{"id":20513,"date":"2021-02-26T13:35:05","date_gmt":"2021-02-26T12:35:05","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=20513"},"modified":"2021-03-24T20:49:26","modified_gmt":"2021-03-24T19:49:26","slug":"descobrint-el-naixement-de-gens-de-novo-en-llevats-mitjancant-la-transcriptomica","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/descobrint-el-naixement-de-gens-de-novo-en-llevats-mitjancant-la-transcriptomica\/","title":{"rendered":"Descobrint el naixement de gens de novo en llevats mitjan\u00e7ant la transcript\u00f2mica"},"content":{"rendered":"\n

Vaig con\u00e8ixer la Mar Alb\u00e0<\/strong><\/a> a l\u2019octubre del 2013 quan comen\u00e7ava el m\u00e0ster en Bioinform\u00e0tica a la Universitat Pompeu Fabra. Va ser la professora d\u2019un curs anomenat Principis de la Bioinform\u00e0tica del Genoma<\/em>, on vam aprendre alguns dels conceptes b\u00e0sics essencials de la bioinform\u00e0tica<\/a>, a m\u00e9s d\u2019obtenir una formaci\u00f3 pr\u00e0ctica.<\/p>\n\n\n\n

Quan va arribar el moment de triar un projecte per a la meva tesi de m\u00e0ster, vaig decidir unir-me al laboratori de la Mar despr\u00e9s d\u2019escoltar la seva investigaci\u00f3 per esbrinar com neixen els gens de novo<\/em><\/strong><\/a>. La Mar va suggerir-me que lleg\u00eds un article molt interessant anomenat \u00abProto-genes and de novo<\/em> gene birth<\/a>\u00ab, que proposava que centenars de gens de novo<\/em> recents del llevat poden tenir un potencial adaptatiu real. Em va captivar el misteri que envoltava aquests gens de novo<\/em><\/strong> i les possibles profundes conseq\u00fc\u00e8ncies evolutives de la seva exist\u00e8ncia.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u00abEm va captivar el misteri que envoltava aquests gens de novo<\/em><\/strong> i les possibles profundes conseq\u00fc\u00e8ncies evolutives de la seva exist\u00e8ncia\u00bb
Will Blevins<\/strong><\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

Per al meu projecte de tesi<\/strong>, la Mar va proposar que podr\u00edem fer experiments per fer un seguiment de les troballes del paper <\/em>\u00abProto-gens \u2026\u00bb: si pogu\u00e9ssim reconstruir des de zero<\/strong><\/strong> transcriptomes d’una dotzena d’esp\u00e8cies de llevat molt relacionades<\/strong>, podr\u00edem comparar-les i aprofundir encara m\u00e9s en la q\u00fcesti\u00f3 d\u2019on provenien aquests recents gens de novo<\/em>.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

M\u00e9s que per fer pa; el llevat com a sistema model<\/h2>\n\n\n\n

Vaig comen\u00e7ar a aprendre m\u00e9s sobre el llevat<\/strong>, ja que nom\u00e9s en sabia algunes coses; sabia que era un eucariota unicel\u00b7lular del regne dels fongs i que s\u2019utilitzava per fer pa! Tot i aix\u00f2, r\u00e0pidament vaig descobrir que el llevat de forner (Saccharomyces cerevisiae<\/strong><\/em> \u00e9s el seu nom cient\u00edfic) es podia utilitzar per molt, molt m\u00e9s que per fer pa.<\/p>\n\n\n\n

Em va impressionar com un organisme tan \u00absenzill\u00bb amb nom\u00e9s ~ 6.000 gens<\/strong> hagu\u00e9s desenvolupat respostes tan enginyoses i espec\u00edfiques a les condicions ambientals canviants. Despr\u00e9s de llegir m\u00e9s sobre S. cerevisiae<\/em>, encara no comprenia del tot el poder real dels experiments que es poden dissenyar amb un eucariota que es manipula tan f\u00e0cilment al laboratori. Aqu\u00ed va ser on va comen\u00e7ar la nostra col\u00b7laboraci\u00f3 amb el grup de Single Cell Behavior<\/em> de Lucas Carey<\/strong>, al Departament de Ci\u00e8ncies Experimentals i de la Salut, Universitat Pompeu Fabra (DCEXS-UPF)<\/a>, ja que ni la Mar ni jo ten\u00edem molta experi\u00e8ncia dissenyant els nostres propis experiments amb diverses esp\u00e8cies de llevat.<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

\u00abEm sento molt afortunat que al Parc de Recerca Biom\u00e8dica de Barcelona (PRBB)<\/a> hi hagi un esperit de col\u00b7laboraci\u00f3 oberta, que ens ajuda a investigar millor i ens fa a tots millors investigadors<\/a>.\u00bb
Will Blevins<\/strong><\/p><\/blockquote>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n
\"\"<\/figure>\n\n\n\n

Junts, vam comen\u00e7ar a planificar els experiments, intentant esbrinar la log\u00edstica i els costos. A causa de la quantitat d\u2019ARN purificat<\/strong> que necessit\u00e0vem per poder reconstruir el transcriptoma<\/strong> de cada esp\u00e8cie des de zero, no podr\u00edem fer els nostres experiments en plaques de 96 pous (cosa que ens hauria facilitat MOLT tot, ja que es poden automatitzar molts dels passos).<\/p>\n\n\n\n

<\/div>\n\n\n\n

De la teoria a la pr\u00e0ctica: qu\u00e8 pot aprendre un bi\u00f2leg computacional en un laboratori<\/h2>\n\n\n\n

En el meu primer dia al laboratori, se’m va caure la caixa \u201cYeast Stock Box #1\u201d<\/strong>, enviant una dotzena de tubs criog\u00e8nics volant, amb uns quants tubs astuts amagant-se sota la poyata del laboratori. [Per traduir aix\u00f2 en termes computacionals, seria com deixar caure un disc dur extern que contenia l’\u00fanica c\u00f2pia de les dades en brut dels darrers 3 anys dels vostres projectes!]<\/p>\n\n\n\n

\"\"<\/figure><\/div>\n\n\n\n

Afortunadament, vam poder trobar tots els tubs i tornar-los a posar al congelador abans que es poguessin descongelar, per\u00f2 vaig ser *molt* conscient de la import\u00e0ncia de tenir c\u00f2pies de seguretat f\u00edsiques \u2026 Al cap i a la fi, no hi ha CTRL + Z al laboratori! <\/p>\n\n\n\n

La Lorena Espinar<\/strong> va tenir l\u2019amabilitat de guiar-me pas a pas pels protocols<\/strong>, passant de c\u00e8l\u00b7lules congelades a ARN purificat<\/strong>, cosa que realment em va ajudar a entendre millor les dades de seq\u00fcenciaci\u00f3 en brut i les possibles fonts de biaix<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n

Vaig experimentar de primera m\u00e0 algunes d\u2019aquestes fonts habituals de biaix que les persones del m\u00f3n computacional poques vegades trobem:<\/p>\n\n\n\n