{"id":11744,"date":"2019-12-13T11:12:15","date_gmt":"2019-12-13T10:12:15","guid":{"rendered":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/?p=11744"},"modified":"2020-01-17T15:53:00","modified_gmt":"2020-01-17T14:53:00","slug":"un-telescopi-pels-nostres-gens-un-nou-algorisme-permet-comparar-gairebe-un-milio-i-mig-de-sequencies-dadn","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/un-telescopi-pels-nostres-gens-un-nou-algorisme-permet-comparar-gairebe-un-milio-i-mig-de-sequencies-dadn\/","title":{"rendered":"Un telescopi pels nostres gens: un nou algorisme permet comparar gaireb\u00e9 un mili\u00f3 i mig de seq\u00fc\u00e8ncies d’ADN"},"content":{"rendered":"

Hi ha diverses maneres de\u00a0viatjar al passat<\/strong>.<\/p>\n

Una \u00e9s la macro, amb la mirada\u00a0cap enfora<\/strong>, observant el comportament de les enormes gal\u00e0xies i com l’univers que ens envolta ha canviat amb el temps. L’altra \u00e9s la micro, mirant\u00a0cap endins<\/strong>, cap als diminuts gens, i comparant tamb\u00e9 la seva variaci\u00f3 entre esp\u00e8cies. Tant una aproximaci\u00f3 com l’altra han de fer front a\u00a0reptes tecnol\u00f2gics<\/strong>.<\/p>\n

Per la m\u00e9s macro, el personal cient\u00edfic ha desenvolupat el Telescopi Espacial Hubble<\/a> que, en \u00f2rbita al voltant de la Terra, evita la distorsi\u00f3 provocada per l’atmosfera terrestre.<\/p>\n

Per la m\u00e9s micro, fa anys que s’utilitzen programes inform\u00e0tics que comparen seq\u00fc\u00e8ncies d’ADN o de prote\u00efnes. Aquesta t\u00e8cnica, anomenada\u00a0alineament m\u00faltiple de seq\u00fc\u00e8ncies (MSA)<\/strong><\/a>, cerca similituds i difer\u00e8ncies entre les seq\u00fc\u00e8ncies biol\u00f2giques de diverses esp\u00e8cies per desxifrar quant temps fa que dues esp\u00e8cies van divergir<\/a> i predir com certs canvis espec\u00edfics a un gen o prote\u00efna poden afectar la seva funci\u00f3. Ens ha perm\u00e8s avan\u00e7ar molt en el coneixement de la nostra hist\u00f2ria evolutiva<\/a>, i de la nostra relaci\u00f3 amb altres esp\u00e8cies, per\u00f2 t\u00e9\u00a0les seves limitacions a l’hora de comparar grans nombres de seq\u00fc\u00e8ncies<\/strong>; el l\u00edmit ha sigut durant molt de temps 100.000 seq\u00fc\u00e8ncies.<\/p>\n

\u00a0<\/span><\/p>\n

L’alineament m\u00faltiple de seq\u00fc\u00e8ncies (MSA) permetia fins ara comparar fins a 100.000 seq\u00fc\u00e8ncies d’ADN, de diferents esp\u00e8cies. Cerca similituds i difer\u00e8ncies entre elles per desxifrar quant fa que dues esp\u00e8cies van divergir i predir com han afectat els canvis.<\/p><\/blockquote>\n

 <\/p>\n

\"Ejemplo
Exemple d’un alineament m\u00faltiple de seq\u00fc\u00e8ncies (MSA). Imatge de Miguel Andrade, CC BY-SA 3.0<\/figcaption><\/figure>\n

<\/h2>\n

De 100.000 a 1,4 milions<\/b><\/h2>\n

Ara, un equip d’investigadors del Centre de Regulaci\u00f3 Gen\u00f2mica (CRG)<\/a>, liderats per Cedric Notredame<\/a>, han desenvolupat un algorisme molt m\u00e9s eficient<\/a> que\u00a0permet comparar a la vegada 1,4 milions de seq\u00fc\u00e8ncies<\/strong> – 10 cops m\u00e9s del que es podia fins el moment. Com m\u00e9s seq\u00fc\u00e8ncies puguin comparar-se alhora, m\u00e9s enrere en el temps podem anar.<\/p>\n

Les noves t\u00e8cniques de seq\u00fcenciaci\u00f3 ens permeten seq\u00fcenciar m\u00e9s i m\u00e9s genomes; per exemple, el\u00a0projecte\u00a0Earth BioGenome<\/a>\u00a0preten seq\u00fcenciar i catalogar el genoma de tota la diversitat d’organismes eucariotes de la Terra – uns 1,5 milions<\/strong> de seq\u00fc\u00e8ncies. Ara, aquesta nova t\u00e8cnica desenvolupada al CRG ens permetr\u00e0 comparar-les entre elles per desxifrar les seves relacions i hist\u00f2ria evolutiva<\/a>.<\/p>\n

“Hi ha una gran quantitat de ‘mat\u00e8ria obscura’ en biologia<\/a> que encara no hem identificat, tant en el nostre genoma com en el d’altres organismes que, encara que aparentment irrellevants, poden tenir un paper fonamental en la promoci\u00f3 de la salut humana i la del nostre planeta<\/a>, com el descobriment de CRISPR<\/a> en les arquees”, conclou Cedric. “El nostre desenvolupament podr\u00e0 ajudar a analitzar els genomes amb m\u00e9s detall, a trobar les agulles al paller dels genomes de la vida.”<\/p>\n

 <\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Un grup de recerca del CRG ha desenvolupat una nova t\u00e8cnica per comparar 1,4 milions de seq\u00fc\u00e8ncies d’ADN a la vegada. Aix\u00f2 representa 10 cops m\u00e9s del que s’havia pogut fer fins el moment.<\/p>\n","protected":false},"author":9,"featured_media":11646,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[26],"tags":[261,265,283,289],"new-type":[35,43],"class_list":["post-11744","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-recerca","tag-bioinformatica","tag-crg-ca","tag-evolucio","tag-genoma","new-type-noticies","new-type-recomanem"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/11744","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/users\/9"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=11744"}],"version-history":[{"count":5,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/11744\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":11790,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/11744\/revisions\/11790"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media\/11646"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=11744"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=11744"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=11744"},{"taxonomy":"new-type","embeddable":true,"href":"https:\/\/ellipse.prbb.org\/ca\/wp-json\/wp\/v2\/new-type?post=11744"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}