNt s\u00f3n de fet de les mol\u00e8cules de ARN m\u00e9s abundants. A m\u00e9s, al llarg dels anys s\u2019han acumulat prou evid\u00e8ncies que les modificacions de l\u2019ARN estan alterades en moltes malalties, en particular en diferents tipus de c\u00e0ncer.<\/a> Aix\u00ed que saber quins ARNs hi ha a la sang, i amb quines modificacions, podria indicar pres\u00e8ncia de c\u00e8l\u00b7lules tumorals, aix\u00ed com de quin teixit provenen. Aquesta \u00e9s la idea darrera la recerca del grup del CRG. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Els ARNt s\u00f3n les mol\u00e8cules d’ARN m\u00e9s abundants i les seves modificacions estan alterades en moltes malalties, en particular en diferents tipus de c\u00e0ncer, convertint-los en molt bons biomarcadors del c\u00e0ncer. <\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Modificacions de l\u2019ARN, el <\/strong>quid <\/em><\/strong>de la q\u00fcesti\u00f3<\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

Oxford Nanopore Technologies<\/em>, una tecnologia alternativa a Illumina<\/em>, va comen\u00e7ar el 2017 a permetre seq\u00fcenciar no tan sols ADN, sin\u00f3 ARN nadiu. \u201cFins aleshores, per saber la quantitat d\u2019ARN amb Illumina<\/em><\/strong>, havies de fer una transcripci\u00f3 reversa (passar d\u2019ARN a ADN complementari), amplificar-lo i seq\u00fcenciar-lo. Per\u00f2 un greu problema \u00e9s que la transcripci\u00f3 reversa \u2018esborra\u2019 les modificacions de l\u2019ARN… per tant nom\u00e9s pots saber-ne l\u2019abund\u00e0ncia, per\u00f2 no les modificacions<\/strong>. Es perd molta informaci\u00f3<\/strong>, informaci\u00f3 important\u201d, assegura Novoa.  <\/p>\n\n\n\n

Amb Illumina <\/em>tamb\u00e9 es poden arribar a estudiar modificacions de l\u2019ARN, a trav\u00e9s d\u2019anticossos espec\u00edfics contra una modificaci\u00f3 concreta cada vegada, per\u00f2 \u00e9s de forma indirecta i predeterminada, i sense resoluci\u00f3 a nivell de mol\u00e8cula. I amb els ARNs que tenen moltes modificacions (com els ribosomals (ARNr), o els de transfer\u00e8ncia (ARNt), que poden tenir unes 30 modificacions per mol\u00e8cula de mitjana<\/strong>) \u00e9s quasi impossible convertir-los en ADN per a ser seq\u00fcenciats per Illumina<\/em>. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

L’arribada de la tecnologia Nanopore va fer possible seq\u00fcenciar no tan sols l’ADN sin\u00f3 els ARNs amb les seves modificacions, fent ‘una fotografia’ m\u00e9s detallada de la informaci\u00f3 gen\u00e8tica de la c\u00e8l\u00b7lula.<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

En canvi, Nanopore <\/em>permet fer \u2018una fotografia\u2019 dels ARNs de la mostra <\/a><\/strong>tal qual, amb les seves modificacions \u2013 i de tots a la vegada<\/a>. La tecnologia consisteix en un petit aparell<\/strong> que cap a la m\u00e0, d\u2019uns 10 cm <\/strong>de longitud, que cont\u00e9 dins unes membranes amb nanopors o canals <\/strong>per on passen les mol\u00e8cules d\u2019ARN o ADN. En travessar els pors, n\u2019alteren la corrent el\u00e8ctrica i l\u2019aparell llegeix aquest canvi de corrent i en dedueix la seq\u00fc\u00e8ncia i les modificacions. Encara cal certa preparaci\u00f3 (\u201ccal afegir un adaptador als ARNs per a fer que passin pels nanopors a una velocitat constant i m\u00e9s lenta, que permeti la seva lectura\u201d, puntualitza la investigadora), per\u00f2 \u00e9s for\u00e7a senzilla, i el nivell d\u2019informaci\u00f3 \u00e9s molt m\u00e9s gran.  <\/p>\n\n\n\n

Els kits comercials de Nanopore <\/em>permeten seq\u00fcenciar ARNm<\/strong>, i fa temps que es fan servir, perqu\u00e8 l\u2019abund\u00e0ncia dels ARNm es pot utilitzar efectivament com a biomarcador d\u2019alguns c\u00e0ncers. Per\u00f2 els ARNm s\u00f3n poc abundants <\/strong>i cal seq\u00fcenciar-ne molt\u00edssims per trobar difer\u00e8ncies entre mostres amb o sense c\u00e0ncer. Els ARNs no codificants <\/strong><\/a>(com els ARNt amb els que treballen al grup de Novoa), en canvi, s\u00f3n molt m\u00e9s abundants, i per tant molt m\u00e9s informatius i millors biomarcadors<\/strong>, amb m\u00e9s capacitat diagn\u00f2stica.  <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

El grup dirigit per Eva Novoa ha aconseguit seq\u00fcenciar els ARN de transfer\u00e8ncia amb Nanopore, que s\u00f3n els m\u00e9s informatius per\u00f2 molt petits i dif\u00edcils de detectar.<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Per aix\u00f2, des que van sorgir els primers kits de Nanopore<\/em>, el laboratori de Novoa<\/a> i d\u2019altres arreu del m\u00f3n han estat fent adaptacions d\u2019aquesta tecnologia <\/strong>per permetre seq\u00fcenciar altres tipus d\u2019ARN m\u00e9s enll\u00e0 dels ARNm. Un repte amb els ARNts<\/strong>, per\u00f2, \u00e9s que s\u00f3n unes mol\u00e8cules molt curtes <\/strong>\u2013 i per tant, es perdien i no es seq\u00fcenciaven b\u00e9 amb el Nanopore<\/em>. \u201cEl que hem aconseguit ara \u00e9s seq\u00fcenciar b\u00e9 aquests ARNts<\/strong>. Hem demostrat que podem capturar molt\u00edssimes mol\u00e8cules, detectant les abund\u00e0ncies correctes i les seves modificacions diferencials\u201d, especifica la cap de grup. Ho han aconseguit gr\u00e0cies a modificacions en la preparaci\u00f3 de les llibreries, i tamb\u00e9 en l\u2019an\u00e0lisi inform\u00e0tica, en la que utilitzen algorismes i intel\u00b7lig\u00e8ncia artificial<\/a><\/strong> per analitzar les seq\u00fc\u00e8ncies i fer prediccions. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

De prova de concepte a diagn\u00f2stic cl\u00ednic<\/strong> <\/h2>\n\n\n\n

Per\u00f2, abans d\u2019utilitzar aquesta seq\u00fcenciaci\u00f3 d\u2019ARNt per fer diagn\u00f2stic a nivell cl\u00ednic, cal entendre millor quines modificacions espec\u00edfiques estan lligades a quins tipus de c\u00e0ncer<\/strong>. \u201cEn coneixem algunes, per\u00f2 no s\u2019han analitzat de forma exhaustiva, precisament perqu\u00e8 fins ara no es podien analitzar aquestes modificacions de forma \u2018no dirigida\u2019; tothom mirava les 4-5 modificacions que es coneixien i eren m\u00e9s senzilles de mirar\u201d, diu Novoa. Per\u00f2 ara poden fer aquesta \u2018fotograf\u00eda\u2019<\/strong>, i aquest ser\u00e0 el primer pas; estudiar i classificar les modificacions vinculades a cada c\u00e0ncer. <\/p>\n\n\n\n

Per a fer-ho, el grup est\u00e0 ara buscant mostres de pacients <\/strong>\u2013 per comen\u00e7ar, de c\u00e0ncer de mama i de colon \u2013 tant a biobancs <\/a>com en col\u00b7laboraci\u00f3 amb metges a hospitals<\/strong>. \u201cNecessitem mostres variades, de diferents tipus de c\u00e0ncer, i ben estratificades, per obtenir el m\u00e0xim d\u2019informaci\u00f3\u201d, afirma la investigadora.  <\/p>\n\n\n\n

Despr\u00e9s caldr\u00e0 optimitzar la seq\u00fcenciaci\u00f3 del plasma<\/strong>, ja que fins ara han fet els estudis amb l\u00ednies cel\u00b7lulars<\/a>. <\/p>\n\n\n\n

I finalment hauran d\u2019entrenar el model computacional<\/a><\/strong>, de forma que a mesura que es van seq\u00fcenciant els ARNs, vagi fent prediccions. \u201cFins on arribaran aquestes prediccions, no ho sabem. Potser nom\u00e9s fins a dir si la mostra \u00e9s de c\u00e0ncer o no – encara que jo crec que quasi segur que tamb\u00e9 podr\u00e0 detectar de quin teixit ve<\/strong>\u201d, assegura la bi\u00f2loga. \u201cPotser podr\u00e0 dir si \u00e9s un c\u00e0ncer metast\u00e0sic o no. O si \u00e9s resistent a un determinat tractament. O en quin estadi est\u00e0… Tot dependr\u00e0 de la quantitat d\u2019informaci\u00f3 que tinguem per entrenar el model\u201d. <\/p>\n\n\n\n

L\u2019objectiu final<\/strong> seria fer servir aquesta tecnologia per a fer cribatges i diagn\u00f2stic preco\u00e7<\/strong>, perqu\u00e8 com abans es detecti el c\u00e0ncer, m\u00e9s probabilitat de superviv\u00e8ncia i menor cost pel sistema de salut. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

L\u2019objectiu seria utilitzar aquesta tecnologia per a fer cribatges i diagn\u00f2stic preco\u00e7 de molts tipus de c\u00e0ncer alhora.<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

A m\u00e9s de ser un aparell petit i molt portable \u2013 el que facilitaria el seu \u00fas a llocs sense grans infraestructures, ja que necessita nom\u00e9s un bon ordinador i electricitat \u2013 la seq\u00fcenciaci\u00f3 d\u2019ARNs amb la tecnologia Nanopore<\/em> permetria fer un cribatge de molts c\u00e0ncers alhora<\/strong>. \u201cQuan fem una mamografia<\/a>, per exemple, a part de que t\u00e9 un cost, nom\u00e9s estem mirant c\u00e0ncer de pit<\/a>. Per\u00f2 a l\u2019analitzar una mostra de sang amb Nanopore<\/em>, creiem que podrem veure indicis de qualsevol c\u00e0ncer. Despr\u00e9s \u00f2bviament caldria fer altres proves per validar els resultats, per\u00f2 seria un gran primer pas\u201d, conclou Novoa. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

El grup dirigit per Eva M Novoa al CRG ha aconseguit modificar la t\u00e8cnica de Nanopore per a quantificar tant els nivells d\u2019ARN de transfer\u00e8ncia (ARNt) com les seves modificacions – un bon indicador de c\u00e0ncer.<\/p>\n","protected":false},"author":6,"featured_media":36606,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[26],"tags":[555,312,265,859],"new-type":[35],"class_list":["post-36601","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-recerca","tag-arn","tag-cancer-ca","tag-crg-ca","tag-ia","new-type-noticies"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/36601","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/users\/6"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=36601"}],"version-history":[{"count":10,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/36601\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":36628,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/36601\/revisions\/36628"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media\/36606"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=36601"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=36601"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=36601"},{"taxonomy":"new-type","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/new-type?post=36601"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}