{"id":34069,"date":"2022-12-21T11:20:45","date_gmt":"2022-12-21T10:20:45","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=34069"},"modified":"2023-01-19T21:43:41","modified_gmt":"2023-01-19T20:43:41","slug":"biodiversity-genomics-europe-una-empenta-a-la-conservacio-de-la-biodiversitat-a-europa","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/biodiversity-genomics-europe-una-empenta-a-la-conservacio-de-la-biodiversitat-a-europa\/","title":{"rendered":"Una empenta a la conservaci\u00f3 de la biodiversitat a Europa"},"content":{"rendered":"\n

Europa s’ha posat les piles per frenar la p\u00e8rdua de biodiversitat. El setembre passat, va arrencar de manera oficial el projecte Biodiversity Genomics Europe (BGE)<\/strong><\/a>, <\/strong>finan\u00e7at per la Uni\u00f3 Europea amb 21 milions <\/strong>d’euros amb l’objectiu de donar una empenta a la gen\u00f2mica com a eina per a la conservaci\u00f3 de la biodiversitat a Europa<\/strong><\/a>. <\/p>\n\n\n\n

Per a aconseguir-ho, aquest projecte paraig\u00fces reuneix dues xarxes europees existents basades en dues tecnologies diferents de l’ADN: <\/p>\n\n\n\n

  1. European Reference Genome Atlas (ERGA)<\/a><\/strong>, que \u00e9s el node europeu del Projecte del Biogenoma de la Terra (EBP)<\/a> liderat des d’EUA. A la vegada, l’ERGA inclou altres iniciatives a nivell regional (com la Iniciativa Catalana<\/a>) o a nivell taxon\u00f2mic (com el projecte dels genomes de vertebrats<\/a>). L’objectiu d’ERGA i del projecte del biogenoma de la terra<\/a> \u00e9s promoure i facilitar la seq\u00fcenciaci\u00f3 del genoma sencer<\/strong> de tota la biodiversitat eucariota.
    <\/li>
  2. BIOSCAN<\/a><\/strong>, que forma part de la xarxa International Barcode of Life<\/em> (IBOL<\/a>), liderada des de Canad\u00e0. Aquesta pret\u00e9n determinar, no el genoma sencer, sin\u00f3 unes seq\u00fc\u00e8ncies curtes d’ADN (un o pocs gens) que actuen com uns codis de barres<\/strong>. Aquests serveixen per a diferenciar entre esp\u00e8cies, igual que, per exemple, els codis de barres convencionals distingeixen diferents productes en un supermercat. Aquest projecte pret\u00e9n fer el barcoding <\/em>de milers d’individuus de cada esp\u00e8cie.<\/li><\/ol>\n\n\n

    S\u00f3n dues estrat\u00e8gies diferents, dos extrems d’un rang, comenta la Rosa Fern\u00e1ndez<\/a><\/strong>, investigadora de l’Institut de Biologia Evolutiva (IBE: CSIC-UPF)<\/a> i representant del consell espanyol de l’ERGA<\/strong>. \u00c9s el que en angl\u00e8s s’anomena \u00abdepth vs breadth\u00bb (profunditat versus amplitut). I el tipus d’aproximaci\u00f3 dep\u00e8n del que es vulgui aconseguir.<\/p>\n\n\n

    D’una banda, amb la seq\u00fcenciaci\u00f3 completa<\/strong> se seq\u00fcencia totalment el genoma d’un o pocs individus<\/strong> de cada esp\u00e8cie (amb un cost d’uns 5000\u20ac<\/strong> per gigabase del genoma). Aix\u00f2 ofereix m\u00e9s informaci\u00f3 gen\u00f2mica per entendre l’arbre de la vida (especialment dels organismes menys coneguts), estudiar l’evoluci\u00f3 i adaptacions de les esp\u00e8cies, que es podran aplicar per a la seva conservaci\u00f3, o fins i tot descobrir subst\u00e0ncies produ\u00efdes per aquests organismes que poden ser rellevants a nivell biom\u00e8dic.<\/p>\n\n\n\n

    D’altra banda, amb el barcoding<\/strong> se seq\u00fcencia nom\u00e9s un gen de milers d’individus, obtenint molt poca informaci\u00f3 de molt\u00edssims individus<\/strong> de forma barata (uns 3-4\u20ac per gen de cada esp\u00e8cie<\/strong>). Aix\u00f2 permet entendre la composici\u00f3 de les comunitats i biomonitoritzar-les, tenir una millor idea de la variabilitat, identificaresp\u00e8ces cr\u00edptiques i veure quines poblacions tenen m\u00e9s diversitat gen\u00e8tica, per aix\u00ed poder gestionar la biodiversitat.<\/p>\n\n\n\n

    <\/div>\n\n\n\n

    El 80% de les esp\u00e8cies del m\u00f3n encara no han estat descobertes o descrites a nivell cient\u00edfic. Per aix\u00f2, el projecte pret\u00e9n crear un codi de barres d’ADN per a cada esp\u00e8cie, per tal de crear un \u201cinventari de la vida a la Terra\u201d.<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

    <\/div>\n\n\n\n

    En aquesta primera fase, el projecte BGE pret\u00e9n seq\u00fcenciar al voltant de 500 esp\u00e8cies<\/strong> i aconseguir els \u00abcodis de barres\u00bb de varis milers d’esp\u00e8cies<\/strong> m\u00e9s, mitjan\u00e7ant ERGA i BIOSCAN.<\/p>\n\n\n\n

    <\/div>\n\n\n\n

    Col\u00b7laboraci\u00f3 a gran escala, lideratge des de l’IBE i el paper del CNA<\/strong>G<\/h2>\n\n\n\n

    Un projecte d’aquesta envergadura \u00e9s impossible fer-lo en solitari. Per aix\u00f2 compta amb un volum de col\u00b7laboracions cient\u00edfiques sense precedents<\/strong>, amb uns 30 socis de 20 pa\u00efsos europeus.<\/p>\n\n\n\n

    A nivell d’Espanya, deu centres del CSIC<\/strong> han rebut 1,4 M\u20ac<\/strong>: 800.000 per a ERGA i 600.000 per a BIOSCAN. Aix\u00f2 en part cubrir\u00e0 la recol\u00b7lecci\u00f3 de mostres d’unes 50 esp\u00e8cies end\u00e8miques i protegides de la Pen\u00ednsula Ib\u00e8rica per a secuenciar els seus genomes, com a part dels 500 genomes de refer\u00e8ncia<\/strong> que pret\u00e9n seq\u00fcenciar ERGA. La recol\u00b7lecci\u00f3 de les mostres, coordinada des de l’IBE<\/strong>, una gran feina de gesti\u00f3 que implica primer la selecci\u00f3 de quines esp\u00e8cies van a seq\u00fcenciar-se, i despr\u00e9s lidiar amb tota la log\u00edstica de recol\u00b7lecci\u00f3, des de col\u00b7lectar en gel sec i els permisos necessaris, fins a enviar les mostres als serveis de seq\u00fcenciaci\u00f3.<\/p>\n\n\n\n

    <\/div>\n\n\n\n

    \u00abPer no reinventar la roda, cal molta coordinaci\u00f3\u00bb
    Rosa Fern\u00e1ndez <\/strong>(IBE:CSIC-UPF)<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

    <\/div>\n\n\n\n

    La part de seq\u00fcenciaci\u00f3 i assemblatge dels genomes ser\u00e0 precisament la responsabilitat d’un altre dels centres vinculats al PRBB, el CNAG-Centre de Regulaci\u00f3 Gen\u00f2mica (CRG)<\/a>. El Centre Nacional d’An\u00e0lisi Gen\u00f2mica \u00e9s un dels cinc principals centres de seq\u00fcenciaci\u00f3 i an\u00e0lisi de dades d’ADN que contribuiran al projecte. Es calcula que participar\u00e0 a l’assemblatge del genoma de refer\u00e8ncia de m\u00e9s de 100 esp\u00e8cies<\/strong> (les 50 espanyoles i d’altres provinents de la resta d’Europa), que es posaran a disposici\u00f3 de la comunitat internacional a trav\u00e9s de repositoris p\u00fablics.<\/p>\n\n\n\n

    Les esp\u00e8cies a seq\u00fcenciar al projecte Biodiversity Genomics Europe (BGE)<\/a> provenen de:<\/p>\n\n\n\n