{"id":27816,"date":"2022-02-15T17:19:31","date_gmt":"2022-02-15T16:19:31","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=27816"},"modified":"2022-03-04T10:06:47","modified_gmt":"2022-03-04T09:06:47","slug":"investigadors-del-prbb-sequenciaran-el-genoma-de-quatre-especies-endemiques-pel-projecte-del-biogenoma-de-la-terra","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/investigadors-del-prbb-sequenciaran-el-genoma-de-quatre-especies-endemiques-pel-projecte-del-biogenoma-de-la-terra\/","title":{"rendered":"Investigadors del PRBB sequenciaran el genoma de quatre esp\u00e8cies end\u00e8miques pel Projecte del BioGenoma de la Terra"},"content":{"rendered":"\n

El novembre de 2018, la comunitat cient\u00edfica va donar el tret de sortida d\u2019un dels projectes m\u00e9s ambiciosos del moment amb el naixement del Projecte del BioGenoma de la Terra<\/a> (EBP per les seves sigles en angl\u00e8s). Aquest projecte \u00e9s un esfor\u00e7 coordinat amb personal investigador d\u2019arreu del m\u00f3n amb l\u2019ambici\u00f3 de seq\u00fcenciar el genoma de l\u20191,5 milions d\u2019esp\u00e8cies eucariotes que s\u2019estima que habiten al planeta Terra<\/strong>. <\/p>\n\n\n\n

Dos anys despr\u00e9s, el Projecte del BioGenoma de la Terra ha acabat la seva fase pilot i comen\u00e7a la producci\u00f3 a gran escala<\/strong>; una fita que esperen aconseguir gr\u00e0cies a la col\u00b7laboraci\u00f3 dels projectes afiliats. <\/p>\n\n\n\n

Al territori de parla catalana, comptem amb la Iniciativa Catalana pel BioGenoma de la Terra<\/strong><\/a>, un d\u2019aquests projectes afiliats impulsat per la Societat Catalana de Biologia<\/a> que, per segon any consecutiu, financia la producci\u00f3 de genomes d\u2019alta qualitat al territori<\/strong>. I, en aquesta segona ronda, la Iniciativa Catalana de l\u2019EBP ha becat tres projectes que surten del Parc de Recerca Biom\u00e8dica de Barcelona (PRBB)<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

El projecte del BioGenoma de la Terra vol seq\u00fcenciar el genoma de l\u20191,5 milions d\u2019esp\u00e8cies eucariotes que s\u2019estima que habiten al planeta.<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

R\u00e8ptils d\u2019al\u00e7ada<\/h3>\n\n\n\n

La sargantana pallaresa<\/strong> (Iberolacerta aurelioi<\/em>), \u00e9s una de les vuit sargantanes del g\u00e8nere Iberolacerta que habiten a la pen\u00ednsula Ib\u00e8rica. Concretament, la trobem a tarteres d\u2019alta muntanya, per damunt dels 2000m<\/strong>, en una redu\u00efda illa de muntanyes de l\u2019est dels Pirineus<\/strong>. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n
\"\"
Sargantana pallaresa (Iberolacerta aurelioi<\/em>). Cr\u00e8dit: Salvador Carranza, IBE.<\/figcaption><\/figure><\/div>\n\n\n\n
<\/div>\n\n\n\n

A Catalunya, aquesta esp\u00e8cie en perill d\u2019extinci\u00f3 habita \u00edntegrament dins el parc natural de l\u2019Alt Pirineu<\/a>. I gr\u00e0cies als esfor\u00e7os de conservci\u00f3 de la fauna i la flora del parc aquest r\u00e8ptil \u00e9s una esp\u00e8cie emblem\u00e0tica<\/strong> de la regi\u00f3. Aquesta \u00e9s una sargantana robusta<\/strong> i t\u00e9 un cicle vital marcat per un llarg per\u00edode d\u2019hibernaci\u00f3<\/strong>. Per aix\u00f2, quan arriba el maig menja, s’engreixa, pon ous i fa cr\u00e9ixer les cries abans de tornar a hibernar a finals de setembre. <\/p>\n\n\n\n

Per\u00f2 a banda del seu cicle de vida peculiar, la sargantana pallaresa t\u00e9 moltes similituds amb la sargantana ar\u00e0nica<\/strong> (Iberolacerta aranica<\/em>) i la sargantana pirinenca<\/strong> (Iberolacerta bonnali<\/em>), de qui es va separar fa pocs milers d\u2019anys. I la voluntat de con\u00e8ixer les relacions evolutives<\/a> <\/strong>entre aquestes tres sargantanes ha fet que el grup de recerca en sistem\u00e0tica, biogeografia i evoluci\u00f3 dels r\u00e8ptils i amfibis<\/a> de l\u2019Institut de Biologia Evolutiva (IBE: CSIC-UPF)<\/a> liderat pel Salvador Carranza<\/strong><\/a>, s\u2019hagi fixat en aquest r\u00e8ptil emblem\u00e0tic.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Un corall desubicat<\/h3>\n\n\n\n

Els esculls<\/strong> marins s\u00f3n estructures f\u00edsiques<\/strong> generades per \u00e9ssers vius que protegeixen<\/strong> el litoral<\/strong> i s\u00f3n punts amb una elevada riquesa de diversitat<\/strong>. Malgrat que la majoria d\u2019esculls marins estan formats per coralls<\/a>, al Mediterrani la majoria d\u2019ells provenen d’estructures calc\u00e0ries produ\u00efdes per algunes algues o esponges<\/strong>. Tot i aix\u00ed, a la costa del Pa\u00eds Valenci\u00e0, a les illes Columbretes, tenim una esp\u00e8cie singular: Cladocora caespitosa<\/em>, que \u00e9s l\u2019\u00fanic corall que forma esculls a les nostres costes<\/strong>. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n
\"\"
Cladocora caespitosa<\/em>. Cr\u00e8dit: Diego Kersting, IBE.<\/figcaption><\/figure><\/div>\n\n\n\n
<\/div>\n\n\n\n

Per\u00f2 Cladocora <\/em>t\u00e9 altres caracter\u00edstiques que la fan especial. I \u00e9s que, a difer\u00e8ncia de la majoria de coralls, ret\u00e9 les esp\u00e8cies que viuen en simbiosi al seu interior. Per aix\u00f2, quan es donen circumst\u00e0ncies ambientals adverses, com podria ser un augment de temperatures sobtat, els simbionts no poden sortir i moren amb l\u2019hoste. <\/p>\n\n\n\n

Per tot plegat el grup d\u2019ecologia microbiana i evoluci\u00f3<\/a> de l\u2019Institut de Biologia Evolutiva (IBE: CSIC-UPF)<\/a>, liderat pel Javier del Campo<\/strong><\/a> s\u2019ha fixat en ella. A m\u00e9s, Cladocora<\/em> \u00e9s una esp\u00e8cie en perill d\u2019extinci\u00f3. Per aix\u00f2 cal \u201ctenir informaci\u00f3 gen\u00f2mica de qualitat<\/strong> el m\u00e9s aviat possible per generar eines \u00fatils per a la seva conservaci\u00f3 i preservaci\u00f3<\/strong>\u201d. <\/p>\n\n\n\n

L’equip lideat per del Campo, espera que aquest genoma els ajudi a estudiar l\u2019efecte del canvi clim\u00e0tic<\/a> en l\u2019expressi\u00f3 dels gens d\u2019aquest corall. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Una esponja rara i un cten\u00f2for invasor<\/h3>\n\n\n\n

\u201cLes esponges<\/strong> s\u00f3n animals poc emblem\u00e0tics<\/strong>, i sovint no en tenim massa informaci\u00f3<\/strong>. I de les esponges calc\u00e0ries, menys!\u201d. Aix\u00ed \u00e9s com l\u2019Arnau Seb\u00e9-Pedr\u00f3s, cap del grup de gen\u00f2mica de c\u00e8l\u00b7lula \u00fanica i evoluci\u00f3<\/a> del Centre de Regulaci\u00f3 Gen\u00f2mica (CRG)<\/a> presenta Clarthrina clathrus<\/strong>, <\/em>una esponja calc\u00e0ria<\/strong> que habita les aig\u00fces de l\u2019Atl\u00e0ntic i el Mediterrani. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n
\"\"
Clarthrina clathrus<\/em>. Cr\u00e8dit: Wikicommons.<\/figcaption><\/figure><\/div>\n\n\n\n
<\/div>\n\n\n\n

\u201cLes esponges calc\u00e0ries i la resta de les esponges s\u2019assemblen tant entre elles com ens podem assemblar una Drosophila<\/em> i un hum\u00e0<\/strong>\u201d, explica Seb\u00e9-Padr\u00f3s. Per aix\u00f2 generar un genoma de qualitat de Clarthrina<\/em>, permetr\u00e0 tenir un genoma de refer\u00e8ncia \u201cde proximitat\u201d<\/strong> del llinatge per estudiar els tipus cel\u00b7lulars que tenen<\/strong>, com \u00e9s la seva biologia cel\u00b7lular i molecular i la seva evoluci\u00f3. Per fer-ho, treballen amb la bi\u00f2loga experta en esponges, Ana Riesgo<\/a><\/strong>, amb qui han anat a Blanes a recol\u00b7lectar l\u2019esponja. <\/p>\n\n\n\n

Estudiar aquests organismes singulars, que evolutivament ens queden molt lluny, fa que puguem descobrir<\/strong> noves vies metab\u00f2liques<\/strong> o mol\u00e8cules<\/strong> de les que en podem treure profit, com \u00e9s el cas de l\u2019antitumoral citarabina<\/strong>, descobert en una esponja marina<\/a>. <\/p>\n\n\n\n

Per\u00f2 l\u2019Arnau tamb\u00e9 vol seq\u00fcenciar el genoma d\u2019una esp\u00e8cie molt abundant. El cten\u00f2for Mnemiopsis leidyi<\/em><\/strong>,<\/em> una esp\u00e8cie invasora al Mediterrani<\/strong> que creix desmesuradament en determinades condicions. \u201cA les badies interiors del delta de l\u2019Ebre quan hi ha un creixement sobtat de Mnemiopsis leidyi<\/em> diuen que hi ha \u2018mala aigua\u2019, perqu\u00e8 l\u2019aigua es torna densa\u201d, explica Seb\u00e9-Padr\u00f3s.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n
\"\"
Mnemiopsis leidyi<\/em>. Cr\u00e8dit: Wikicommons. <\/figcaption><\/figure><\/div>\n\n\n\n
<\/div>\n\n\n\n

I \u00e9s que \u201cels cten\u00f2fors s\u00f3n com les meduses, que com m\u00e9s degradats estan els oceans, millor els va<\/strong>\u201d. L’estudi del seu genoma<\/strong> permetr\u00e0 explicar<\/strong> el seu creixement<\/strong> i ajudar\u00e0 a entendre <\/strong>millor el desenvolupament animal i l’<\/strong>origen de les neurones<\/strong><\/a>. Per aix\u00f2 l\u2019Arnau en vol seq\u00fcenciar el genoma. Tot i que no ser\u00e0 el primer, espera millorar la qualitat del genoma original que es va seq\u00fcenciar fa 10 anys. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

El canvi clim\u00e0tic, la gran amena\u00e7a<\/h3>\n\n\n\n

Malgrat que sembli que aquestes quatre esp\u00e8cies no tenen res en com\u00fa, la crisi clim\u00e0tica est\u00e0 condicionant la seva pres\u00e8ncia al medi<\/strong>. Per\u00f2 l\u2019\u00fanica esp\u00e8cie que en surt beneficiada \u00e9s Mnemiopsis leidyi<\/em>. <\/p>\n\n\n\n

En general, \u201cel canvi clim\u00e0tic compromet les condicions ideals del desenvolupament dels organismes<\/a><\/strong>\u201d, explica del Campo. I les esp\u00e8cies marines s\u00e8ssils (que viuen enganxades al fons mar\u00ed i no poden escapar-se nedant), com els coralls i les esponges, estan m\u00e9s amena\u00e7ades. Segons el bi\u00f2leg, \u201cel canvi clim\u00e0tic<\/strong> causa un augment de la temperatura de l\u2019aigua<\/strong> per\u00f2 tamb\u00e9 afavoreix la proliferaci\u00f3 de pat\u00f2gens causants de malalties emergents<\/strong>. Tot plegat, altera el microbioma<\/a><\/strong> dels organismes marins, compromet el seu sistema immunitari <\/strong>i acaba amena\u00e7ant esp\u00e8cies com la nacra mediterr\u00e0nia que est\u00e0 en perill cr\u00edtic d\u2019extinci\u00f3 des de 2016\u201d.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

El canvi clim\u00e0tic causa un augment de la temperatura de l\u2019aigua i afavoreix la proliferaci\u00f3 de pat\u00f2gens causants de malalties emergents.<\/p>Javier del Campo<\/strong>, investigador principal a l’IBE.<\/cite><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

A l’alta muntanya, l\u2019augment de temperatures augmenta la compet\u00e8ncia entre esp\u00e8cies. La sargantana roquera<\/strong> (Podarcis muralis<\/em>), que t\u00e9 un cicle de vida m\u00e9s llarg que la sargantana pallaresa i habita les zones baixes de tot el Pirineu, ha ampliat la seva distribuci\u00f3<\/strong>. \u201cEn els \u00faltims mostreigs hem vist sargantana roquera a 2000m – on viu la pallaresa -, en zones on no l\u2019hav\u00edem vist mai\u201d, explica Salvador Carranza. I encara que, a dia d\u2019avui, les dues esp\u00e8cies encara no competeixen<\/strong>, estan separades per poc m\u00e9s de 100m. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

El projecte del BioGenoma Catal\u00e0<\/h3>\n\n\n\n

Sigui per fer front a la crisi clim\u00e0tica o per entendre l\u2019evoluci\u00f3 de les esp\u00e8cies, tenir nous genomes generar\u00e0 nous coneixements<\/strong>. Cosa que segons del Campo \u201cja t\u00e9 valor, per s\u00e9. I \u00e9s que all\u00f2 que avui no saps per a qu\u00e8 serveix, dem\u00e0 pot ser crucial per sortir d\u2019una pand\u00e8mia<\/strong>\u201d, explica. Aquest coneixement <\/strong>ser\u00e0 molt valu\u00f3s<\/strong> per professionals com el Salvador Carranza que, malgrat con\u00e8ixer la biologia, l\u2019ecologia, la taxonomia i la fisiologia d\u2019algunes esp\u00e8cies, fa anys que li queden preguntes per respondre<\/strong>. <\/strong><\/p>\n\n\n\n

A m\u00e9s, la iniciativa catalana ha unit dues comunitats de personal investigador que no sempre cohabitaven<\/strong>. \u201cEns trobem gent del museu d\u2019hist\u00f2ria natural i de l\u2019institut bot\u00e0nic amb gent que fem estudis gen\u00f2mics, i s\u2019estan generant noves xarxes de col\u00b7laboraci\u00f3 que valen molt la pena\u201d, explica Arnau Seb\u00e9-Padr\u00f3s.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Ens trobem gent del museu d\u2019hist\u00f2ria natural amb gent que fem estudis gen\u00f2mics i sorgeixen col\u00b7laboracions que valen molt la pena.<\/p>Arnau Seb\u00e9-Padr\u00f3s<\/strong>, cap de grup al CRG.<\/cite><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Aquesta iniciativa local \u201cposa el focus<\/strong> en esp\u00e8cies end\u00e8miques<\/strong> del sud d\u2019Europa que no serien estudiades per cap iniciativa mundial<\/strong>\u201d, apunta Seb\u00e9 -Padr\u00f3s. I \u201cposiciona el sud d\u2019europa en projectes de recerca d\u2019abast mundial\u201d<\/strong>. I \u00e9s que, a una escala m\u00e9s petita, equipara el Catalan BioGenome project amb projectes ambiciosos com el Darwin tree of life del Regne Unit.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

La iniciativa Catalana pel Projecte del BioGenoma de la Terra ha reconegut els projectes presentats pel Salvador Carranza i el Javier del Campo de l\u2019IBE i l\u2019Arnau Seb\u00e9 del CRG.<\/p>\n","protected":false},"author":26,"featured_media":27872,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[30,26],"tags":[259,265,283,706,811],"new-type":[38,35],"class_list":["post-27816","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-ciencia-i-societat","category-recerca","tag-biodiversitat","tag-crg-ca","tag-evolucio","tag-genomica","tag-ibe","new-type-a-fons","new-type-noticies"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/27816","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/users\/26"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=27816"}],"version-history":[{"count":20,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/27816\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":27964,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/27816\/revisions\/27964"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media\/27872"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=27816"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=27816"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=27816"},{"taxonomy":"new-type","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/new-type?post=27816"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}