{"id":23348,"date":"2021-06-29T11:06:25","date_gmt":"2021-06-29T09:06:25","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=23348"},"modified":"2021-07-07T08:54:43","modified_gmt":"2021-07-07T06:54:43","slug":"el-projecte-del-biogenoma-de-la-terra-laixopluc-de-la-biodiversitat-del-planeta","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/el-projecte-del-biogenoma-de-la-terra-laixopluc-de-la-biodiversitat-del-planeta\/","title":{"rendered":"El projecte del biogenoma de la Terra: l&#8217;aixopluc de la biodiversitat del planeta"},"content":{"rendered":"\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Cada cop m\u00e9s, la comunitat cient\u00edfica t\u00e9 clar que <a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/elena-casacuberta-ibe-lequip-es-basic-en-ciencia\/\" target=\"_blank\">per avan\u00e7ar cal treballar en equip<\/a>. Per aix\u00f2, i per assolir l\u2019objectiu ambici\u00f3s de <strong>seq\u00fcenciar el genoma de totes les esp\u00e8cies eucariotes que habiten el planeta Terra<\/strong>, s\u2019ha gestat el <a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.earthbiogenome.org\/goals\" target=\"_blank\"><strong>Projecte del Biogenoma de la Terra<\/strong><\/a> (EBP per les seves sigles en angl\u00e8s). <\/p>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">\u201c\u00c9s un projecte paraigua que agrupa nodes de treball que, amb una <strong>orientaci\u00f3 taxon\u00f2mica<\/strong> o <strong>geogr\u00e0fica<\/strong>, pretenen obtenir <strong>genomes d\u2019alta qualitat<\/strong> de les diferents esp\u00e8cies que habiten el planeta\u201d, explica <strong>Roderic Guig\u00f3<\/strong>, cap del grup de biologia computacional del processament de l\u2019ARN, coordinador del programa de bioinform\u00e0tica al<a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"http:\/\/www.crg.eu\/\" target=\"_blank\"> Centre de Regulaci\u00f3 Gen\u00f2mica (CRG)<\/a> i catedr\u00e0tic del <a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.upf.edu\/web\/biomed\" target=\"_blank\">Departament de Ci\u00e8ncies Experimentals i de la Salut, Universitat Pompeu Fabra (DCEXS-UPF)<\/a>.<\/p>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Efectivament, dincs l\u2019EBP s\u2019integren diversos projectes o<strong> nodes de treball <\/strong>que s\u2019organitzen a petita o gran escala i <strong>aporten finan\u00e7ament<\/strong>. Aquests poden estar enfocats en:<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li><strong>Organismes<\/strong>: com el <a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/tomas-marques-bonet-ibe-volem-sequenciar-les-70-000-especies-de-vertebrats-en-els-proxims-10-anys\/\" target=\"_blank\">projecte del genoma dels vertebrats<\/a> (VPG), que est\u00e0 centrat en vertebrats, o el I5K centrat en insectes.<\/li><li><strong>Regions<\/strong>: com el <a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.darwintreeoflife.org\/\" target=\"_blank\">Darwin Tree of Life<\/a>, a les Illes Brit\u00e0niques; la iniciativa catalana del EBP als Pa\u00efsos Catalans o el European Reference Genome Atlas (ERGA) a nivell de tota Europa.<\/li><\/ul>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">A m\u00e9s, l\u2019EBP pret\u00e9n \u201c<strong>establir una manera de treballar<\/strong> per tal que tots els genomes tinguin uns mateixos est\u00e0ndards de qualitat\u201d, explica <strong>Rosa Fern\u00e1ndez<\/strong>, cap del laboratori de filogen\u00f2mica dels metazous de <a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.ibe.upf-csic.es\/\" target=\"_blank\">Institut de Biologia Evolutiva (IBE: CSIC-UPF)<\/a>.&nbsp;<\/p>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">L\u2019EBP neix amb tres objectius clars:<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li><strong>con\u00e8ixer la biodiversitat<\/strong> de la Terra per a poder protegir-la<\/li><li><strong>entendre com funcionen els ecosistemes<\/strong><\/li><li>obtenir <strong>beneficis pel benestar hum\u00e0<\/strong><\/li><\/ul>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Per\u00f2 els investigadors encara hi veuen m\u00e9s avantatges. \u201cL\u2019EBP ens permetr\u00e0 <strong>aprendre<\/strong> molt\u201d, explica la Rosa Fern\u00e1ndez amb emoci\u00f3. Durant molts anys, \u201cl<strong>a gen\u00e8tica ha desenvolupat un munt de t\u00e8cniques per estudiar en profunditat<\/strong> les esp\u00e8cies que generen m\u00e9s inter\u00e8s: els <a href=\"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/els-animals-en-la-recerca-biomedica\/\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\"><strong>organismes model<\/strong><\/a><strong> i els vertebrats<\/strong>\u201d. I ara ha arribat el \u201cmoment d\u2019<strong>aplicar totes aquestes eines a altres esp\u00e8cies<\/strong>\u201d, diu la bi\u00f2loga evolutiva.<\/p>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Segons Fern\u00e1ndez, <strong>desconeixem moltes esp\u00e8cies que s\u00f3n clau pel manteniment dels ecosistemes<\/strong>, com ara els cucs de terra, nom\u00e9s <strong>perqu\u00e8 \u201cs\u00f3n poc atractius pel p\u00fablic general<\/strong> i pocs cient\u00edfics treballen amb ells.\u201d <\/p>\n\n\n\n<div style=\"height:20px\" aria-hidden=\"true\" class=\"wp-block-spacer\"><\/div>\n\n\n\n<blockquote class=\"wp-block-quote is-layout-flow wp-block-quote-is-layout-flow\"><p>Ha arribat el moment d&#8217;aplicar les eines i t\u00e8cniques gen\u00e8tiques que s&#8217;han desenvolupat en els darrers anys a altres esp\u00e8cies, m\u00e9s enll\u00e0 dels&nbsp;organismes model&nbsp;i els vertebrats.<br><strong>Rosa Fern\u00e1ndez (IBE)<\/strong><\/p><\/blockquote>\n\n\n\n<div style=\"height:20px\" aria-hidden=\"true\" class=\"wp-block-spacer\"><\/div>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>Catalunya lidera una potent iniciativa local&nbsp;<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Aquest any, el grup de filogen\u00f2mica dels metazous que lidera la Rosa Fern\u00e1ndez, ha aconseguit una de les vuit beques que ha convocat la <a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/scb.iec.cat\/\" target=\"_blank\">Societat Catalana de Biologia<\/a> per impulsar el <a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.scb.cat\/biogenoma\/\" target=\"_blank\"><strong>projecte del biogenoma catal\u00e0<\/strong><\/a>, una iniciativa d\u2019orientaci\u00f3 geogr\u00e0fica, que pret\u00e9n <strong>seq\u00fcenciar totes les esp\u00e8cies eucariotes dels Pa\u00efsos Catalans<\/strong>. Amb aquest ajut,  podran seq\u00fcenciar el genoma de <em>Norana najaformis,<\/em> \u201cuna esp\u00e8cie de <strong>cuc de terra gegant <\/strong>que t\u00e9 una <strong>distribuci\u00f3 molt redu\u00efda a Catalunya a la zona de l&#8217;Ordal<\/strong>\u201d, explica la directora.&nbsp;<\/p>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">A dia d\u2019avui, en la iniciativa catalana \u201chi treballen activament instituts a Val\u00e8ncia, el principat, Catalunya nord, Andorra i Mallorca\u201d, explica Roderic Guig\u00f3. I \u00e9s que <strong>l\u2019acollida del projecte al territori ha estat molt bona<\/strong>, gr\u00e0cies a \u201cla <strong>gran afici\u00f3 naturalista que hi ha al pa\u00eds<\/strong>.\u201d Per\u00f2 el bioinform\u00e0tic destaca altres aspectes que fan que la iniciativa catalana tingui un gran impacte. \u201cLa situaci\u00f3 de <strong>Catalunya<\/strong> entre el mediterrani i els Pirineus fa que tingui una <strong>gran riquesa d\u2019esp\u00e8cies<\/strong>. Tot i ser un territori petit, aqu\u00ed hi viuen prop del 30% de les esp\u00e8cies que es poden trobar a Europa. I, a m\u00e9s a m\u00e9s, aqu\u00ed tenim les <strong>infraestructures adequades per a poder produir genomes de gran qualitat<\/strong>, com ara el <a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.cnag.crg.eu\/\" target=\"_blank\">Centre Nacional d&#8217;An\u00e0lisi Gen\u00f2mica<\/a> (afiliat al CRG; CNAG-CRG) i el <a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/www.bsc.es\/\" target=\"_blank\">Barcelona Supercomputing Center<\/a>.\u201d<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height:69px\" aria-hidden=\"true\" class=\"wp-block-spacer\"><\/div>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>L\u2019ERGA, la iniciativa europea<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">El passat mes d\u2019octubre, representants de diversos pa\u00efsos europeus van crear l\u2019<a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/vertebrategenomesproject.org\/erga\" target=\"_blank\"><strong>ERGA<\/strong><\/a>, l&#8217;<strong>atles europeu de refer\u00e8ncia dels genomes, <\/strong>una gran iniciativa per contribuir a l\u2019EBP a nivell d\u2019Europa. I la Rosa \u00e9s una de les dues representants espanyoles que participa en el consell. Ella explica que \u201c<strong>en poc temps ja som m\u00e9s de 500 membres<\/strong> entre experts en taxonomia, seq\u00fcenciaci\u00f3 i computaci\u00f3 <strong>que treballem de manera connectada i coordinada per generar xarxes productives i sumar els coneixements cient\u00edfics d\u2019uns i altres<\/strong>.\u201d\u00a0\u00a0<\/p>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Malgrat que el projecte \u00e9s molt jove, des de l\u2019ERGA ja han comen\u00e7at a treballar en un primer projecte pilot que ha posat el focus en \u201cels <strong>nematomorfs<\/strong>, un <strong>fil\u00b7lum molt desconegut del qual ni tan sols se\u2019n coneix la seva posici\u00f3 a l\u2019arbre de la vida<\/strong>\u201d, explica Fern\u00e1ndez.&nbsp;<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height:69px\" aria-hidden=\"true\" class=\"wp-block-spacer\"><\/div>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>Les claus per aconseguir una bona seq\u00fc\u00e8ncia&nbsp;<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Tots els nodes de treball de l\u2019EBP tenen un objectiu com\u00fa: <strong>obtenir genomes d\u2019alta qualitat del m\u00e0xim d\u2019esp\u00e8cies<\/strong>. Per aix\u00f2 ha estat clau la millora de la t\u00e8cnica. \u201c<strong>La tecnologia per seq\u00fcenciar genomes ha millorat molt en aquesta \u00faltima d\u00e8cada<\/strong>\u201d, explica Tyler Alioto cap del <a href=\"https:\/\/www.cnag.crg.eu\/teams\/genome-research-unit\/genome-assembly-and-annotation-team\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">grup de d\u2019anotaci\u00f3 i ensamblatge del genoma<\/a> del CNAG-CRG. \u201c<strong>Fa deu anys<\/strong>, tan sols <strong>pod\u00edem seq\u00fcenciar fragments d\u2019alguns centenars de bases<\/strong> <strong>i ara seq\u00fcenciem regions de centenars de milers de bases<\/strong>\u201d. I tenir regions m\u00e9s grans facilita ensamblar aquestes regions en el genoma.&nbsp;<\/p>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">En Tyler explica que \u201c<strong>fa una d\u00e8cada ensamblar el genoma era com fer un puzle de 5000 peces molt petites<\/strong>.\u201d Si el genoma fos un puzle d\u2019un paisatge \u201chauries tingut moltes peces blaves amb un tros de cel. <strong>Ara, les peces s\u00f3n m\u00e9s grans i \u00faniques<\/strong> i a banda d\u2019un tros de cel hi ha una part d\u2019un arbre o d\u2019una muntanya. <strong>Per tant, \u00e9s m\u00e9s f\u00e0cil ordenar aquest puzle.<\/strong>\u201d\u00a0\u00a0<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height:43px\" aria-hidden=\"true\" class=\"wp-block-spacer\"><\/div>\n\n\n\n<blockquote class=\"wp-block-quote is-layout-flow wp-block-quote-is-layout-flow\"><p><em>\u201cFa una d\u00e8cada ensamblar el genoma era com fer un puzzle de 5000 peces molt petites. Ara, les peces s\u00f3n m\u00e9s grans i \u00faniques i \u00e9s m\u00e9s f\u00e0cil ordenar el puzzle\u201d <\/em><\/p><p><em><strong>Tyler Alioto<\/strong>; CNAG-CRG<\/em><\/p><\/blockquote>\n\n\n\n<div style=\"height:43px\" aria-hidden=\"true\" class=\"wp-block-spacer\"><\/div>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Tot i aix\u00f2, en el proc\u00e9s de \u201cseq\u00fcenciar genomes de qualitat encara hi ha tres colls d\u2019ampolla. El primer, \u00e9s <strong>identificar i classificar b\u00e9 les esp\u00e8cies<\/strong>.\u201d Per aix\u00f2 calen bons tax\u00f2noms. En segon lloc \u00e9s clau \u201cpreservar b\u00e9 les mostres per extreure\u2019n un <strong>ADN de qualitat<\/strong>. I el tercer, poder <strong>seq\u00fcenciar regions cada cop m\u00e9s llargues<\/strong> per poder-les ensamblar f\u00e0cilment\u201d, explica Alioto.&nbsp;<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height:69px\" aria-hidden=\"true\" class=\"wp-block-spacer\"><\/div>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>Les aplicacions de l\u2019EBP<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Potser alguns us pregunteu si t\u00e9 sentit aquest <strong>esfor\u00e7 de comunicaci\u00f3 i cooperaci\u00f3 internacional<\/strong> pel sol fet d&#8217;aconseguir tenir una biblioteca de genomes de les esp\u00e8cies eucariotes. Si b\u00e9 els genomes nom\u00e9s s\u00f3n el primer pas per <strong>con\u00e8ixer i preservar millor la biodiversitat<\/strong>.&nbsp;<\/p>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Segons Fern\u00e1ndez, \u201c<strong>tenir els genomes ens permet comparar les peces gen\u00e8tiques<\/strong> de diferents esp\u00e8cies <strong>i entendre com ha sigut l\u2019evoluci\u00f3<\/strong> dels gens\u201d. Per\u00f2 aquesta eina no nom\u00e9s serveix per estudiar l\u2019evoluci\u00f3. Alioto afegeix que \u201c<a rel=\"noreferrer noopener\" href=\"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/quan-la-genomica-ajuda-a-salvar-els-ximpanzes\/\" target=\"_blank\">seq\u00fcenciar genomes de varis individus d\u2019una poblaci\u00f3, \u00e9s una bona eina per entendre si <strong>una esp\u00e8cie est\u00e0 en perill, per qu\u00e8 ho est\u00e0<\/strong> i poder, a partir d\u2019aqu\u00ed, prendre <strong>mesures per a recuperar-la<\/strong><\/a>\u201d.\u00a0<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height:49px\" aria-hidden=\"true\" class=\"wp-block-spacer\"><\/div>\n\n\n\n<blockquote class=\"wp-block-quote is-layout-flow wp-block-quote-is-layout-flow\"><p><em>\u201c<a href=\"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/la-sisena-extincio-causada-per-lesser-huma\/\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">Estem vivint una extinci\u00f3 massiva deguda a l\u2019activitat de l\u2019home<\/a>. Per aix\u00f2 tenim la oportunitat i l\u2019obligaci\u00f3 de fer tot el possible per preservar la biodiversitat.\u201d <\/em><\/p><p><em> <strong>Tyler Alioto<\/strong><\/em>; CNAG-CRG<\/p><\/blockquote>\n\n\n\n<div style=\"height:49px\" aria-hidden=\"true\" class=\"wp-block-spacer\"><\/div>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">I no nom\u00e9s aix\u00f2. Mirant al futur, \u201cuna \u00e0rea que tot just comen\u00e7a ara, tot i que \u00e9s una mica pol\u00e8mica, \u00e9s utilitzar les tecnologies gen\u00e8tiques per a fer conservaci\u00f3 de les esp\u00e8cies\u201d, explica Guig\u00f3. N\u2019\u00e9s un exemple Austr\u00e0lia, on no hi ha esp\u00e8cies aut\u00f2ctones de gripaus t\u00f2xics. L\u2019any 1935 hi van introduir el gripau gegant. Un animal que davant l&#8217;amena\u00e7a, allibera una toxina que causa arrest card\u00edac als animals que l\u2019intenten depredar i moren. <a href=\"https:\/\/www.newyorker.com\/magazine\/2021\/01\/18\/crispr-and-the-splice-to-survive\">Mitjan\u00e7ant la tecnologia CRISPR, cient\u00edfics australians van \u201cdetoxificar\u201d els gripaus<\/a> per aturar els efectes en la fauna aut\u00f2ctona causats per aquest amfibi.\u00a0<\/p>\n\n\n\n<p class=\"wp-block-paragraph\">Sigui com sigui, <strong>no es pot protegir el que no es coneix<\/strong>. Per aix\u00f2 val la pena \u201ctapar el forat negre degut a la manca d\u2019informaci\u00f3 que tenim de la hist\u00f2ria natural\u201d, conclou Fern\u00e1ndez.<\/p>\n\n\n\n<div style=\"height:66px\" aria-hidden=\"true\" class=\"wp-block-spacer\"><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Un projecte que combina taxonomia, gen\u00e8tica i seq\u00fc\u00e8nciaci\u00f3 suma esfor\u00e7os per con\u00e8ixer els genomes de les esp\u00e8cies eucariotes de la Terra.<\/p>\n","protected":false},"author":26,"featured_media":23360,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[26],"tags":[259,283,289,706],"new-type":[35],"class_list":["post-23348","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-recerca","tag-biodiversitat","tag-evolucio","tag-genoma","tag-genomica","new-type-noticies"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/23348","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/users\/26"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=23348"}],"version-history":[{"count":25,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/23348\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":23853,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/23348\/revisions\/23853"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media\/23360"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=23348"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=23348"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=23348"},{"taxonomy":"new-type","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/new-type?post=23348"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}