{"id":26633,"date":"2021-12-09T18:07:59","date_gmt":"2021-12-09T17:07:59","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=26633"},"modified":"2022-02-08T10:40:47","modified_gmt":"2022-02-08T09:40:47","slug":"seqera-labs-un-recorregut-fructifer-de-la-recerca-basica-a-la-creacio-duna-empresa","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/seqera-labs-un-recorregut-fructifer-de-la-recerca-basica-a-la-creacio-duna-empresa\/","title":{"rendered":"Seqera Labs: un recorregut fruct\u00edfer de la recerca b\u00e0sica a la creaci\u00f3 d’una empresa"},"content":{"rendered":"\n

Els estudis de bioci\u00e8ncies i salut es basen cada cop m\u00e9s en decisions preses a partir de dades complexes<\/strong>. Progressivament, les dades de seq\u00fcenciaci\u00f3, les imatges d’alta resoluci\u00f3 o els registres m\u00e8dics complexos s’analitzen mitjan\u00e7ant algorismes per trobar els millors resultats. Per altra banda, les solucions al n\u00favol s\u00f3n cada cop m\u00e9s populars per emmagatzemar grans quantitats de dades<\/strong>. Per aix\u00f2, en aquest entorn biol\u00f2gic on hi habiten les TIC, les solucions que permeten als investigadors simplificar l’an\u00e0lisi de les seves dades complexes s\u00f3n, cada vegada, m\u00e9s populars.<\/p>\n\n\n\n

Seqera Labs<\/a><\/strong> \u00e9s una plataforma de flux de treball i orquestraci\u00f3 de dades<\/strong> amb seu a Barcelona que permet al personal investigador analitzar grans quantitats de dades biol\u00f2giques d’una manera senzilla, segura, r\u00e0pida i col\u00b7laborativa. L’empresa, que va sortir del Centre de Regulaci\u00f3 Gen\u00f2mica (CRG)<\/a>, acaba de recaptar 5,5 milions de d\u00f2lars en finan\u00e7ament i t\u00e9 previst ampliar la seva pres\u00e8ncia a Am\u00e8rica del Nord.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Una empresa que va n\u00e9ixer al laboratori<\/strong><\/h3>\n\n\n\n

L’any 2010, els investigadors del grup de recerca en bioinform\u00e0tica i gen\u00f2mica del CRG, Paolo Di Tommaso<\/strong> i m\u00e9s tard Evan Floden<\/strong>, juntament amb el seu supervisor, Cedric Notredame<\/strong>, van comen\u00e7ar a discutir les possibilitats de simplificar la compilaci\u00f3 i l’an\u00e0lisi de dades al n\u00favol d’una manera f\u00e0cil i col\u00b7laborativa<\/strong>. Tres anys m\u00e9s tard, Nextflow<\/strong><\/a> es va publicar com a codi obert<\/strong> i aviat va sorgir una petita comunitat d’usuaris. <\/p>\n\n\n\n

Una d\u00e8cada despr\u00e9s, Nextflow t\u00e9 m\u00e9s de 10.000 usuaris a tot el m\u00f3n<\/strong>. \u00abMantenim la tecnologia sense restriccions<\/strong> perqu\u00e8 creiem en l’acc\u00e9s obert<\/a><\/strong> i aix\u00f2 \u00e9s el que permet que la gent ens conegui\u00bb, diu Di Tommaso. Tanmateix, tamb\u00e9 han creat Seqera<\/strong><\/a> per facilitar la gesti\u00f3 i el control de dades dels fluxos de treball de Nextflow per part de les organitzacions<\/strong>. Actualment, Seqera ja ofereix programari comercial a 40 organitzacions entre hospitals, empreses farmac\u00e8utiques i start-ups biom\u00e8diques d’Europa i els Estats Units. <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Nextflow \u00e9s un programari obert i gratuit, mentre que Seqera \u00e9s una empresa que ofereix a les organitzacions un servei de gesti\u00f3 i control de fluxos de treball de Nextflow.<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

El n\u00favol: la clau per garantir la seguretat i la viabilitat econ\u00f2mica<\/strong><\/h3>\n\n\n\n

Un dels principals avantatges de Seqera \u00e9s que permet<\/strong> als usuaris fer les an\u00e0lisis al n\u00favol<\/strong>. D’aquesta manera, es redueix el cost de l’an\u00e0lisi<\/strong> mentre les dades es mantenen en un entorn segur<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n

Amb aquest sistema basat en el n\u00favol, s\u00f3n capa\u00e7os d’analitzar grans quantitats de dades, principalment dades de seq\u00fcenciaci\u00f3<\/strong>. Ajuden els usuaris a fer an\u00e0lisis variades com la vigil\u00e0ncia de pat\u00f2gens<\/strong>, el desenvolupament d’immunoter\u00e0pies personalitzades<\/strong> o la generaci\u00f3 de vacunes o tractaments personalitzats<\/strong> basats en dades de seq\u00fcenciaci\u00f3 d’individus, mentre que tamb\u00e9 assisteixen institucions de recerca tradicionals com SciLifeLab<\/a>, QBic o l’Institut Sanger<\/a>.<\/p>\n\n\n\n

\u00abEl nostre programari b\u00e0sic, Nextflow, \u00e9s realment obert i creix per s\u00ed mateix<\/strong>. Un bon exemple \u00e9s l’adaptaci\u00f3 que n’ha fet el consorci COVID del Regne Unit<\/a> que ha analitzat la seq\u00fc\u00e8ncia SARS-Cov-2 en mostres d’aproximadament el 10% de la poblaci\u00f3 del Regne Unit amb COVID19. Aix\u00f2 ha donat lloc a la identificaci\u00f3 de les variants alfa i delta i s’ha replicat arreu del m\u00f3n<\/strong>\u00ab, explica Floden.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u00abNextflow ha estat utilitzat pel consorci COVID del Regne Unit per analitzar la seq\u00fc\u00e8ncia SARS-Cov-2 en el 10% de la poblaci\u00f3, donant lloc a la identificaci\u00f3 de les variants alfa i delta\u00bb
Evan Floden<\/strong> (CEO i co-fundador de Seqera)<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Un futur prometedor<\/strong><\/h3>\n\n\n\n

Aquesta tardor, Seqera va recaptar 5,5 milions de d\u00f2lars en finan\u00e7ament<\/strong> de Talis Capital<\/a>, Speedinvest<\/a>, BoxOne Ventures<\/a> i una subvenci\u00f3 de la Chan Zuckerberg Initiative<\/a>. \u00abAquesta \u00e9s una fita important<\/strong> pel que fa a la nostra capacitat de creixement<\/strong>. Fa 18 mesos, nom\u00e9s \u00e9rem dues persones. Ara, tenim un equip de 20 persones que inclou enginyers, arquitectes de solucions, personal de vendes i desenvolupadors, i esperem tornar a duplicar l’equip abans de finals de l’any vinent\u201d, assenyala Floden.<\/p>\n\n\n\n

Tanmateix, fundar una empresa<\/a> va m\u00e9s enll\u00e0 del seu creixement. \u201cGestionar una empresa \u00e9s completament diferent de la recerca b\u00e0sica<\/strong>. Mirant enrere, hem apr\u00e8s un munt de coses; des de familiaritzar-nos amb el vocabulari empresarial fins a gestionar un proc\u00e9s de recaptaci\u00f3 de fons o contractar un equip de vendes. I encara ens queda molt per aprendre per dur l’empresa m\u00e9s enll\u00e0\u201d, diu Di Tommaso.  <\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

La necessitat de disposar d’una eina d’an\u00e0lisi va portar els investigadors a produir un programari revolucionari que s’ha convertit en una exitosa empresa d’inform\u00e0tica al n\u00favol.<\/p>\n","protected":false},"author":26,"featured_media":26630,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[32],"tags":[763,265,706,726,654,589],"new-type":[38,35],"class_list":["post-26633","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-vida-cientifica","tag-comunitat","tag-crg-ca","tag-genomica","tag-innovacio","tag-sequenciacio","tag-tecnologia","new-type-a-fons","new-type-noticies"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/26633","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/users\/26"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=26633"}],"version-history":[{"count":10,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/26633\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":27899,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/26633\/revisions\/27899"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media\/26630"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=26633"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=26633"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=26633"},{"taxonomy":"new-type","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/new-type?post=26633"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}